Conseils pour illustrer les voies biologiques

Présentation

Bienvenue dans les conseils de conception du Learning Hub de BioRender destinés aux scientifiques de l'industrie. Aujourd'hui, nous nous concentrerons sur l'illustration des voies biologiques, un type de figure très particulier que beaucoup d'entre nous redoutent parfois de réaliser. Et, à juste titre, elles sont assez intimidantes à assembler. Mais nous avons décomposé le processus en concepts généraux et en conseils de conception, afin que vous puissiez, nous l'espérons, aborder la prochaine avec facilité.

Pour ceux qui n'ont jamais utilisé BioRender, il semble que nous ayons quelques nouveaux visages ou des personnes qui n'ont pas encore essayé ou créé de compte sur l'application. C'est un outil d'illustration par glisser-déposer très facile à utiliser. Tout ce dont vous avez besoin se trouve, nous l'espérons, dans la bibliothèque, prêt à être glissé sur la zone de travail pour vous permettre de créer des éléments tels que des voies biologiques, des protocoles, des chronologies, des interactions cellule-cellule, et tout ce qui peut vous aider à communiquer votre science.

Et, bien sûr, certains cas d'utilisation courants de BioRender incluent les présentations avant tout, je dirais, pour les scientifiques de l'industrie, beaucoup d'entre vous peuvent s'y identifier. Les publications, bien sûr, les demandes de subventions si vous en faites, les propositions, les posters, si je parviens à m'y remettre un jour pour les conférences, les protocoles expérimentaux et même les présentations destinées au grand public. Je sais que les résumés graphiques pour les non-spécialistes deviennent également de plus en plus populaires. Vous voulez être en mesure de communiquer votre science au grand public, donc les figures sont, bien sûr, un excellent moyen d'y parvenir.

Très bien, commençons. Nous avons consolidé de nombreux conseils basés sur plus d'une décennie de travail sur les voies de signalisation, les mécanismes intracellulaires et les modes d'action. Nous espérons que tout ce que nous vous montrerons aujourd'hui pourra être mis en œuvre dans votre prochaine figure.

La raison pour laquelle les voies biologiques, les diagrammes de voies ou les voies de signalisation sont si complexes et intimidants à aborder est que nous avons l'habitude de voir ce genre d'images. Évidemment, elles servent des objectifs différents selon le niveau de complexité et le résultat souhaité, mais en général, elles finissent par être une multitude de cercles contenant du texte, reliés par des flèches qui s'entrecroisent. Elles sont intimidantes à dessiner et tout aussi intimidantes à appréhender pour le spectateur.

C'est probablement ce que vous avez l'habitude de voir. Voici un autre exemple de diagramme de voie, et il y a certainement une raison pour laquelle cela devient très complexe. Évidemment, la nature elle-même est très, très complexe, bien plus que ce qui est montré ici, et ce n'est pas non plus ce que vous verriez à l'œil nu si vous regardiez à cette échelle. Il y a donc beaucoup d'abstraction, beaucoup de liberté artistique que nous prenons lorsque nous représentons des structures, des entités et des voies. Il nous appartient donc de communiquer tout cela de manière très claire, concise et standardisée.

Bien sûr, il existe aussi ce genre d'images qui ressemblent presque à des posters. J'en ai souvent vu en entrant dans un laboratoire, accrochées au mur, que beaucoup d'entre vous utilisent peut-être presque comme décoration. Cela ne sert pas nécessairement à une publication dans un article, par exemple, mais peut-être que ce sera marqué ou mis en favori si vous voulez vous y référer comme à une encyclopédie, ou encore, c'est un rendu un peu plus artistique. Je compare cela à une carte, ou plutôt à une carte artistique. Voici les régions viticoles de France. J'ai trouvé ça sur le web, mais vous savez, c'est très beau, c'est le genre de chose sympa à imprimer et à mettre sur mon mur. Mais je soupçonne que si vous êtes dans le sud de la France, vous préféreriez une image directionnelle comme celle-ci, vous savez, pour savoir comment aller d'un point A à un point B, plutôt que d'avoir toutes les informations possibles rendues de la manière la plus belle et la plus décorative qui soit.

