BioRender 특별 강좌 101 - BioRender의 최신 기능을 만나보세요!

개요

BioRender의 새롭고 흥미로운 기능들을 활용한 디자인 팁과 데모를 확인하실 준비가 되셨나요? 재클린 맥코스키가 BioRender 101 특별판으로 시작을 알립니다. 저는 매일 재클린과 함께 일하는 행운을 누리고 있는데요. 재클린은 BioRender 사업 개발 팀의 어카운트 이그제큐티브입니다. 그녀는 항상 최고의 역량을 발휘하며 웨비나에 활력을 불어넣어 줍니다. BioRender에 합류하기 전에는 토론토 대학교 연구실에서 스포츠 관련 뇌진탕과 관련된 다양한 결과를 연구했습니다. 그럼 더 지체할 것 없이 재클린에게 마이크를 넘기겠습니다.

네, 감사합니다, 제프. 다들 제 목소리 잘 들리시나요? 오늘 함께해주셔서 감사하고, 멋진 소개도 감사합니다. 오늘 다룰 내용에 대해 간략히 말씀드리자면, 기본 기능부터 시작해서 조금 더 고급 기능까지 살펴볼 예정입니다. BioRender를 처음 접하시는 분이든 전문가이든, 오늘 유익하고 즐거운 시간을 보내실 수 있도록 준비했습니다.

오늘 다룰 내용을 다시 한번 정리해 드릴게요. 먼저 플랫폼 자체에 대한 개요를 살펴보고, 어떤 화면을 보고 어떤 도구를 사용하는지 익히겠습니다. 그다음 아이콘 라이브러리를 검색해 볼 텐데요. 아이콘 종류가 워낙 많아서 제가 정말 좋아하는 시간입니다. BioRender에는 몇 가지 아이콘 유형이 있는데, 이를 하나씩 살펴보겠습니다. 이어서 새로 출시된 슬라이드 기능과 많은 요청이 있었던 PDB 업로드 기능을 알아보고, 마지막으로 그라데이션을 활용해 이야기를 더욱 돋보이게 만드는 디자인 팁을 공유하겠습니다.

자, 이제 시작해 볼까요? 슬라이드 기능의 멋진 점은 지금 보시는 이 오프닝 화면도 바로 그 기능을 사용해 만들었다는 것입니다. 즉, BioRender 앱 안에서 모든 프레젠테이션 작업을 한 번에 해결할 수 있습니다.

다시 갤러리 뷰로 돌아가서 전체적인 구성을 설명해 드릴게요. 이곳이 BioRender에 로그인했을 때 보이는 홈 화면입니다. 여러분이 만든 모든 이미지는 하단 갤러리에 저장됩니다. 보시다시피 저는 다양한 유형의 이미지를 많이 작업해 두었는데요. 제가 정리를 아주 잘하는 편은 아니지만, 다행히 왼쪽의 폴더 기능을 활용하면 체계적으로 관리할 수 있습니다. 상단에는 본인이 만든 이미지가, 하단에는 공유받은 파일들이 표시됩니다.

이 부분은 오후 1시에 폴리가 진행할 튜토리얼에서 더 자세히 다룰 예정이니 참고만 해주세요.

이 기능들은 프로젝트를 체계적으로 관리하는 데 도움을 줍니다. 피규어를 시작하는 방법은 크게 두 가지가 있는데, 둘 다 차근차근 알려드릴게요. 저는 템플릿 갤러리에서 시작하는 것을 좋아합니다. 템플릿 갤러리를 클릭해 보면 정말 다양한 종류의 템플릿이 준비되어 있습니다. 매일 새로운 템플릿이 추가되고 있으며, 수백 개의 BioRender 아이콘으로 구성되어 있어 자유롭게 수정하고 편집할 수 있습니다. 특히 이 템플릿들은 BioRender의 사내 과학 디자인 팀이 직접 제작했다는 점이 큰 장점입니다. 팀원 대부분이 과학적 배경 지식을 갖추었거나 박사 학위를 소지하고 있어, 보기에도 아름다울 뿐만 아니라 과학적으로도 정확한 결과물을 만들어냅니다. 엄격한 검수 과정을 거치는데, 이 과정이 궁금하시다면 오후 2시에 제리와 비키가 진행하는 세션에서 템플릿이 어떻게 발행되는지 확인해 보시기 바랍니다.

