BioRender Spécial 101 - Découvrez les dernières fonctionnalités de BioRender !

Présentation

J'espère que vous êtes prêts pour une journée exceptionnelle consacrée aux conseils de conception et aux démonstrations des nouvelles fonctionnalités de BioRender. Jacqueline McCoskey ouvre le bal avec une édition spéciale de BioRender 101. J'ai le plaisir de travailler avec Jacqueline au quotidien. Elle est chargée de compte au sein de l'équipe de développement commercial de BioRender. Elle apporte toujours son expertise et une énergie communicative à nos webinaires. Avant de rejoindre BioRender, elle faisait partie d'un laboratoire de l'Université de Toronto où elle étudiait un large éventail de résultats associés aux commotions cérébrales liées au sport. Sans plus attendre, Jacqueline, je vous cède la parole.

Super, merci Jeff. Tout le monde m'entend bien ? Merci beaucoup d'être présents aujourd'hui et merci pour cette excellente introduction. Pour vous donner un aperçu de ce que nous allons aborder, le programme prévoit les bases, puis quelques fonctionnalités plus avancées. Que vous soyez débutant sur BioRender ou un utilisateur chevronné, nous ferons en sorte que vous repartiez avec des astuces utiles et amusantes.

Pour rappel, voici ce que nous allons couvrir : nous ferons un tour d'horizon de la plateforme pour vous familiariser avec l'interface. Nous explorerons la bibliothèque d'icônes, ce qui est toujours très ludique étant donné la variété disponible. Nous passerons en revue les différents types d'icônes, puis nous découvrirons la nouvelle fonctionnalité de diapositives ainsi que le très attendu téléchargement de fichiers PDB. Enfin, nous verrons quelques astuces de conception pour utiliser les dégradés et rendre vos visuels plus percutants.

Bien, nous pouvons commencer. Ce qui est génial avec notre fonctionnalité de diapositives, c'est que l'introduction a été réalisée avec. Cela vous permet de tout faire directement dans l'application, y compris vos présentations à l'écran.

Je retourne à ma vue galerie pour vous présenter les lieux. Voici votre page d'accueil lorsque vous vous connectez à BioRender. Toutes les images que vous créez sont enregistrées ici, en bas, dans votre galerie. Comme vous pouvez le voir, j'ai beaucoup de choses ici, de types d'images variés. Je ne suis pas forcément très organisée, mais heureusement, notre équipe a facilité la tâche aux personnes plus méthodiques en créant ces différents dossiers sur la gauche. Toutes les images que vous avez créées se trouvent en haut, et les fichiers partagés avec vous apparaissent en bas.

Ce point sera abordé en détail dans un tutoriel ultérieur à 13h, je crois par Polly, mais gardez-le en tête.

Ces outils sont là pour vous aider à rester organisé. Selon le projet sur lequel vous travaillez, il existe essentiellement deux façons de commencer une figure. Je vais vous montrer les deux, mais j'aime commencer par nos modèles. Je clique donc sur notre galerie de modèles. Comme vous pouvez le constater, nous en avons une quantité impressionnante. Ils sont enrichis quotidiennement, entièrement modifiables et personnalisables, car ils sont composés de centaines d'icônes BioRender. Ce qui est vraiment intéressant, c'est qu'ils sont tous créés par notre équipe interne de conception scientifique. La plupart d'entre eux ont une formation scientifique ou un doctorat. Ils assemblent ces icônes pour s'assurer qu'elles soient non seulement esthétiques, mais aussi scientifiquement exactes. Cela suit un processus rigoureux, et si cela vous intéresse, je vous encourage vivement à assister à la session de Jerry et Vikki à 14h pour découvrir comment ils sont publiés.

Comme vous pouvez le voir, nous proposons une large gamme de modèles. Ils sont tous classés par catégories. Si vous travaillez sur des voies de signalisation ou des interactions intracellulaires, vous trouverez facilement ce qu'il vous faut. À plus grande échelle, si vous cliquez sur « Anatomie et clinique », vous verrez que nous avons des organes, des silhouettes humaines, etc. Ils sont également consultables via une barre de recherche. Si vous cherchez un sujet spécifique comme l'immunologie, nous vous montrerons tous les modèles tagués sous cette catégorie.

