BioRender 201 for Biotech and Pharma

개요

오늘 BioRender 201 세션에 오신 여러분을 환영합니다. 이번 세션은 신규 및 고급 기능을 중심으로 구성되었습니다. 오늘 세션의 목표는 BioRender 101 입문 세션에서 다루었던 기본 도구들을 바탕으로 더 심화된 내용을 배우는 것입니다. 혹시 101 세션을 듣지 못하셨더라도 걱정하지 마세요. 플랫폼의 심화 기능을 살펴보기 전에 모두가 같은 수준에서 시작할 수 있도록 기초 내용을 빠르게 복습할 예정입니다.

아직 만나 뵙지 못한 분들을 위해 간단히 제 소개를 하겠습니다. 저는 BioRender에서 과학 커뮤니케이션 및 고객 성공 매니저를 맡고 있는 팀(Tim)입니다. 저는 원래 과학을 전공했습니다. 학부에서 생화학을 공부했고, 약리학 및 치료학 박사 학위를 받았습니다. 대학원 시절, 논문과 랩 미팅을 위한 피규어를 만드는 것이 얼마나 어려운 일인지 절실히 깨달았습니다. 파워포인트로 타임라인을 만들면서 눈금을 하나하나 맞추고, 라벨을 중앙에 정렬하느라 씨름했던 기억이 납니다. 정말 힘든 과정이었죠. 한 번은 위원회 미팅 발표를 위해 구글에서 찾은 이미지와 휴대폰으로 찍은 사진을 이어 붙여 프랑켄슈타인 같은 피규어를 만든 적이 있습니다. 결과물이 어땠을지는 여러분도 상상하실 수 있을 겁니다. 대학원 시절 내내 이런 일이 비일비재했습니다. 쏟은 노력에 비해 결과물의 퀄리티는 항상 만족스럽지 않았죠. 제가 BioRender에 합류한 이유는 저와 같은 어려움을 겪는 과학자들을 돕고, 자신의 연구를 정확하게 표현하는 피규어를 더 쉽게 만드는 방법을 알려드리고 싶었기 때문입니다.

오늘 다룰 내용을 간단히 말씀드리겠습니다. 먼저, 모두가 같은 출발선에 설 수 있도록 기초 내용을 빠르게 복습하겠습니다. 기존 사용자분들께는 복습의 시간이 될 것이고, 신규 사용자분들께는 본격적인 시작에 앞서 기본기를 다지는 시간이 될 것입니다.

기초를 다진 후에는 다섯 가지 고급 팁과 도구에 대해 자세히 알아보겠습니다. 다중 선택 기능, 정렬 도구, 도형 및 선 커스터마이징, 커넥터 라인, 사용자 지정 색상 등이 포함됩니다.시간이 허락한다면 마지막에 협업 기능에 대해서도 간단히 다루겠습니다. 각 팁을 실제로 어떻게 활용하는지 다양한 예시를 통해 보여드릴 예정입니다. 마지막에 질의응답 시간을 마련해 두었지만, 궁금한 점이 있다면 언제든 채팅창이나 Q&A를 통해 질문해 주세요. 더 자세히 알고 싶거나 이해가 가지 않는 부분은 무엇이든 바로 설명해 드리겠습니다.

BioRender 기초

좋습니다. 그럼 기초 복습부터 시작하겠습니다. 모두가 쉽게 따라올 수 있도록 아주 처음부터 시작할게요. 계정에 로그인하면 가장 먼저 갤러리 페이지가 나타납니다. 이곳은 여러분이 사용할 수 있는 모든 일러스트레이션이 모여 있는 곳입니다. 분류되지 않은 파일들을 볼 수 있으며, 더 체계적으로 관리하고 싶다면 폴더를 만들어 정리할 수도 있습니다. 특정 프로젝트와 관련된 피규어들을 그룹화할 수도 있죠. 상단에는 공유하지 않는 한 본인만 볼 수 있는 개인 파일과 폴더가 있고, 하단에는 공유받은 파일과 폴더가 표시됩니다. 공유 기능에 대해서는 세션 후반부에 더 자세히 다루겠지만, 일단 갤러리 페이지에서는 본인이 접근할 수 있는 모든 자료를 찾을 수 있다고 이해하시면 됩니다.

에디터로 돌아가려면 접근 권한이 있는 파일을 열기만 하면 됩니다. 저는 BioRender를 설명할 때 항상 레고(Lego)에 비유하곤 합니다. 레고를 가지고 놀아본 적이 있거나, 자녀가 레고를 좋아하거나, 혹은 자녀에게 레고 세트를 사줄 계획이 있는 분들이라면 잘 아실 겁니다. 레고는 미리 만들어진 블록을 조립하여 다양한 구조물을 만드는 것이죠. BioRender도 정확히 같은 원리입니다. 아이콘과 브러시 같은 빌딩 블록을 제공하여 일러스트레이션을 쉽게 구성할 수 있도록 돕습니다.