J'aime donc concevoir les diagrammes de voies, ou vraiment n'importe quel diagramme scientifique, de cette façon. Il s'agit vraiment d'éliminer ce dont vous n'avez pas besoin pour montrer ce que vous devez montrer, ou ce qui est important, ce qui est un « plus » par rapport à ce qui est indispensable. Parfois, nous devons faire des sacrifices en simplifiant l'histoire pour montrer ce qui est nécessaire et ce qui ne l'est pas.

Ceci étant dit, nous avons résumé nos apprentissages en quatre conseils pour aujourd'hui, pour des raisons de temps et, bien sûr, en fonction de la quantité d'informations que vous pouvez probablement absorber en une session Zoom. Nous avons condensé cela en ces quatre concepts. Le premier est l'optimisation du flux d'informations. Cela s'applique vraiment à tout type de figure, donc même si vous ne créez pas de voies biologiques, cela s'appliquera certainement à toute figure scientifique que vous réaliserez. Le deuxième est l'idée de la couleur. Ce n'est pas vraiment un conseil, mais plutôt des concepts généraux à ce sujet, à savoir l'utilisation appropriée de la saturation et du contraste, ce qui concerne non seulement la lisibilité, mais aussi le service rendu à tous les types d'utilisateurs, y compris les daltoniens. Le troisième est le zoom pour montrer l'échelle correcte. Il existe quelques astuces ici que vous pouvez utiliser pour orienter votre spectateur afin qu'il n'ait pas à zoomer et dézoomer constamment, du niveau de l'organisme macroscopique à la cellule, au tissu et aux protéines. Il existe un moyen de montrer cela de manière un peu plus concise. Et enfin, le quatrième est l'utilisation appropriée des lignes et des flèches, comme vous l'avez vu et expérimenté.

Les voies biologiques consistent à organiser des éléments de base tels que des carrés, des formes, des flèches et des lignes d'une manière spécifique. Il existe quelques règles générales à suivre pour épurer votre figure et la rendre moins chaotique. L'optimisation du flux d'informations est importante, quel que soit le type de figure que vous créez. Il existe quelques flux d'informations ou compositions de base à respecter, comme le sens unidirectionnel de gauche à droite, de haut en bas, ou cyclique. Évitez d'aller dans la direction opposée. Le principe de proximité est également important pour les voies. Lorsque vous assemblez des concepts, ils doivent être suffisamment faciles à déplacer sur votre canevas, comme s'ils étaient collés sur un post-it. Regroupez étroitement les éléments qui se rapportent au même concept et assurez-vous que l'espacement entre eux est cohérent. Voici un exemple de la manière de mieux aligner les éléments sur une page, en particulier pour les figures à plusieurs panneaux. Dessinez un cadre autour de chaque étape et réorganisez-les afin qu'ils soient correctement alignés et que l'espacement entre eux soit cohérent.

Lors d'un appel de recherche utilisateur, divers sujets et méthodes ont été abordés, comme la manière d'évaluer les retours des utilisateurs et la compilation des méthodes de recherche utilisateur dans un document. L'importance de comprendre les besoins des utilisateurs a également été discutée, et un appel de suivi a été programmé pour approfondir les retours des utilisateurs. Il a été noté que plusieurs nouveaux membres avaient rejoint la salle, notamment Francesca et Cindy, qui font partie de l'équipe BioRender. Un sondage a été publié plus tôt, et bien que seule une petite fraction de la salle ait répondu, il s'agissait d'un échantillon équilibré de personnes ayant utilisé BioRender et d'autres non, ainsi que d'immunologistes, de biologistes moléculaires et d'autres profils. De nombreux participants collaborent ou reçoivent des retours sur leurs figures de la part de collègues de leur équipe immédiate, et beaucoup doivent faire des présentations pour la haute direction, l'équipe de gestion, des collègues de l'équipe de communication ou d'autres personnes.

Voici un exemple rapide d'un avant/après réalisé lors d'une transformation de figure en direct. La science de base était présente, mais le flux d'informations était un peu difficile à suivre. L'image a été transformée en une formation en Z, ce qui a été très utile pour clarifier l'histoire et la rendre beaucoup plus facile à suivre. Le principe de proximité a également été utilisé pour regrouper étroitement les éléments se rapportant au même concept.