De retour sur notre galerie d'accueil, je vais vous montrer les bases pour créer une figure à partir de zéro. Il suffit de cliquer sur ce gros bouton bleu pour accéder à la vue canevas.

Voici notre canevas. Tout ce que vous placez sur cet espace fera partie de votre figure finale. La zone grise est une zone de travail qui vous permet de laisser des éléments en attente, mais seul ce qui se trouve dans l'espace blanc fera partie de votre image finale.

Dans le coin inférieur droit, nous avons ce bouton clavier. Si vous cliquez dessus, vous verrez tous nos raccourcis clavier. Je vais essayer de les limiter aujourd'hui, mais c'est une excellente ressource pour devenir un pro de BioRender. Ils permettent de gagner énormément en rapidité. Ils sont assez similaires à ceux d'autres logiciels, comme Ctrl+C et Ctrl+V pour copier-coller, mais nous en avons aussi des spécifiques que je vous invite à découvrir.

Nous avons également ce bouton d'aide. Si vous avez des questions en utilisant l'application, n'hésitez pas à cliquer dessus pour accéder à notre centre d'aide.

Vous avez des questions ou des problèmes spécifiques ? Notre équipe de support en direct est formidable. Ils vous répondront en une minute ou deux, selon votre localisation. Nous avons des agents partout dans le monde qui vous répondront rapidement. Ce sont d'excellents experts en résolution de problèmes, alors n'hésitez pas à utiliser cette ressource.

Sur la droite, nous avons nos fonctionnalités de base. Vous pouvez zoomer, dézoomer, ajouter ou supprimer des règles, ainsi que des lignes de grille si l'alignement est important pour vos figures. En haut, nous avons la fonctionnalité de diapositives dont je parlais. C'est ainsi que vous pouvez présenter vos travaux dans BioRender. C'est aussi un excellent moyen de travailler sur une vue multi-canevas. Vous n'avez pas toujours besoin de créer une nouvelle image si vous travaillez sur quelque chose de similaire à la précédente. Voici le bouton de commentaire, qui fait partie de notre nouvelle fonctionnalité de collaboration en temps réel. Si vous travaillez en direct avec quelqu'un, cette personne peut ajouter des commentaires. Ce point sera également abordé à 13h lors de la session avec Polly, à laquelle je vous encourage vivement à assister.

Sur la gauche, nous avons notre barre d'outils contextuelle. Il s'agit de fonctionnalités de base similaires à celles de PowerPoint. C'est ici que vous pouvez modifier la couleur ou la taille de votre canevas, ajouter des lignes, des formes ou du texte. De plus, selon ce que vous avez sélectionné sur votre canevas, un autre ensemble de boutons apparaîtra ici, ce que je vous montrerai dans un instant. Cela vous permet de manipuler les éléments sur le canevas pour rendre votre travail plus personnalisé et spécifique.

Sur la gauche se trouve notre barre d'outils de contenu, là où vous passerez probablement la majeure partie de votre temps sur BioRender. Elle contient tout, des icônes aux pinceaux en passant par vos téléchargements. C'est vraiment le cœur de BioRender.

Je vais commencer par vous montrer notre bibliothèque d'icônes. Nous en avons des milliers, toutes classées comme les modèles. Si je vais dans « Types de cellules » puis « Cellules immunitaires et sanguines », c'est un moyen simple de parcourir le contenu. J'aime toujours voir ce qui est disponible, mais vous pouvez aussi effectuer des recherches. Pour vous montrer l'étendue de notre bibliothèque, commençons par une échelle très microscopique. Cherchons « anticorps ».

Vous verrez que nous avons des tonnes d'anticorps différents – plus de 100 – tous spécifiques et légèrement différents les uns des autres. Ou, si je cherche « neurone », vous verrez qu'il existe une quantité impressionnante de types de neurones. Nous avons tous ces types avec des capacités différentes selon vos besoins.