보시다시피 다양한 카테고리의 템플릿이 준비되어 있습니다. 경로(pathway)나 세포 간 상호작용 같은 주제별로 쉽게 찾을 수 있습니다. 더 큰 규모의 해부학이나 임상 관련 자료가 필요하다면 '해부학 및 임상(Anatomy and Clinical)' 카테고리에서 장기나 인체 모델 등을 찾아볼 수 있습니다. 검색 기능도 지원하므로 '면역학(Immunology)'처럼 특정 주제를 검색하면 관련 태그가 달린 모든 템플릿을 확인할 수 있습니다.

다시 홈 갤러리로 돌아가서, 처음부터 피규어를 만드는 기본적인 방법을 보여드릴게요. 파란색 버튼을 클릭하면 캔버스 뷰로 이동합니다.

여기가 바로 캔버스입니다. 캔버스 위에 올리는 모든 요소가 최종 피규어에 포함됩니다. 회색 영역은 작업 공간으로, 캔버스 밖으로 요소를 잠시 빼두는 용도로 활용할 수 있습니다. 최종 피규어는 흰색 캔버스 영역 안에 있는 내용물로 구성됩니다.

오른쪽 하단에 있는 키보드 아이콘을 클릭하면 단축키 목록을 확인할 수 있습니다. 오늘 다 설명해 드리지는 않겠지만, BioRender 전문가가 되고 싶다면 꼭 확인해 보세요. 작업 속도를 훨씬 빠르게 높여줍니다. 다른 소프트웨어와 유사한 단축키(예: Mac에서 복사/붙여넣기를 위한 Command+C/V 등)도 많지만, BioRender만의 특별한 단축키도 있으니 살펴보시면 좋습니다.

도움말 버튼도 있습니다. 앱 사용 중 궁금한 점이 생기면 언제든 클릭하여 도움말 센터를 이용해 주세요.

특정 질문이나 문제가 있으신가요? 저희의 훌륭한 라이브 지원 팀이 대기하고 있습니다. 거주 지역에 따라 다르지만 보통 1~2분 내로 답변을 드립니다. 전 세계에 에이전트가 배치되어 있어 신속하게 도움을 받을 수 있습니다. 문제 해결 능력이 뛰어난 팀이니 언제든 이 리소스를 활용해 보세요.

오른쪽에는 기본적인 기능들이 있습니다. 확대/축소, 눈금자 표시/숨기기, 그리드 라인 표시/숨기기 등을 설정할 수 있어 정교한 정렬이 필요할 때 유용합니다. 상단에는 앞서 말씀드린 슬라이드 기능이 있습니다. BioRender 내에서 프레젠테이션을 할 때 사용하며, 여러 캔버스를 동시에 작업할 때도 매우 유용합니다. 이전 이미지와 유사한 작업을 할 때 매번 새로 만들 필요가 없거든요. 옆에는 댓글 버튼이 있습니다. 이는 새로운 실시간 협업 기능의 일부로, 다른 사람과 동시에 작업할 때 댓글을 남길 수 있습니다. 이 기능은 오후 1시 폴리의 세션에서 다시 다룰 예정이니 꼭 참석해 보세요.

왼쪽에는 상황별 툴바가 있습니다. 파워포인트와 유사한 기본적인 기능들이 모여 있습니다. 캔버스 색상이나 크기를 변경하거나, 선, 도형, 텍스트를 추가할 때 사용합니다. 또한 캔버스에서 선택한 요소에 따라 이곳에 추가 버튼들이 나타나는데, 잠시 후 보여드리겠습니다. 이 기능을 통해 캔버스 위의 요소를 자유롭게 조절하여 작업물에 맞게 커스터마이징할 수 있습니다.

왼쪽의 콘텐츠 툴바는 BioRender에서 가장 많이 사용하게 될 공간입니다. 아이콘부터 브러시, 업로드 기능까지 모든 콘텐츠가 담겨 있어 BioRender의 핵심이라고 할 수 있습니다.

먼저 아이콘 라이브러리부터 보여드릴게요. 수천 개의 다양한 아이콘이 템플릿처럼 카테고리별로 분류되어 있습니다. '세포 유형(Cell types)'에서 '면역 및 혈액 세포(Immune and blood cells)'로 들어가면 쉽게 찾아볼 수 있습니다. 어떤 아이콘이 있는지 둘러보는 것도 재미있지만, 검색 기능을 활용하면 더 빠릅니다. 라이브러리의 방대한 범위를 보여드리기 위해 아주 미세한 단위부터 검색해 보겠습니다. '항체(Antibody)'를 검색해 볼까요?

보시다시피 100개가 넘는 다양한 항체 아이콘이 있습니다. 각각 조금씩 다르지만 검색만 하면 모두 찾을 수 있습니다. 혹은 '뉴런(Neuron)'을 검색해 보면, 이렇게나 많은 종류의 뉴런이 있다는 사실에 놀라실 겁니다. 작업 목적에 따라 선택할 수 있도록 다양한 형태의 뉴런 아이콘이 준비되어 있습니다.