Ils sont mieux alignés, ce qui épure immédiatement l'image. Parfois, il suffit simplement de les décaler légèrement et de laisser de l'espace entre les sections ; c'est encore une fois le principe de proximité. Voici un autre exemple pour bien faire passer le message. Nous sommes allés plus loin en utilisant l'idée de hiérarchie du texte, de la police et de la typographie. Donc, vous voyez, mettre les sous-titres en gras, ajouter les numéros un, deux, trois, quatre, puis ajuster le tout pour créer ces beaux couloirs visuels entre chaque étape, ce qui permet une séparation claire des concepts par étape. D'accord, ces principes peuvent sembler très basiques, mais il s'agit de se lancer et de commencer à créer une figure complexe sous forme de voie.

Deuxième conseil : je vais passer en revue un peu de théorie, puis pour les points trois et quatre, nous allons plonger dans l'application et faire un petit atelier pour donner vie à la figure. Un peu de contexte : je ne sais pas combien d'entre vous ont déjà suivi un cours de design ou appris la théorie des couleurs, mais il existe essentiellement trois dimensions à la couleur. Vous n'avez pas besoin de mémoriser cela, je voulais juste le mentionner pour que vous compreniez si j'utilise certains de ces termes. La teinte est juste un nom sophistiqué pour désigner une couleur ; le rouge est une teinte, le vert est une teinte, le jaune est une teinte. Chaque teinte ou couleur peut avoir une valeur, ce qui correspond simplement à la clarté ou à l'obscurité de la couleur. Je dirais que c'est le point numéro un pour créer des figures lisibles par les personnes daltoniennes et pour créer un point focal dans une image. La chroma est la troisième dimension. Si vous l'imaginez comme un axe XYZ, la chroma est essentiellement la saturation d'une couleur.

Voici un exemple de la voie dont nous parlions plus tôt, créée par un utilisateur de BioRender et publiée dans notre bibliothèque de modèles. Je voulais montrer que, même sur une figure comme celle-ci, votre œil a probablement été attiré par ce TGF bêta ainsi que par les phosphates, car ils présentent le plus haut niveau de saturation et de contraste, et c'est là que nos yeux se dirigent naturellement. Tout comme les abeilles sont attirées par la zone de plus fort contraste, qui est la fleur, il en va de même pour une voie comme celle-ci. Vous pouvez considérer cela comme la fleur de votre nature morte ou de votre voie. Si je changeais maintenant le point focal, la saturation et la valeur vers une autre partie de la figure, votre œil irait là en premier. Je parie que votre œil a été attiré par l'ADN ou l'intérieur du noyau dans la deuxième image de la figure deux, simplement en changeant la couleur, le niveau de saturation et la valeur. C'est donc légèrement plus sombre, le contraste est plus élevé et la couleur est plus vive. Vous avez donc un contrôle très précis sur l'endroit où vous voulez que votre public ou vos spectateurs regardent en premier. C'est peut-être le cœur de vos recherches, et vous voulez vous assurer qu'ils ne manquent pas cette partie dans une figure complexe comme une voie.

Troisième conseil : utilisez l'opacité avec parcimonie. Si vous utilisez trop de saturation et de contraste sur toute la page, c'est comme prendre un surligneur et surligner tout un paragraphe d'un livre ou une page entière. Vous voulez vraiment utiliser cela avec parcimonie, presque comme un outil très puissant uniquement dans les zones appropriées. Pour la majeure partie, vous pouvez atténuer tout le reste jusqu'à presque le niveau de gris, en utilisant simplement des tons pastel ou une couleur plus douce. Vous n'avez pas besoin d'utiliser un surligneur pour mettre en évidence chaque protéine. Je voulais juste vous montrer à quel point il est puissant de concentrer l'attention de votre spectateur sur certaines zones.