Prenons l'exemple d'un modèle animal. Je vais rechercher « souris ». Nous disposons d'une multitude d'animaux différents, mais si vous travaillez sur des organismes modèles, notre bibliothèque est vraiment très complète. Vous verrez que nous proposons des souris sous tous les angles, avec différents organes, juste la tête ou le corps entier. Quel que soit l'angle de vue que vous recherchez, nous l'avons probablement.

À plus grande échelle, pour adopter une vue plus macro, cherchons un foie. Comme vous pouvez le constater, nous avons des foies sains, des foies pathologiques et des foies avec vésicule biliaire. Nous avons également des patients avec des foies. Je vous encourage vivement à effectuer une recherche si vous êtes curieux de quoi que ce soit. Notre bibliothèque est vraiment vaste et très intéressante à explorer.

Vous vous demandez sans doute à quoi correspondent ces différents types d'icônes. Vous voyez ces petits cadres bleus, ou plutôt violets, avec le cadre violet sur la gauche. Cela m'amène à mon point suivant. Il existe essentiellement trois types d'icônes. Commençons par une recherche sur le « cancer ». Je vais commencer par nos icônes les plus simples, qui se distinguent dans la bibliothèque par l'absence de cadre extérieur. Lorsque vous les survolez, elles apparaissent de manière simple et basique.

Je vais faire glisser cette icône. Comme vous pouvez le voir, c'est très simple. Il suffit de faire un glisser-déposer sur votre zone de travail. Revenons en arrière et recherchons à nouveau notre cellule cancéreuse. Vous remarquerez que celle-ci, par exemple, possède un cadre violet en bas à gauche. Lorsque vous la survolez, un autre cadre violet apparaît. Je vais la faire glisser sur ma zone de travail : c'est ce que nous appelons une icône groupée.

Pour situer le contexte, nous avons des icônes simples avec un cadre bleu et des icônes groupées avec un cadre violet. Le cadre bleu simple est en quelque sorte la brique de base de BioRender. C'est le fondement. Vous pouvez modifier la couleur via l'onglet d'édition situé sur la gauche. Vous pouvez également ajuster la transparence. Ces options se trouvent en haut, mais pour l'essentiel, l'icône est figée telle quelle.

Le niveau de modification est plus limité, mais vous disposez tout de même d'un large éventail de personnalisations. Nos icônes groupées sont en réalité composées de sous-icônes plus petites. Elles regroupent des éléments souvent utilisés ensemble, ce qui vous permet de cliquer dessus pour modifier chaque pièce individuellement. Vous pouvez ainsi changer la couleur de parties spécifiques ou supprimer une cellule cancéreuse si vous le souhaitez. L'objectif est de vous simplifier la tâche en pré-assemblant les éléments couramment associés, tout en conservant une grande flexibilité de personnalisation.

Nous proposons également un troisième type d'icône. Je vais rechercher « ADN ». Il est identifié sur la gauche par une petite icône de pinceau : ce sont nos « pinceaux ». Ils sont vraiment géniaux et très amusants à utiliser. Je vais le faire glisser sur ma zone de travail. Comme vous pouvez le voir, ils fonctionnent comme un pinceau : si je l'étire, cela ajoute des hélices au lieu de simplement étirer celles qui existent déjà, ce qui vous permet de créer une structure aussi longue que vous le souhaitez. En cliquant dessus, vous verrez apparaître des nœuds qui permettent une personnalisation encore plus poussée, idéale pour créer des formes complexes adaptées à votre projet. Tout s'ajuste automatiquement.

Vous pouvez également modifier la couleur des icônes au sein des pinceaux. Il suffit de cliquer dessus pour changer la couleur. Je vais déplacer cela vers le haut. Nous disposons d'une large gamme de pinceaux différents. Si je vais dans l'onglet des pinceaux sur la gauche, vous trouverez tous ceux que vous pouvez utiliser, modifier et adapter selon vos besoins. Je vais vous en montrer quelques-uns. Je sais que, personnellement, j'ai passé...