플랫폼에서 가장 많이 사용하게 될 주요 빌딩 블록들을 빠르게 살펴보겠습니다. 첫 번째는 '아이콘'입니다. 왼쪽 탭에서 모든 아이콘을 찾을 수 있으며, 라이브러리에는 50,000개가 넘는 과학적 개체가 포함되어 있습니다. 여기에 주요 아이콘 카테고리들이 나열되어 있으니 자유롭게 둘러보세요. 보시다시피 세포 유형별로 분류되어 있고, 더 깊이 들어가면 하위 유형까지 세분화되어 있습니다. 아이콘 라이브러리를 탐색하다 보면 크게 두 가지 그룹으로 나뉜다는 것을 알 수 있습니다. 일반적인 썸네일 형태의 아이콘과, 썸네일 왼쪽 하단에 작은 기호가 표시된 그룹화된 아이콘이 있습니다. 이 두 가지가 우리가 다룰 두 가지 클래스입니다.

일반 아이콘과 그룹화된 아이콘은 겉보기엔 비슷해 보이지만 실제로는 꽤 다릅니다. 왼쪽의 일반 아이콘은 하나의 단일 개체로 작동합니다. 크기나 방향을 변경할 수 있고, 전체 색상을 바꾸거나 투명도, 채도, 아이콘 뒤의 글로우 효과 등 다른 속성들을 조절할 수 있습니다. 강조하고 싶은 점은, 일반 아이콘은 하나의 단위로 작동하기 때문에 편집 내용이 아이콘 전체에 적용된다는 것입니다.

반면 그룹화된 아이콘은 겉모습은 같아 보여도 더블 클릭하여 내부로 들어가면 이 자동차를 구성하는 개별 요소들을 확인할 수 있습니다. 예를 들어, 특정 도메인에 돌연변이를 표시하고 싶다면 해당 도메인만 선택하여 색상을 변경할 수 있습니다. 특정 도메인을 삭제할 수도 있죠.

이렇게 삭제하거나 위치를 옮길 수도 있습니다. 지금은 예시를 보여드리기 위해 임의로 움직이는 것이지만, 편집 모드에서 빠져나온 후에도 그룹 내의 모든 요소가 함께 이동하는 것을 볼 수 있습니다. 이는 라이브러리의 아이콘을 자신의 필요에 맞게 커스터마이징할 수 있는 아주 유용한 방법입니다. 구성 요소를 일일이 옮길 필요 없이 한꺼번에 관리할 수 있어 매우 편리합니다. 

다음으로 살펴볼 빌딩 블록은 '브러시'입니다. 일반 아이콘이나 그룹화된 아이콘은 전체적인 구조가 비교적 고정되어 있는 반면, 브러시를 사용하면 페이지에서 매우 역동적인 구조를 만들 수 있습니다. 예를 들어, DNA 일반 아이콘의 길이를 늘리고 싶다면 끝부분을 잡고 드래그할 수 있지만 모양이 조금 어색해질 수 있습니다. 확장하려면 각 조각을 복제하여 끝과 끝을 이어 붙여야 하죠. 인지질 이중층을 만들어 본 적이 있는 분들이라면 아마 좋지 않은 기억이 떠오르실지도 모르겠네요.

이제 여러 하위 단위를 일일이 복사해서 붙여넣는 대신 브러시를 사용하여 작업할 수 있습니다. DNA 가닥을 가로지르는 파란색 선이 보이실 겁니다. 길이를 늘려야 한다면 끝부분을 잡고 당기기만 하면 됩니다. 그러면 모든 하위 단위가 자동으로 추가됩니다. 이렇게 하면 번거로운 복사 및 붙여넣기 과정을 거치지 않고도 브러시를 원하는 대로 구부리고 모양을 잡는 데만 집중할 수 있습니다. 이 파란색 선이 있는 모든 개체에 동일하게 적용되며, 브러시뿐만 아니라 여기 있는 선과 같은 요소에도 사용할 수 있습니다. 노드가 다시 나타나는 것을 볼 수 있는데, 노드가 보인다는 것은 해당 모양을 변경할 수 있다는 뜻입니다. 따라서 일러스트레이션에서 다양한 요소와 아이디어를 표현하는 방식에 큰 유연성을 제공합니다. 물론 브러시는 개별 조각으로 구성되어 있으므로, 나중에 개별 아이콘을 따로 수정할 수도 있습니다.