Ces trois figures sont-elles exactement les mêmes, à part le changement de couleur ? D'accord, et un dernier point à aborder ici, pas nécessairement une voie en soi. Je suis sûr que vous avez déjà réalisé des figures comme celle-ci par le passé. Un défi lors de la création de figures cellule à cellule est que les noyaux sont naturellement plus sombres. Je vois donc toujours des scientifiques avoir du mal à créer des diagrammes comportant des noyaux ou des phénomènes se déroulant dans les noyaux, et cela finit par être très délavé parce que les noyaux sont trop sombres. Il est difficile de superposer des éléments sans qu'ils ne se perdent. Une astuce que nous aimons utiliser dans l'industrie consiste à convertir les figures en niveaux de gris pour voir où le contraste devient un problème. Là où il y a des zones de très haute ou de très basse valeur, vous pouvez voir ici que l'ADN double brin semble en fait simple brin quand je le passe en noir et blanc. Il devient évident qu'il y a des problèmes de contraste lorsque vous convertissez en niveaux de gris, alors que dans la version couleur, c'est un peu trompeur car on pense que, simplement parce que c'est une couleur différente, l'œil nu peut le distinguer. Et évidemment, l'étiquette ici, apoptose, disparaît. Ce que vous voudriez faire, c'est augmenter le contraste de ces étiquettes, et c'est là que nous avons utilisé l'opacité et joué avec la transparence pour rendre les éléments d'arrière-plan un peu plus clairs. En gros, nous avons pris cette cellule T et nous avons diminué son opacité. Je pense que celle-ci est à 100 %, et celle-ci est à environ 80 % de transparence, ce qui lui donne une couleur plus claire. Cela change complètement la couleur, et vous avez un contrôle précis lorsque vous modifiez l'opacité. Vous devez faire attention si votre arrière-plan est très sombre, car cela finira par transparaître dans la cellule. Mais si ce n'est pas le cas, et nous recommandons d'utiliser un fond blanc autant que possible, la transparence est un outil très puissant. Je pense que cela illustre bien le message sur le contraste, et j'adore aborder les deux derniers conseils dans l'application elle-même. Les deux derniers conseils étaient de zoomer pour montrer l'échelle correcte, encore une fois pour orienter votre spectateur, et le quatrième est l'utilisation appropriée des lignes et des flèches, ou du moins l'utilisation cohérente des lignes et des flèches. C'est très, très important pour raconter votre histoire correctement.

Je vais retourner dans BioRender ici, et je peux aussi faire une pause d'une seconde s'il y a des questions dans le chat. Il semble qu'il y en ait eu quelques-unes qui ont peut-être déjà reçu une réponse. Salut Shiz, une question que nous avons eue était de savoir comment convertir en niveaux de gris dans BioRender. Si vous pouviez montrer cette option, je pense que c'est super utile pour suivre votre conseil. Oui, absolument. Pourquoi ne pas rouvrir la figure que je viens de faire ? Il y a quelques raccourcis ici. Il y a ce petit symbole noir et blanc, et en fait, ce petit point d'interrogation signifie qu'il y a un petit tutoriel qui accompagne cette fonctionnalité. Donc, si je clique dessus, cela va me montrer non seulement comment le faire, mais aussi la valeur, ou je vais utiliser la valeur pour différentes raisons, l'importance d'utiliser les niveaux de gris. Donc, je peux cliquer sur ce bouton, et cela va temporairement supprimer la couleur sur mon canevas, si vous avez vu. Voici la version couleur, et voici la version noir et blanc. Il y a ce petit bouton ici. Je peux aussi simplement aller dans Affichage > Sur le canevas > Niveaux de gris. Si je clique dessus, c'est la même chose. Ce qui est génial, c'est que je peux en fait continuer à dessiner comme si j'étais en mode couleur, car cela me permet aussi de voir quelle est la vraie valeur d'une couleur si je vis dans un monde en noir et blanc. Donc, vous pouvez voir que cela change pour une nuance de gris différente. C'est donc une habitude très puissante à prendre que de penser en termes de valeur et de contraste. Si vous choisissiez cette couleur, je ne sais pas vraiment à quoi elle ressemble en couleur, mais je sais que si mon public était daltonien, il pourrait la voir, et elle a assez de contraste pour que même le spectateur moyen puisse la voir. C'est la conversion en niveaux de gris.