...beaucoup de temps par le passé à faire du copier-coller de bâtons et de cercles dans PowerPoint pour créer une bicouche phospholipidique. Ici, c'est très simple. Il suffit de le faire glisser. Encore une fois, vous pouvez créer une forme personnalisée très facilement. Déplaçons cela ici.

Si je retourne dans mes pinceaux, vous verrez que nous avons aussi des pinceaux circulaires. Utilisons celui-ci. Faisons un glisser-déposer, et supprimons les autres. Ces pinceaux fonctionnent de la même manière avec les nœuds. Il suffit de cliquer sur ces petits points pour effectuer des modifications spécifiques. Cela permet de créer des sections, par exemple pour changer la couleur d'une partie précise tout en conservant une forme circulaire à 360 degrés. C'est très important pour les figures cycliques.

Les pinceaux sont encore plus modulables. Je vais importer ce pinceau d'entérocyte. J'aime beaucoup travailler avec celui-ci. Je le fais glisser sur la zone de travail. C'est une excellente façon d'utiliser la fonction de diapositives pour créer du mouvement. Je vais l'agrandir un peu. Vous pouvez également modifier la taille de ces petites cellules. Oups, je ne voulais pas faire ça, je fais un Ctrl+Z. Je vais dans les options de pinceau en haut et je clique sur « Séparer le pinceau en icônes modifiables ». Une fois séparé, il devient une icône groupée, comme je vous l'ai montré précédemment, ce qui vous permet de cliquer sur chaque élément individuellement pour le modifier. Je peux changer la couleur globale, mais je vais laisser tel quel pour l'instant.

Revenons en arrière. Gardons cette couleur marron. Je vais ajouter une diapositive en cliquant sur la section des diapositives, puis sur « Dupliquer la diapositive ». Sur cette deuxième diapositive, je peux modifier les éléments individuellement. Je vais en sélectionner quelques-uns et les mettre en rouge pour illustrer des dommages cellulaires. Je vais copier cette diapositive pour en créer une troisième et accentuer les dommages.

Je vais déplacer cet élément ici, celui-ci là, et mettre en surbrillance ces parties. En cliquant sur « Plus », j'accède à différentes options pour montrer un état sain ou, au contraire, un problème.

Si je reviens à ma diapositive initiale et que je clique sur « Présenter », je peux faire défiler les diapositives pour montrer la progression des dommages. C'est un excellent moyen de présenter avec BioRender, et il est très pratique de pouvoir utiliser des zones de travail à plusieurs niveaux.

Si je souhaite ajouter une autre diapositive, je peux le faire pour vous montrer d'autres fonctionnalités, comme notre extension PDB. Si je clique sur le fichier PDB, j'accède à tout ce qui se trouve dans la Protein Data Bank. Je clique sur « Récupérer PDB » et j'entre mon identifiant, par exemple 1HZH, pour charger ma protéine. Cela m'amène à une autre vue. Le chargement peut prendre un instant. Vous avez maintenant la structure complète de la protéine sur votre zone de travail. Vous pouvez modifier sa structure, par exemple en choisissant une vue de surface ou Van der Waals, qui est assez esthétique. Vous pouvez aussi changer la couleur, par exemple selon l'hydrophobie. Il existe de nombreuses options, mais j'aime beaucoup l'outil de réglage qui donne un très beau rendu. Je l'enregistre comme nouvelle icône, et elle est ajoutée à ma bibliothèque PDB BioRender. Je peux ensuite la faire glisser sur ma zone de travail comme n'importe quelle autre icône.

C'est ainsi que cela fonctionnait auparavant, mais une nouvelle fonctionnalité très attendue est désormais disponible : la possibilité d'importer votre propre fichier. Si la protéine n'a pas encore été publiée dans la Protein Data Bank, cliquez sur « PDB » puis sur « Importer PDB ». Tant que le fichier est dans l'un des formats pris en charge, vous pouvez le faire glisser ou le télécharger. Je vais télécharger mon fichier PDB, lui donner un nom approprié et charger ma protéine. Cela prend un instant, et voilà. C'est très simple. Vous pouvez créer vos propres modèles, même s'ils ne sont pas dans la banque de données.