예를 들어, 오른쪽에 있는 바이오 브러시를 보겠습니다. 현재 파란색 선과 노드가 표시되어 있습니다. 즉, 모양을 구부리거나 약간 움직일 수 있다는 뜻입니다. 하지만 막의 일부가 손상되어 이를 시각적으로 보여주고 싶다고 가정해 보겠습니다. 차이점을 강조하기 위해 복사본을 하나 만들겠습니다. 브러시 자체를 클릭한 다음 '편집 가능한 아이콘으로 분리(separate the brush into editable icons)'를 선택하면 몇 개의 아이콘을 개별적으로 편집할 수 있습니다. 이 버튼을 선택하면 "이 작업은 되돌릴 수 없습니다. 브러시에서 그룹화된 아이콘으로 변경할 수는 있지만, 다시 되돌릴 수는 없습니다"라는 팝업이 뜹니다. 즉, 유연성을 잃게 된다는 뜻이므로, 나중에 다른 그림에서 이 구조가 필요할 것 같다면 확인을 누르기 전에 즐겨찾기에 추가해 두는 것을 잊지 마세요.

그렇게 하면 이제 그룹화된 아이콘으로 변환된 것을 볼 수 있습니다. 이제 더블 클릭하여 들어가면 색상을 변경하고 싶은 특정 부분을 상자로 드래그하여 선택한 다음, 여기서 색상을 약간 변경할 수 있습니다. 이제 시각적으로 청중이 그림을 볼 때 어두워진 영역으로 즉시 시선이 집중됩니다. 따라서 청중의 주의를 다시 환기하고 원하는 부분에 집중하게 만드는 아주 쉬운 방법입니다.

나중에 색상을 활용하여 독자의 시선을 집중시키고 일러스트레이션을 안내하는 방법에 대해 더 자세히 다룰 예정입니다. 이는 그림의 구성을 전혀 바꾸지 않고도 효과를 낼 수 있는 아주 멋진 방법입니다. 

레고 비유를 계속하자면, 아이콘과 브러시가 개별적인 구성 요소라면 BioRender가 제공하는 템플릿은 완전히 완성된 구조물이라고 생각하면 됩니다. 레고 자동차를 예로 들면, 모든 조각이 레고로 만들어져 있지만 완성된 자동차 형태를 갖추고 있는 것과 같습니다. 하지만 완성된 자동차라도 여전히 조각을 교체하거나 외형을 바꿀 수 있듯이, BioRender 템플릿도 마찬가지입니다. 템플릿은 왼쪽의 템플릿 탭에서 찾을 수 있습니다. 다시 한번 말씀드리지만, 템플릿은 다양한 카테고리로 나뉩니다. 우리가 제공하는 주요 템플릿 카테고리를 모두 확인할 수 있습니다. 만약 본인의 연구 분야가 이 카테고리에 구체적으로 나와 있지 않다면, 템플릿 라이브러리를 검색해 보시는 것을 추천합니다. 선택할 수 있는 다양한 템플릿이 많이 있습니다.

예를 들어, 오늘 참석하신 미생물학자분들을 위해 '미생물학(microbiology)'을 검색해 보겠습니다. 아이콘 팩과 사용할 수 있는 다양한 템플릿이 있는 것을 확인할 수 있습니다. 자유롭게 둘러보고 일러스트레이션에 활용해 보세요. 사용하려면 원하는 템플릿을 클릭하기만 하면 됩니다. 일러스트레이션에 추가하거나 전체를 교체할 수 있습니다. 저는 교체하는 방식을 선택하겠습니다. 이제 슬라이드가 이 템플릿으로 대체되었습니다. 레고 구조물과 마찬가지로 이 템플릿들도 BioRender에서 제공하는 모든 요소로 구성되어 있으며, 이 그림을 만드는 데 사용된 모든 조각을 확인할 수 있습니다. 즉, 필요한 경우 라벨을 제거하거나 위치를 옮기는 등 많은 편집이 가능하다는 뜻입니다. 사실 이 모든 템플릿은 여러분이 그림을 그리기 시작할 때 기초가 되도록 마련된 것입니다. 그림 제작 과정을 훨씬 빠르게 시작할 수 있도록 도와줍니다.

이제 BioRender의 기초 기술을 다루었으니, 모두가 기대하고 계실 만한 내용으로 넘어가 보겠습니다. 아직 사용해 보지 못했을 수도 있는 고급 도구들입니다. 다중 선택, 정렬 도구, 사용자 지정 모양 및 선, 커넥터 선, 사용자 지정 아이콘 색상 등이 여기에 해당합니다. 이러한 기능을 특별히 선택한 이유는 시간을 절약해 주거나, 원하는 내용을 정확하게 표현할 수 있도록 일러스트레이션을 맞춤 설정할 수 있게 해주기 때문입니다.