Juste pour nous échauffer dans l'application, je voulais passer en revue six façons différentes d'utiliser les flèches et les lignes. C'est un tutoriel très rapide que j'aime faire suivre à tout le monde juste pour couvrir les bases. Si vous avez déjà vu cela, c'est génial. Ce sera un bon rappel. Une façon d'utiliser les lignes et les flèches est, bien sûr, de dessiner des flèches parfaitement circulaires pour créer une sorte de boucle de rétroaction ou peut-être une voie cyclique. Nous avons cette option de flèche circulaire très cool dans BioRender, donc si vous allez dans Insérer > Ligne > Flèche circulaire, toutes ces options sont des cercles parfaits. Elles ne se comportent donc pas comme nos autres flèches, et vous ne pouvez pas créer de flèches droites à partir d'une circulaire. En fait, il semble qu'il y ait un autre petit tutoriel ici que je pourrais regarder. Je peux couper la flèche en plusieurs morceaux. Je peux changer la longueur de cette flèche circulaire, et elle suivra un arc parfait à 360 degrés. C'est vraiment cool. Je vais fermer ce tutoriel et je vais l'utiliser maintenant. Cette figure que vous voyez ici, nous pourrions probablement la télécharger en tant que modèle si vous souhaitez jouer avec. C'est juste une figure que j'ai faite en utilisant des icônes BioRender. J'ai donc un peu détourné BioRender pour qu'il ressemble à cette feuille de travail juste pour vous montrer l'option des flèches. Donc, la voici, une flèche parfaitement circulaire. Vous n'avez donc pas à deviner comment en faire une, et je vais la couper au milieu ici, vous pouvez le faire aussi. J'adore cet outil pour montrer l'activation du mouvement circulaire. Nous pouvons la garder comme une flèche pointue, je pense que pour l'inhibition, j'utiliserai la pointe de flèche aplatie. Celle-ci ici, voilà. Et peut-être que je vais même aller plus loin et utiliser un code couleur pour que, encore une fois, en utilisant la couleur comme moyen de montrer des comportements antagonistes, regardez ça. Et mon canevas s'est un peu assombri, et c'est parce que je suis dans ce qu'on appelle une icône groupée. C'est un peu comme un monde isolé où, si je double-cliquais en dehors de cela maintenant, cela bougerait comme une seule pièce, alors que si je double-clique pour modifier le groupe, je peux modifier ces objets, mais je ne peux pas vraiment sélectionner les choses derrière. C'est intentionnel. Donc, je vais juste annuler.

C'était l'utilisation des flèches circulaires, et comment étiqueter les choses. Cela peut entrer en jeu lors de la création de voies, lorsque vous devez étiqueter certaines choses et ensuite différencier ces lignes d'étiquetage des flèches de mouvement. C'est très important car parfois, ce que nous voyons, c'est l'utilisation d'une flèche pour montrer un mouvement mais aussi pour servir d'étiquetage. Donc, si vous utilisez quelque chose comme ça, on dirait peut-être que les vésicules entrent dans la cellule au lieu de l'étiqueter. C'est pourquoi l'utilisation cohérente des flèches, des lignes et des lignes d'étiquetage est très importante. Pour les étiquettes, en particulier, si vous ouvrez la chose la plus complexe à étiqueter, comme un manuel de neuroanatomie, nous utilisons toujours des lignes avec ce petit point à la fin. Encore mieux, une ligne avec un point à la fin et un coude dans la ligne, et voici pourquoi. Donc, voici une vésicule et ce point à la fin est assez agressif. Je vais peut-être diminuer un peu la taille de celui-ci. Vous pouvez changer la taille de ce cercle. Voilà. Ensuite, je vais faire un alt-glisser juste pour copier. Je pense que pour un PC, c'est contrôle-glisser ou peut-être option-glisser ou alt-glisser. Laissez-moi ouvrir les antisèches ici. Si quelqu'un est un utilisateur de PC, peut-être que vous pouvez le crier. Oh, dupliquer. Donc, c'est un option-glisser pour moi parce que je suis sur un Mac. Donc, ce doit être alt-glisser pour les PC. En tout cas, vous pouvez le faire et copier très rapidement pendant que vous dessinez. Voyez-vous comment j'ai cette charnière dans le coude ? Cela libère un peu cette extrémité pour pointer vers tout ce que je veux. Bien sûr, évitez aussi de croiser les lignes d'étiquetage et les lignes de voie de signalisation. Cela devient vraiment confus.

Gardons les choses propres et bien rangées. Le contraste devient un peu sombre dans cette zone, mais je pense que nous nous en sortons bien. Passons au troisième type de ligne : le sectionnement à l'aide de lignes pointillées. Maintenant, cela me rappelle l'utilisation de ces découpages de poupées en papier quand j'étais enfant. Les lignes pointillées sont excellentes pour des choses comme les lignes de coupe pour une voie en particulier, montrant des choses qui se sont peut-être produites, ou qui vont se produire, ou qui sont peut-être moins susceptibles de se produire que d'autres événements. C'est un moyen très efficace d'utiliser une ligne pointillée. Je n'irais pas trop loin dans l'utilisation des lignes pointillées pour chaque partie de votre voie parce que, encore une fois, cela peut devenir un peu chargé. Ce sont toutes sortes de conseils de pro. Donc, je ne peux pas imaginer utiliser cela pour beaucoup de raisons, mais si vous voulez faire preuve de fantaisie, c'est un moyen cool de montrer cela.