동물 모델로 작업 중이라고 가정해 보겠습니다. 'Mouse(생쥐)'를 검색해 보면 다양한 동물이 나오는데, 모델 생물로 작업하시는 경우 저희 라이브러리는 매우 방대합니다. 보시다시피 다양한 방향에서 본 생쥐, 장기가 포함된 생쥐, 머리만 있는 생쥐, 전신 등 원하는 방향과 형태가 무엇이든 아마 찾으실 수 있을 겁니다.

조금 더 큰 규모로 넘어가서 'liver(간)'를 검색해 보겠습니다. 보시다시피 건강한 간, 질병 상태의 간, 담낭이 포함된 간 등이 있습니다. 간이 포함된 환자 모델도 있죠. 궁금한 점이 있다면 무엇이든 검색해서 확인해 보시길 적극 권장합니다. 저희 라이브러리는 매우 방대하고 흥미로운 자료들로 가득합니다.

아이콘마다 다른 표시가 있는 것이 궁금하실 텐데요. 왼쪽 상단에 보라색 상자가 있는 아이콘들이 보이실 겁니다. 다음으로 설명해 드릴 부분이 바로 이것입니다. 기본적으로 세 가지 유형의 아이콘이 있는데, 먼저 'cancer(암)'를 검색해 보겠습니다. 가장 단순한 형태의 아이콘부터 시작해 보죠. 아이콘 라이브러리에서 외부 상자가 없는 것으로 표시되며, 마우스를 올리면 기본적이고 단순한 형태임을 알 수 있습니다.

이 아이콘을 드래그해 보겠습니다. 보시다시피 아주 간단합니다. 드래그 앤 드롭만 하면 캔버스에 바로 배치됩니다. 다시 돌아가서 암세포를 검색해 보면, 이번에는 왼쪽 하단에 보라색 상자가 있는 아이콘이 보일 겁니다. 마우스를 올리면 또 다른 보라색 상자가 나타나죠. 이것을 캔버스로 드래그 앤 드롭하면, 이것이 바로 '그룹화된 아이콘'입니다.

이해를 돕기 위해 설명하자면, 파란색 테두리의 단순 아이콘과 보라색 테두리의 그룹화된 아이콘이 있습니다. 파란색 단순 경계 상자는 BioRender의 레고 블록과 같습니다. 가장 기초적인 요소죠. 왼쪽의 편집 탭에서 색상을 변경할 수 있고, 상단에서 투명도도 조절할 수 있지만, 기본적으로는 형태가 고정되어 있습니다.

편집 수준은 낮지만 여전히 다양한 방식으로 커스터마이징이 가능합니다. 그룹화된 아이콘은 더 작은 하위 아이콘들로 구성되어 있습니다. 보통 함께 사용되는 아이콘들을 묶어두었기 때문에, 클릭해서 개별 요소를 편집할 수 있습니다. 특정 부분의 색상을 바꾸거나 암세포 하나를 삭제하고 싶다면 그렇게 할 수 있죠. 자주 함께 쓰이는 요소들을 미리 묶어두어 번거로움을 줄여드리기 위한 것이지만, 여전히 높은 수준의 커스터마이징이 가능합니다.

세 번째 유형의 아이콘도 있습니다. 'DNA'를 검색해 보면 왼쪽 상단에 붓 모양 아이콘이 표시되는데, 이것이 바로 '브러시'입니다. 브러시는 정말 멋진 기능이라 제가 개인적으로 아주 좋아합니다. 캔버스로 드래그 앤 드롭하면 붓처럼 사용할 수 있습니다. 옆으로 드래그하면 기존 나선 구조를 늘리는 대신 나선이 계속 추가되어 원하는 만큼 길게 만들 수 있습니다. 클릭하면 나타나는 노드를 이용해 작업 내용에 맞춰 아주 독특하고 멋진 모양으로 자유롭게 조정할 수 있습니다. 모든 것이 실시간으로 반영됩니다.

브러시 아이콘의 색상도 변경할 수 있습니다. 클릭하면 색상이 바로 바뀝니다. 브러시를 상단으로 옮겨볼까요? 왼쪽 브러시 탭에 들어가면 작업 내용에 따라 사용하고 수정할 수 있는 다양한 브러시가 있습니다. 몇 가지 보여드리겠습니다.