다중 선택 도구

이 기능들을 자세히 살펴보겠습니다. 먼저 다중 선택 도구와 정렬 도구입니다. 이 도구들은 그림을 만들 때 시간을 절약하는 데 매우 유용합니다. 먼저 '동일한 아이콘 모두 선택(Select all same icons)' 도구는 정말 유용합니다. 캔버스에 항체가 흩어져 있고 색상을 변경하고 싶다고 가정해 보겠습니다. 아이콘 하나를 클릭하고 색상을 바꾸고, 다음 아이콘을 선택하고 색상을 바꾸는 과정을 반복할 수도 있습니다. 하지만 아이콘이 많아질수록 매우 번거롭고 시간이 오래 걸립니다. 대신 아이콘 중 하나를 클릭하고 상단 툴바에서 '동일한 아이콘 선택' 버튼을 클릭하면 일치하는 모든 항체가 선택됩니다. 이제 한꺼번에 색상을 변경할 수 있으므로 일일이 찾아다니며 색상을 바꿀 필요가 없습니다. 거의 즉시 수행할 수 있어 시간을 크게 절약할 수 있습니다.

모든 아이콘을 상자로 드래그하여 선택하는 것이 불가능한 경우도 있습니다. 예를 들어, 다양한 면역 세포와 암세포가 섞여 있는 좁은 미세 환경에서 면역 세포의 색상을 변경하고 싶을 때가 그렇습니다. '동일한 아이콘 선택' 도구를 사용하면 수지상 세포를 선택하고 동일한 아이콘을 모두 선택한 다음 그룹으로 색상을 변경할 수 있습니다. 이렇게 하면 모든 아이콘이 빠짐없이 변경되었는지 확인할 수 있습니다. 활성화된 대식세포도 마찬가지로 동일한 아이콘을 모두 선택하여 더 밝은 파란색으로 변경할 수 있습니다. 암세포의 경우도 동일한 아이콘을 모두 선택하여 더 어두운 빨간색으로 눈에 띄게 만들 수 있습니다. 이렇게 하면 일일이 클릭하며 아이콘을 찾거나 어렵게 상자를 드래그할 필요 없이, 기준 아이콘을 클릭하고 동일한 아이콘을 모두 선택하여 한꺼번에 변경할 수 있습니다.

여기서 잠시 이야기를 돌려보겠습니다. 면역 세포와 암세포의 색상을 변경한 것은 의도적인 선택이었으며, 이는 스토리텔링에 도움이 되기 때문입니다. 우리는 종종 색상을 사용하여 이야기를 보강하고 전달할 수 있습니다. 어릴 적 읽었던 동화책이나 만화책을 떠올려 보면, 악당이나 적대자는 주로 붉은색이나 따뜻한 톤으로, 주인공이나 영웅은 녹색, 파란색 또는 차가운 톤으로 표현되는 경우가 많습니다. 스타워즈가 완벽한 예인데, 시스(Sith)는 항상 빨간색 광선검을 사용하는 반면, 영웅인 제다이(Jedi)는 주로 녹색이나 파란색 광선검을 사용합니다. 이러한 스토리텔링 기법은 과학 이미지에도 적용할 수 있습니다. 일반적으로 이야기의 영웅인 면역 세포를 파란색/녹색으로 표현하면 이를 쉽게 나타낼 수 있습니다. 마찬가지로 암세포를 더 어둡고 따뜻한 빨간색으로 바꾸면 이 종양 미세 환경 이야기에서 악당임을 나타낼 수 있습니다. 그림의 구성을 전혀 바꾸지 않고도 이 모든 것이 가능합니다. 색상만 변경했을 뿐인데도 하나는 적대자, 다른 하나는 주인공이라는 인상을 쉽게 줄 수 있습니다. 구성 요소를 변경하지 않고도 이야기를 바꾸거나 이야기에 깊이를 더할 수 있는 멋진 방법입니다.

또한 색상의 또 다른 장점은 연관성을 만드는 데 사용할 수 있다는 것입니다. 영웅과 악당의 예처럼, 독자가 일러스트레이션을 이해하도록 안내하는 데도 도움이 됩니다. 프로토콜에서 관심 단백질이 나머지 일러스트레이션과 구분되지 않는 경우가 있습니다. 전체 일러스트레이션이 푸르스름한 색조를 띠고 있고 관심 단백질도 비슷한 색조라면, '동일한 아이콘 선택' 기능을 사용하여 해당 단백질을 강조할 수 있습니다. 단백질을 클릭하고 동일한 아이콘을 모두 선택한 다음 색상 오버레이를 추가하면 됩니다. 웨스턴 블롯과 대조하여 색상을 적용할 수 있습니다. 즉시 단백질이 화면에서 튀어나와 배경과 확실히 구분되는 것을 볼 수 있습니다. 이는 관심 있는 요소를 강조하기 위해 색상을 사용하는 예입니다. 이 경우 관심 단백질은 파란색 배경과 대비되는 더 굵은 주황색으로 표시되어 그림 전체에서 단백질이 어떻게 이동하는지 쉽게 추적할 수 있습니다. 자유 단백질로 시작하여 항체와 결합하고, 침전된 후 웨스턴 블롯 전에 정화되는 과정을 쉽게 따라갈 수 있습니다.