Si je devais dézoomer, cela donne une sorte d'effet "virgule Nike" se déplaçant dans l'espace, une sorte d'illusion. D'accord, donc avec ces six différents types de flèches, vous pouvez représenter beaucoup de concepts différents. Je pense que c'était assez de révision sur les lignes. Je vais retourner dans mon dossier ici, et la bonne chose à propos de BioRender, c'est qu'il sauvegarde automatiquement. Donc, si quelque chose arrive à votre navigateur, disons que Zoom prend trop de ma connexion internet et fait planter mon navigateur Chrome, je peux en fait remonter dans le temps en utilisant l'historique des versions sur n'importe quelle figure que je fais. Si je reviens à, disons, 14h33, cela va montrer l'image avec laquelle j'ai commencé. Et ensuite, vous pouvez récupérer vraiment n'importe quelle version de la figure que vous faites. Juste pour que vous sachiez que c'est là comme option.

Super. Et euh, de nouvelles questions ? Je pense que nous nous en sortons bien ici. Génial. Et puis une chose que je noterai, c'est que pour créer des voies, je ne peux probablement pas en créer une qui répondra aux besoins de tout le monde aujourd'hui, mais euh, une dernière chose que je veux laisser, c'est la notion de créer des courbes et des lignes plus douces pour votre figure. Donc, vous pouvez voir ici que nous avons un assez bon début pour une image relativement complexe, un diagramme de voie, ou une voie de signalisation dans un environnement. Vous pouvez en fait changer le type de ligne pour passer de l'une de ces lignes à angle droit parfaites à une ligne courbe et lisse. On dirait que c'est déjà le cas.

Donc, chaque fois que vous voyez cette petite ligne ici qui a... c'est difficile à voir à cette échelle, j'espère que vous pouvez la voir. Elle est différente du nœud d'angle. Elle a cette sorte de couleur beignet, un contour blanc, le centre sombre. Cela va en fait lisser vos courbes. Donc, c'est un bon moyen de rendre le tout un peu plus fluide et d'enlever ces bords durs de votre voie. Je recommanderais cela aussi si vous voulez rendre le tout un peu plus convivial. Je pense que cela va en fait lisser les deux bords, et c'est un peu pointilleux. Vous savez, je pense que cela fera passer votre figure d'un aspect 80 % fini à peut-être 100 % une fois que vous commencerez à implémenter ces quelques options. Et puis, si vous ne l'avez pas déjà remarqué, dans BioRender, nous avons en fait pris une partie de cela en considération en ce qui concerne les options de contraste et de valeur. Ce sont toutes sortes de conseils de pro.

Donc, si je devais supprimer cela, et que j'insère une forme avec du texte dedans, c'est en fait exactement la même chose que si vous alliez ici en bas et créiez une protéine. Pourquoi ne pas le faire quand même pour les besoins de la démo ? Donc, étiquette, et je peux taper "TGF bêta". Bêta est une lettre grecque, donc je vais venir ici et insérer un symbole. C'est vraiment sympa parce que maintenant je n'ai pas besoin d'aller sur Google et de taper bêta. Copier et coller. En fait, voici le menu déroulant, donc vous avez toutes les lettres grecques les plus courantes. Nous avons même ces sortes de flèches vers le haut et vers le bas si vous montrez une augmentation ou une diminution, ce qui est encore une fois très courant dans les voies de signalisation. Vous pouvez aller de l'avant et les utiliser. Mais j'ai juste besoin du symbole bêta, donc je vais l'obtenir et supprimer ces autres lettres ou symboles, le réduire un peu. Je pourrais transformer cela en une forme de pilule si je parle peut-être d'une protéine spécifique, donc c'est vraiment sympa aussi.