예전에는 파워포인트에서 막대와 원을 일일이 복사해서 붙여넣으며 인지질 이중층을 만드느라 많은 시간을 보냈습니다. 하지만 여기서는 아주 간단합니다. 드래그만 하면 끝이죠. 마찬가지로 아주 재미있고 독특한 모양을 쉽게 만들 수 있습니다.

브러시 메뉴로 돌아가 보면 원형 브러시도 있습니다. 이 브러시를 사용해 볼까요? 드래그 앤 드롭하고 기존 것들은 삭제하겠습니다. 이 브러시들도 노드를 통해 작동합니다. 노드를 클릭하면 각 부분을 개별적으로 조절할 수 있습니다. 360도 형태를 유지하면서 특정 부분의 색상만 변경할 수 있는데, 이는 순환형 도표를 만들 때 매우 중요합니다.

브러시는 훨씬 더 세밀하게 편집할 수 있습니다. 'enterocyte(장세포)' 브러시를 가져와 보겠습니다. 이 브러시를 사용해 슬라이드 기능을 활용하여 움직임을 만드는 방법을 보여드리겠습니다. 드래그해서 크기를 조금 키워보겠습니다. 이 작은 세포들의 크기도 변경할 수 있습니다. 실수했다면 컨트롤 Z를 누르면 됩니다. 브러시 옵션 상단으로 가서 '브러시를 편집 가능한 아이콘으로 분리(separate brush into editable icons)'를 클릭합니다. 분리하면 앞서 보여드린 그룹화된 아이콘처럼 변해서 개별 요소를 클릭하고 수정할 수 있습니다. 브러시 전체 색상을 바꾸고 싶다면 그렇게 할 수 있지만, 일단 지금은 그대로 두겠습니다.

다시 돌아가서, 이 갈색을 유지해 보겠습니다. 슬라이드 섹션에서 '슬라이드 복제'를 클릭해 슬라이드를 하나 추가합니다. 두 번째 슬라이드에서 작업해 보겠습니다. 몇 개의 세포를 선택하고 빨간색으로 바꿔보겠습니다. 세포 내에 손상이 발생한 것을 표현하고 싶을 때 유용하죠. 다시 복사해서 세 번째 슬라이드에서 더 많은 손상을 표현해 보겠습니다.

이 부분을 밖으로 빼내고, 이 요소들을 선택해 보겠습니다. '더 보기(more)'를 클릭하면 다양한 옵션이 나타나는데, 이를 통해 상태가 좋거나 나쁜 상황 등을 표현할 수 있습니다.

이제 첫 번째 슬라이드로 돌아가서 '발표(present)'를 클릭하면, 슬라이드를 넘기면서 손상이 진행되는 과정을 보여줄 수 있습니다. BioRender는 발표하기에도 매우 쉽고, 다중 수준의 캔버스를 활용하면 정말 멋진 결과물을 만들 수 있습니다.

홈페이지로 돌아가지 않고 슬라이드를 추가하여 다른 기능들을 보여드리겠습니다. 이번에는 PDB 확장 기능을 보여드리고 싶습니다. PDB 파일을 클릭하면 Protein Data Bank에 있는 모든 데이터를 BioRender 내에서 불러올 수 있습니다. 'PDB 검색(pdb retrieve)'을 클릭하고 PDB ID(예: 1HZH)를 입력하여 단백질을 불러옵니다. 잠시 기다리면 캔버스에 전체 단백질 구조가 나타납니다. 구조를 변경할 수도 있습니다. '표면(surface)'이나 '반데르발스(Van der Waals)' 모델로 바꿔볼까요? 이 모델이 꽤 멋져 보이네요. 색상도 '소수성(hydrophobicity)' 등으로 변경할 수 있습니다. '조정(tune)' 기능을 사용하면 훨씬 보기 좋아집니다. 이제 '새 아이콘으로 저장'을 누르면 BioRender PDB 라이브러리에 저장됩니다. 드래그 앤 드롭으로 캔버스에 가져오면 다른 아이콘들과 똑같이 사용할 수 있습니다.

이전에는 이렇게 작동했지만, 많은 분이 요청하셨던 새롭고 흥미로운 기능이 추가되었습니다. 바로 직접 파일을 업로드하는 기능입니다. 단백질이 아직 Protein Data Bank에 등록되지 않았더라도 PDB 업로드 기능을 통해 직접 파일을 올릴 수 있습니다. 지원되는 파일 형식이라면 드래그하거나 다운로드하여 업로드할 수 있습니다. 저장해 둔 PDB 파일을 불러와 이름을 지정하고 로드하면, 아주 간단하게 단백질 구조가 나타납니다. 이제 PDB에 없는 단백질도 직접 업로드하여 사용할 수 있습니다.