주황색이 파란색에서 눈에 띄는 이유는 보색 관계이기 때문입니다. 보색 또는 반대색은 색상환의 서로 다른 끝에 위치한 색상입니다. 이 두 색상을 결합하거나 섞으면 서로 상쇄되는 쌍입니다. 빨간색/녹색, 파란색/주황색, 보라색/노란색이 그 예이며, 나란히 배치하면 가장 강한 대비를 만들어냅니다. 로고 제작에도 보색이 많이 사용되는데, 예를 들어 파란색과 주황색의 환타, 빨간색과 녹색의 세븐업 등을 보면 알 수 있습니다. 이 모든 것이 매우 선명한 대비를 만들어내어 전경의 요소가 배경에서 확실히 돋보이게 합니다. 위에서 언급한 그림에서 관심 단백질을 나머지 일러스트레이션과 구분하기 위해 적용한 아이디어도 바로 이것입니다. 한 가지 주의할 점은 빨간색과 녹색은 적록 색맹인 사람들에게는 가장 접근하기 쉬운 색상이 아닐 수 있다는 것입니다. 따라서 색상 조합을 선택할 때 빨간색과 녹색이 자신에게 보이는 것만큼 모두에게 똑같이 눈에 띄지는 않을 수 있다는 점을 염두에 두어야 합니다. 색상을 사용하여 사람들의 시선을 집중시키거나 안내한다는 아이디어를 바탕으로, 이 예시를 강조하는 경로를 보여드리겠습니다. 현재 이 경로는 수용체 결합을 강조하고, 신호 전달 경로를 촉발하여 단백질의 전사로 이어집니다. 이는 상당히 복잡한 경로이며 많은 부분이 동시에 일어나고 있습니다. 이 일러스트레이션을 발표할 때 수용체에 대해 설명하고 있는데 청중이 신호 전달 경로나 전사 인자, 전사 과정을 보고 있다면 따라오기 어려울 것입니다. 대신 색상을 사용하여 청중의 주의를 집중시킬 수 있습니다. 발표 모드에서 어떻게 하는지 보여드리겠습니다. 메커니즘을 설명할 때 먼저 TGIF 베타 결합에 대해 이야기하는 상단 부분을 색칠하고, 결합 과정이 끝나면 그 후에 발생하는 신호 전달 경로를 촉발합니다. 신호 전달 경로가 완료되면 단백질의 전사가 일어납니다. 일러스트레이션의 나머지 부분과 대비되는 선명한 색상을 사용함으로써 발표 내내 청중을 안내할 수 있습니다. 슬라이드를 넘길 때 여러분의 시선도 색상을 따라가고 있을 것입니다. 색상을 사용하여 청중을 안내하는 아주 멋진 방법입니다. 가장 중요한 것은 청중이 일러스트레이션에서 길을 잃지 않게 하는 것입니다. 요즘 사람들은 너무 적은 시간에 너무 많은 일을 하고 있기 때문에, 발표를 듣거나 그림을 볼 때 내용을 이해하기 위해 추가적인 노력을 기울이게 해서는 안 됩니다. 청중이 쉽게 따라오게 하는 방법 중 하나는 색상을 사용하여 시선을 안내하고 현재 가장 중요한 부분이 어디인지 알려주는 것입니다.

정렬 도구

지금까지 '동일한 아이콘 모두 선택' 도구를 사용하여 색상을 변경하는 방법에 대해 이야기했습니다. 하지만 이 기능은 색상 변경 외에도 유용합니다. 요소들을 일렬로 정렬해야 할 때가 있습니다. 예를 들어 모세혈관 내의 혈액 세포가 한 줄로 통과하는 모습을 보여주고 싶다고 가정해 보겠습니다. 하나씩 움직이는 대신 가이드라인을 사용하여 정렬할 수 있습니다. 하지만 이는 매우 번거로운 과정이며, 아이콘이 5개만 되어도 작업량이 많습니다. 하물며 프로토콜의 수많은 텍스트 상자를 정렬해야 한다면 거의 불가능할 것입니다. 이때 선택 기능을 활용하면 됩니다. 첫 번째 아이콘을 클릭하고 동일한 아이콘을 모두 선택한 다음 정렬 도구로 이동합니다. 왼쪽 가장자리, 중심선, 하단 등 다양한 정렬 옵션이 있으며, 다른 기준점에 맞춰 정렬할 수도 있습니다. 정렬 방식에 대해 설명하자면, 기본적으로 동일한 아이콘을 모두 선택했을 때 생성되는 상자의 바깥쪽 가장자리를 기준으로 정렬합니다. 예를 들어 왼쪽으로 정렬하면 모든 아이콘이 이 가장자리에 맞춰 밀착됩니다. 모든 것을 그렇게 이동시키면 제자리에 딱 맞게 정렬되는 것을 볼 수 있습니다. 중심선을 선택하면 상자의 중심에 맞춰 정렬됩니다.