Donc, juste pour être cohérent avec la rangée du haut, je vais en faire un objet légèrement incurvé, et j'aime le schéma de couleurs du fond rouge et du texte blanc. Vous pouvez voir ici que les deux premières rangées de nos options sont une police de lettres sombres sur un fond clair, c'est très intentionnel de notre part, et l'inverse est vrai, alors qu'un fond sombre et une police claire. Et c'est important encore une fois pour garder ce contraste. Vous voulez en quelque sorte "entre guillemets" rendre cela infaillible pour ne pas faire d'erreurs dans votre contraste lors de la création de voies de signalisation. Donc voici cette option rouge. Je pense que quiconque a créé ce modèle a utilisé l'une de nos couleurs modèles, donc maintenant cela correspond parfaitement. C'est donc un très bon moyen de commencer à inclure des protéines et des molécules dans votre figure. Encore une fois, je peux faire option ou alt-glisser pour créer plusieurs piles de protéines. Cela rend les choses vraiment faciles, et je pense que la magie réside vraiment dans ces couleurs présélectionnées et pré-approuvées, de sorte que peu importe la couleur que vous utilisez, vous n'aurez pas de risque de conflit, et c'est un autre concept en soi que de savoir comment ne pas faire entrer vos couleurs en conflit. Je pense que c'est un atelier un peu avancé que nous devrions organiser, mais en tout cas, utiliser nos couleurs prédéfinies pour les formes, je pense, est un bon début pour savoir que vous n'allez pas avoir de couleurs conflictuelles ou d'images à faible contraste.

D'accord, et voyons, je vais appuyer sur aperçu juste pour voir à quoi cela ressemble. C'est très joli et centré. Le flux d'informations est assez agréable. Il vient de haut en bas, et parfois nous ne pouvons pas nous contenter de faire deux compositions, donc c'est de haut en bas, puis un peu de gauche à droite en bas, mais je pense, en général, qu'il suit un flux compositionnel assez agréable.

Très bien, donc je pense que dans les quelques dernières minutes ici, je vais juste aller de l'avant et vous montrer comment faire une figure à partir de zéro, juste pour vous montrer que ce n'est pas intimidant du tout de commencer dans BioRender. Je vais poser les bases de ma figure, qui est peut-être juste une membrane. Encore une fois, certains d'entre vous ont déjà utilisé BioRender plusieurs fois, donc ce sera une révision, mais j'aime utiliser la bicouche phospholipidique chaque fois que je peux. Parfois, ce n'est pas nécessaire, cependant, mais nous l'avons pré-faite ici. C'est une icône, qui est une sorte d'objet aplati. Je peux changer la couleur du cytosol, mais je ne peux pas vraiment changer les têtes phospholipidiques individuelles. Si vous voulez changer les têtes phospholipidiques, je recommanderais d'utiliser notre option de pinceaux. Elle est représentée ici avec ce petit logo de pinceau bleu. Donc, si je devais faire glisser celle-ci qui, je pense, ressemble assez à la version icône que j'ai fait glisser, et que je fais glisser l'extrémité jusqu'au bord du canevas, celle-ci est en fait un peu plus flexible, et je peux changer la forme si besoin. Encore une fois, je vais aller de l'avant et en faire une couleur plus sombre. Je pense que ça a l'air bien. Ça a l'air un peu absurde, cependant, mais ce n'est pas grave.

Noyau - prenez juste celui-ci. La première chose que je vois, la première que je vois - accrochez-la sur le bord, d'ailleurs. Tout ce qui est sur le bord ne sera pas exporté, donc vous pouvez utiliser cela comme une sorte d'espace de travail. TLR puisque j'ai remarqué que beaucoup d'entre vous sont des immunologistes dans la salle, et vous pouvez utiliser ces protéines simplifiées parfois, et nous sommes encore en train de rattraper ces sortes de voies canoniques, mais parfois nous aurons des groupes ou des grappes de protéines déjà faits que vous pouvez simplement faire glisser sur votre canevas. Et encore une fois, c'est une icône groupée, donc si je double-clique dessus, je vais entrer dans un mode différent où je peux encore une fois changer la couleur de cette forme de pilule, même changer l'étiquette elle-même.

Le résultat est déjà très esthétique, presque naturel. Encore une fois, cela peut sembler un peu abstrait, mais je vais ajouter quelques flèches pour illustrer le mouvement dans l'espace. Oups. Je vais utiliser Alt-glisser pour montrer ce déplacement. Encore une fois. Peut-être qu'il se passe quelque chose ici. Peut-être que l'élément pénètre dans le noyau à ce stade, puis qu'une réaction se produit. Je fais un copier-coller ici. Plus tard, il finit par sortir de la cellule. Je ne suis pas encore certain du résultat, mais je pose les bases.