Ces protéines spécifiques fonctionnent de la même manière : vous pouvez modifier leur structure et leur couleur. Enregistrons-la avec un style différent. Celui-ci est sympa. Je l'enregistre comme nouvelle icône, et elle s'utilise exactement comme les autres par simple glisser-déposer. C'est l'une de nos nouvelles fonctionnalités les plus intéressantes.

Je voulais également vous montrer les dégradés, car c'est un excellent moyen de représenter un spectre. Beaucoup de gens ne savent pas comment les utiliser dans BioRender, alors que c'est très simple. Je vais ouvrir mon dossier « Visualiser » — j'essaie d'être organisé — et ouvrir mes dégradés.

C'est parfait pour illustrer un spectre, comme une échelle de pH, la lumière visible ou un schéma de diffusion. Comme vous pouvez le voir, nous avons une forte concentration à gauche et une faible à droite. Je pense que le rendu serait meilleur avec une teinte plus sombre ici et plus claire à droite.

Pour ce faire, je clique sur l'image, puis sur la forme pour la sélectionner. Je vais dans les options de couleur de remplissage. Elle est actuellement remplie d'une couleur unie. Je clique sur « Dégradé ». Vous voyez la couleur unie actuelle. Je veux qu'elle se mélange avec du blanc, donc je clique ici, et comme vous pouvez le constater, le dégradé est appliqué.

Ce n'est pas le rendu que je souhaite. Le dégradé donne l'impression d'une concentration plus élevée en haut et plus faible en bas. Pour corriger cela, il suffit d'aller sur le petit bouton d'angle en haut à droite, de cliquer dessus — je vais choisir 270 — et nous obtenons maintenant le dégradé correct, allant du plus foncé au plus clair sur le côté droit.

C'est la méthode manuelle. Nous proposons également plusieurs préréglages en bas, ce qui est très pratique. J'aurais pu obtenir le même résultat très simplement, comme ceci, et voilà.

Pour d'autres exemples d'utilisation des dégradés, imaginons que je cherche un tube Falcon pour illustrer un changement de concentration. Utilisons celui-ci, car je sais qu'il est très facile à modifier. Je clique dessus, je supprime la partie rouge, mais je veux montrer une transition du clair vers le foncé pour indiquer que la concentration est plus forte au fond. Encore une fois, nous avons notre couleur de remplissage unie en haut. Je clique sur mon dégradé, j'ajoute le blanc, mais ce n'est pas le résultat voulu, donc nous allons inverser en réglant sur 180, et voilà. C'est très simple, ludique, et cela donne un aspect vraiment professionnel.

Une dernière méthode — enfin, il en existe plusieurs, mais voici une façon simple d'ajouter de la profondeur à vos illustrations. Regardons mes diapositives. Je vais passer à la deuxième. Si vous voulez montrer de la profondeur dans vos plaques de puits pour illustrer un pipetage, c'est tout à fait possible. Je veux verrouiller cet élément, bloquer les objets, puis je sélectionne mes puits. Voyons voir, déverrouiller, parfois cela pose un petit souci. Voilà, tous mes puits sont sélectionnés et vous pouvez voir qu'ils sont d'une couleur unie. Je retourne en haut sur « couleur de remplissage », je clique sur mon dégradé, nous ajoutons cette petite touche blanche en bas, mais ce n'est pas le dégradé que je veux. Je peux cliquer sur ce petit dégradé circulaire, et c'est génial, cela crée cet effet de profondeur spécifique dans ma plaque de puits. C'est un moyen simple et amusant de rendre vos visuels très professionnels.

Ceci conclut cette section sur les bases de BioRender, ainsi que quelques astuces et fonctionnalités avancées. Si vous souhaitez rester pour la session suivante qui commence dans environ cinq minutes, Francesca vous présentera des conseils et astuces très intéressants, ainsi que certaines de nos nouvelles fonctionnalités, pour faire de vous des experts de BioRender d'ici la fin.

Très bien, je rends la main à Jeff dès qu'il est prêt. Merci encore à tous pour votre participation, je l'apprécie vraiment.