또한 모든 아이콘을 선택한 상태에서 더 균일하게 만들고 싶다면 동일한 작업을 수행할 수 있습니다. 배분(distribute) 기능도 있습니다. 다양한 배분 방식이 있는데, 여기서는 아이콘들이 균일한 간격으로 배치되기를 원하므로 해당 버튼을 클릭하면 모든 아이콘이 균일한 간격으로 배치됩니다. 물론 모든 아이콘이 선택된 상태이므로 색상을 변경하여 아이콘들을 통일할 수도 있습니다.

마지막으로, '동일한 아이콘 모두 선택' 기능을 사용하여 모든 텍스트 상자를 정렬하는 가장 쉬운 방법을 보여드리고 싶습니다. 타임라인을 만들 때 매우 어려웠던 부분인데, 여기서는 관심 있는 모든 텍스트 상자를 선택하고 중심선에 맞춰 정렬하기만 하면 됩니다. 수동으로 1픽셀씩 맞추느라 고생할 필요 없이 자동으로 정렬되므로 시간을 크게 절약할 수 있습니다.

사용자 지정 도형

네, 색상 그라데이션도 만들 수 있습니다. 사용자 지정 블롭(blob) 도구에 대해 설명하면서 바로 보여드리겠습니다. 지금 설명하고 싶은 것은 사용자 지정 모양과 선을 만드는 방법입니다. 이와 관련하여 아이콘을 사용자 지정하기 위해 색상을 변경하는 방법도 함께 다룰 수 있습니다. '블롭 도구'는 이름이 조금 생소할 수 있지만 정말 멋진 기능입니다. '도형 삽입(insert shape)'으로 이동한 다음 '사용자 지정 모양(custom shapes)'으로 들어가서 독특한 모양 중 하나를 선택하여 캔버스에 놓습니다. 바로 파란색과 흰색 노드가 나타나는 것을 볼 수 있습니다. 기초를 다시 떠올려 보면, 이 노드들은 요소의 구조를 변경할 수 있다는 뜻입니다. 그라데이션이나 색상을 만들려면 '채우기(fill)'로 이동합니다. 현재는 단색으로 선택되어 있지만, 그라데이션으로 전환하여 그라데이션을 만들 수도 있습니다.

농도 변화를 나타내거나 한 상태에서 다른 상태로의 진행을 보여주고 싶다면 그라데이션 모드로 들어가서 원하는 모양으로 조정할 수 있습니다. 적용되는 각도도 변경할 수 있어 완벽하게 맞춤 설정이 가능합니다. 발생 생물학을 연구하는 분들이라면 세포의 한쪽에서 다른 쪽으로 이동하는 다양한 발달 인자의 농도를 보여주어 유기체의 다양한 특징 발달을 유도하는 과정을 표현하는 데 아주 재미있는 방법이 될 것입니다.

다시 이 사용자 지정 블롭 도구로 돌아와서, 어떤 경우에 사용자 지정 모양을 만들어야 할지 궁금하실 수 있습니다. 이 도구의 정말 멋진 점은 구형 영역을 강조하는 데 사용할 수 있다는 것입니다. 예를 들어 뇌에 종양이 있다고 가정해 보겠습니다. 종양이 있다는 사실뿐만 아니라 뇌의 어느 영역이 영향을 받았는지 강조하고 싶습니다. 모양이 불규칙하기 때문에 원이나 사각형으로 강조하기는 쉽지 않습니다. 이럴 때 이 사용자 지정 모양을 만들어서 사용할 수 있습니다.