Très bien, je vais peut-être ajouter un peu d'ADN pour finaliser cette figure. Il existe de nombreuses façons d'illustrer l'ADN. Vous pouvez utiliser nos icônes aplaties, qui sont de magnifiques formes vectorielles 2D comme celle-ci. Je peux modifier légèrement la couleur directement sur place. Si vous avez besoin de plus de flexibilité, nous proposons un pinceau ADN, similaire à celui pour la membrane. Si votre scénario nécessite une forme plus complexe, n'hésitez pas à utiliser notre pinceau ADN. Pour l'instant, je vais me contenter de ceci, puis ajouter une protéine. J'adore ces formes de protéines génériques. Je vais donc l'utiliser. Quoi qu'il en soit, voici une voie métabolique très simplifiée. Elle pourrait être bien plus complexe, mais je voulais simplement montrer les bases pour commencer. Si je clique sur aperçu, voilà. Je retourne à ma galerie. Nous avons abordé beaucoup de concepts et le temps presse, alors je vais faire une pause pour voir si je peux répondre aux questions qui n'ont pas encore été traitées.

Une question du public porte sur la meilleure façon de visualiser un zoom, du niveau tissulaire au niveau cellulaire, puis protéique sur le canevas. C'est une excellente question. Je recommande l'utilisation de cercles de recadrage. Voici une version simplifiée : nous reprenons cela des dessins anatomiques en utilisant ce type de loupe. C'est un moyen simple de montrer des zooms sur des éléments complexes. Nous avons créé un recadrage circulaire de cette structure de souris et l'avons placé autour d'un cercle. Pour les voies métaboliques, voici un autre exemple montrant l'intérieur de l'un de ces minuscules puits, ce qui permet de rendre compte de l'échelle dans un espace très restreint. C'est une méthode possible. Une autre approche que nous apprécions pour les voies cellulaires consiste à simplement dessiner un cadre autour de deux formes. Vous pouvez réduire la taille, par exemple, et supprimer les objets superflus pour garder une image très épurée. Si je devais me concentrer sur une zone précise, disons le point focal de mon récit, elle est évidemment très petite et difficile à voir à cette échelle, mais vous voulez orienter votre spectateur en lui indiquant qu'il s'agit d'une interaction entre une cellule cancéreuse et un lymphocyte T. Je crée donc ce que l'on appelle parfois une fenêtre chirurgicale, une sorte d'orientation pour dire : « Voici la partie du corps dont je parle », puis je zoome pour créer ce gros plan à une échelle plus grande. J'espère que cela vous aide. C'est certainement l'une des méthodes les plus populaires.

Cela devient très délicat lorsque vous montrez, par exemple, un virus interagissant avec une cellule, puis avec une autre, car vous multipliez les changements d'échelle. Si vous arrivez à présenter quelque chose comme ceci, c'est parfait. Parfois, vous pouvez même faire pivoter la cellule pour créer ce type d'environnement. Bien sûr, tout ce qui dépasse du canevas n'est pas visible, ce qui devient alors votre zone de mise au point. Et bien sûr, assurez-vous que les couleurs correspondent à l'élément sur lequel vous zoomez, qu'il s'agisse de bleu ou d'orange, pour éviter d'avoir une protéine anormalement énorme sur une minuscule surface cellulaire. Aperçu, et voilà.

Désolé, c'était un peu rapide, mais c'est une approche possible si vous avez plusieurs cellules en interaction. Vous pouvez bien sûr multiplier cela pour l'utiliser avec d'autres cellules. Merci pour ces excellentes questions, au passage. Pour ceux qui se demandent comment je me déplace, j'utilise la barre d'espace pour faire glisser les éléments. Si vous manquez de place, vous pouvez toujours fermer votre bibliothèque pour agrandir votre canevas, c'est une option disponible. Il est presque 15 heures, ou 15 heures chez nous à Toronto, selon l'endroit où vous vous trouvez. Merci beaucoup d'être restés avec nous jusqu'au bout. J'espère que vous avez appris quelque chose et nous vous remercions sincèrement de vous être joints à nous aujourd'hui.