이 단백질들도 다른 아이콘과 마찬가지로 구조와 색상을 변경할 수 있습니다. 다른 스타일을 적용해 볼까요? 이 스타일이 멋지네요. 새 아이콘으로 저장하면 다른 아이콘들처럼 드래그 앤 드롭으로 바로 사용할 수 있습니다. 이것이 저희의 새롭고 흥미로운 기능 중 하나입니다.

갤러리로 돌아가서 그라데이션 기능을 설명해 드리겠습니다. 스펙트럼을 표현하고 싶을 때 아주 유용한 기능입니다. BioRender에서 그라데이션을 어떻게 사용하는지 모르는 분들이 많은데, 사실 매우 간단합니다. '시각화(visualize)' 폴더를 열고 그라데이션 예제를 확인해 보겠습니다.

pH 척도, 가시광선, 확산 패턴 등 스펙트럼을 표현할 때 아주 좋습니다. 보시다시피 왼쪽은 고농도, 오른쪽은 저농도입니다. 왼쪽을 조금 더 어둡게, 오른쪽을 조금 더 밝게 표현하면 훨씬 보기 좋을 것 같습니다.

방법은 간단합니다. 상자를 클릭하여 도형을 선택한 뒤, 상단 '채우기 색상(fill color)' 옵션으로 이동합니다. 현재는 단색으로 채워져 있는데, 여기서 '그라데이션(gradient)'을 클릭합니다. 현재 상자의 단색이 보일 텐데, 흰색과 혼합되도록 아래쪽을 클릭하면 그라데이션이 즉시 적용됩니다.

하지만 제가 원하는 모양이 아니네요. 지금은 위쪽 농도가 높고 아래쪽 농도가 낮은 것처럼 그라데이션이 적용되어 있습니다. 이럴 때는 오른쪽 상단에 있는 각도 조절 버튼을 사용하면 됩니다. 버튼을 누르고, 여기서는 270도로 설정해 보겠습니다. 이제 오른쪽이 어둡고 왼쪽이 밝아지는 올바른 그라데이션이 완성되었습니다.

수동으로 설정하고 싶을 때는 이렇게 하면 됩니다. 하단에 다양한 사전 설정도 마련되어 있는데, 아주 유용합니다. 이렇게 간단하게 클릭 한 번으로도 원하는 효과를 바로 적용할 수 있습니다.

그라데이션을 활용하는 또 다른 예로, 팔콘 튜브(falcon tube)를 사용하여 농도 변화를 나타내고 싶다고 가정해 보겠습니다. 편집 기능이 뛰어난 이 튜브를 선택하겠습니다. 안쪽의 빨간색 부분을 삭제하고, 아래쪽으로 갈수록 농도가 진해지도록 밝은색에서 어두운색으로 그라데이션을 넣어보겠습니다. 상단의 단색 채우기 메뉴에서 그라데이션을 선택하고 흰색을 추가합니다. 원하는 방향이 아니라면 각도를 180도로 조절하면 됩니다. 정말 간단하고 재미있으며, 결과물도 훨씬 전문적으로 보입니다.

마지막으로, 그림에 깊이감을 더하기 위해 그라데이션을 활용하는 또 다른 쉬운 방법을 알려드리겠습니다. 슬라이드 2번으로 이동해 볼까요? 웰 플레이트(well plate)에 피펫팅하는 모습을 표현할 때 깊이감을 주고 싶다면 이 기능을 활용해 보세요. 먼저 개체를 잠가두고 웰 부분을 선택하겠습니다. 잠금을 해제하고 다시 선택해 보겠습니다. 이제 모든 웰이 선택되었고 단색으로 채워진 것을 볼 수 있습니다. 상단의 채우기 색상 메뉴에서 그라데이션을 선택하고 하단에 흰색을 추가합니다. 원하는 모양이 아니라면 원형 그라데이션 버튼을 클릭해 보세요. 웰 플레이트 내부에 입체적인 깊이감이 생겨 아주 쉽고 재미있게 전문적인 느낌을 낼 수 있습니다.

지금까지 BioRender의 기초와 몇 가지 고급 팁을 살펴보았습니다. 약 5분 뒤에 시작되는 다음 세션에서는 Francesca가 아주 유용한 팁과 새로운 기능들을 소개해 드릴 예정이니 계속 함께해 주세요. 세션이 끝날 때쯤이면 여러분 모두 BioRender 전문가가 되어 있을 겁니다.

네, 그럼 준비되시는 대로 Jeff에게 넘기겠습니다. 모두 참여해 주셔서 감사합니다.