뇌 모양에 맞춰 조정해 보겠습니다. 우선 이 모양을 적절한 위치에 배치하겠습니다. 채우기 색상을 투명하게 만든 다음 빨간색으로 설정하겠습니다. 종양의 색상과 맞추기 위해서입니다. 그런 다음 투명도를 높여서 붉은 기운은 유지하면서 배경에 자연스럽게 녹아들도록 하겠습니다. 이제 이 커스텀 블롭(blob)을 드래그하여 종양의 영향을 받을 수 있는 뇌 영역을 강조할 수 있습니다. 이런 식으로 뇌의 특정 부위를 재미있게 강조할 수 있습니다. 이것이 블롭 도구를 활용하는 한 가지 방법입니다. 또 다른 방법은 자신만의 커스텀 단백질을 만드는 것입니다. 단독으로 보면 직관적이지 않을 수 있지만, 이 단백질이나 DNA, 핵산과 같은 다른 요소들과 결합하면 무언가 기능을 하는 단백질처럼 보이게 할 수 있습니다. 또한 커스텀 모양이기 때문에, 예를 들어 단백질의 함입(invagination)을 깊게 만드는 돌연변이가 발생했다면, 블롭을 드래그하고 조작하여 시각적으로 표현할 수 있습니다. 조금만 조절하면 돌연변이를 반영할 수 있습니다. 블롭 도구에 익숙해지면 정말 멋진 작업들을 할 수 있습니다. 여기 저희 크리에이티브 팀이 제공한 예시들이 있습니다. 언뜻 보기에는 여러 커스텀 모양이 흩어져 있는 것처럼 보이지만, 사실은 그룹화된 아이콘입니다. 이 모든 모양은 여러 블롭을 겹쳐서 만든 것입니다. 블롭의 위치가 마음에 들지 않으면 직접 조정하거나 수정하여 원하는 모양으로 만들 수 있습니다. 이것들은 비교적 단순한 모양이지만, 오른쪽에 있는 뇌 단면을 보면 훨씬 복잡하다는 것을 알 수 있습니다. 예를 들어, 제가 뇌섬엽(insula)을 강조하기 위해 사용한 것처럼, 커스텀 모양을 조작하여 특정 뇌 영역을 강조할 수 있습니다. 연습을 통해 아주 정교한 작업도 가능하며, 커스텀 블롭 도구 사용법에 익숙해지면 자연스럽게 다룰 수 있게 될 것입니다. 

선과 화살표

이제 선과 화살표에 대해 살펴보겠습니다. BioRender의 선 도구도 이러한 기능을 반영하도록 설계되었습니다. 오늘 다룰 내용은 원형 화살표와 플라스미드 화살표를 만드는 방법입니다. '선 삽입(insert line)' 메뉴로 이동하면 사용할 수 있는 원형 화살표가 있습니다. 이 원형 화살표 중 하나를 선택해 캔버스로 드래그합니다. 선택된 상태에서 편집 패널이 열리면 다양한 속성을 설정할 수 있습니다. 앞서 질문하신 것처럼 여기서 색상을 변경하거나 화살표의 두께, 점선 여부 등 다양한 설정을 바꿀 수 있습니다. 또한 선의 효과를 조정하여 끝으로 갈수록 가늘어지는 테이퍼(taper) 효과나 선이 흐려지는 효과를 줄 수 있습니다. 시작점과 끝점의 기호를 화살촉으로 할지, 뉴런 모양으로 할지 등 스타일을 즉시 변경할 수 있습니다. 표준 선이나 화살표, 억제 기호 등도 꼬리와 머리 모양을 바꾸는 것만으로 쉽게 전환할 수 있습니다.

원형 화살표의 가장 큰 특징은 파란색과 흰색 노드입니다. 모양을 바꾸는 대신, 흰색 노드는 '끊기(snipping)' 지점 역할을 합니다. 화살표 중간에 정보를 삽입하거나 끊어야 할 경우, 흰색 노드를 클릭하여 분리할 수 있습니다. 그 후 파란색 노드를 잡고 끊어진 간격의 크기를 조절할 수 있습니다. 이는 정보가 순환하는 흐름을 만들면서 중간에 내용을 삽입할 공간을 확보할 수 있는 아주 유용한 방법입니다.

오른쪽 예시를 보면 아주 정교한 플라스미드가 보이지만, 사실은 두 개의 원을 겹쳐 놓은 것입니다. 여러분도 쉽게 만들 수 있습니다. 플라스미드를 디자인하고 싶다면 이 방법을 따라 해 보세요. 왼쪽 예시처럼 아래쪽에 얇은 원을 하나 두고, 그 위에 다른 원을 겹칩니다. 앞서 사용했던 원을 가져와 화살표 크기를 이전 지점과 대략 맞춥니다. 원을 움직이다 보면 중앙에 작은 점이 나타나는데, 이것이 기준점 역할을 합니다. 두 원이 정확히 겹쳐 있는지 확인하고, 이를 가이드 삼아 화살표 크기를 조절합니다. 위치가 잡히면 화살표 두께를 적당히 키운 뒤, 끊기 지점을 이용해 분리합니다. 이곳을 '유전자 A', '유전자 B' 등으로 설정하면 끊어질 때마다 화살촉이 자동으로 다시 나타납니다. 색상 팁을 하나 드리자면, 색상을 활용해 아이디어와 연관성을 연결할 수 있습니다. 이 화살표가 유전자 A를 의미한다면, 해당 세그먼트를 클릭하고 색상 선택 도구로 유전자 A의 색상을 지정합니다. B와 C도 마찬가지입니다. 색상은 매우 강력한 도구이므로 일러스트를 디자인할 때 항상 염두에 두시기 바랍니다.

원형 화살표로 플라스미드를 만드는 것 외에도, 이런 원형 워크플로우를 만들 수 있습니다. 복잡해 보이지만 사실은 하나의 원을 여러 부분으로 나눈 것입니다. 위상 도표의 단계를 보여주거나, 각 단계 사이에 화살표 세트를 배치할 수 있습니다. 좋은 점은 항상 완벽한 원형을 유지하므로 나중에 다시 조정할 필요가 없다는 것입니다. 화살표 도구에 익숙해지면 이런 생물학적 경로도 만들 수 있습니다. 매우 복잡해 보이지만, 사실 원 세 개를 겹치고 그 위에 아이콘을 배치한 것입니다. 익숙해질수록 더 강력하고 멋진 일러스트를 만들 수 있습니다.

선 도구의 또 다른 장점은 다른 요소에 '고정(anchor)'할 수 있다는 점입니다. 예전에는 선을 중심점에 맞추기 위해 일일이 조정해야 했고, 단백질 A나 인산화된 버전을 옮기면 화살표가 따라오지 않아 다시 수정해야 하는 번거로움이 있었습니다. BioRender에서는 화살표를 양 끝 요소에 고정할 수 있습니다. 커서를 첫 번째 요소 근처로 가져가면 점 두 개와 연결선이 있는 기호가 나타납니다. 이는 한쪽에 고정되었다는 뜻입니다. 다른 요소에도 똑같이 하면 화살표가 양쪽에 고정됩니다. 이제 단백질 A를 움직여도 화살표가 자동으로 따라옵니다. 라벨 위치만 신경 쓰면 되므로 선을 다시 수정할 필요가 없습니다. 텍스트뿐만 아니라 아이콘 전체에도 고정할 수 있습니다. 중앙 아이콘에 화살표를 고정하면, 중앙 요소를 옮길 때 화살표가 자동으로 조정됩니다. 프로토콜을 선형으로 설계할 때는 권장하지 않지만, 위치를 변경해야 할 때 화살표가 자동으로 따라오므로 매우 편리합니다. 흐름도를 만들 때 특히 유용하며, 라벨을 옮겨도 선이 자동으로 맞춰집니다. 흐름도를 만들 때는 각도를 제한하는 것이 좋습니다. 수직 또는 수평선을 유지하고 불필요한 각도를 최소화하세요. 고정된 상태에서는 조정이 쉽습니다. 예를 들어 오른쪽 라벨에 고정되어 있다면, 라벨을 옮길 때 선이 자동으로 스냅됩니다. 텍스트와 화살표 위의 요소를 그룹화하면 이동 시에도 중앙 정렬이 유지됩니다. 아이콘이 텍스트 중앙에 오도록 가이드라인이 표시되므로 이를 활용해 조정하세요.

워크플로우에서 각도를 제한하는 것은 경로를 만들 때도 적용됩니다. 대부분의 각도를 90도로 유지하면 경로를 조작하기 쉽고 더 깔끔해 보입니다. 색상 편집기도 매우 유용합니다. 색상 사전 설정을 사용하여 아이콘 전체 색상을 변경하거나, 일부 아이콘의 경우 개별 레이어 색상도 바꿀 수 있습니다. 투명도, 채도, 발광(glow) 등 다양한 속성을 조절할 수 있습니다. 발광 기능을 사용하면 형광 효과를 낼 수 있습니다. 예를 들어 녹색 형광 단백질의 경우, 더블 클릭하여 발광 효과를 적용하면 아주 멋진 형광 느낌을 줄 수 있습니다.

많은 분들이 객체에 붉은색 발광 효과를 적용하기도 합니다. 이는 염증, 붉은 기운, 열기 또는 손상된 느낌을 주기 때문입니다. 요소를 많이 추가하지 않고도 색상만으로 일러스트에 더 많은 맥락과 깊이를 더할 수 있는 아주 좋은 방법입니다.

이런 식으로 멋진 효과를 낼 수 있습니다. 마무리하기 전에 구조 생물학자나 단백질 결정 구조를 자주 다루는 분들을 위한 팁을 하나 더 드리겠습니다. 단백질의 표면과 내부 구조를 동시에 보여주는 엑스레이 뷰 같은 효과를 만들 수 있습니다. 복잡해 보이지만, 사실 두 개의 단백질을 겹쳐 놓은 것뿐입니다.

더블 클릭해 보면 하나는 리본 구조이고 다른 하나는 표면 구조입니다. 두 개를 겹친 뒤 아래쪽 단백질의 투명도를 높여 엑스레이 뷰를 만든 것입니다. PDB 파일을 가져와서 CSB에서 검색하거나 컴퓨터에서 업로드하면 됩니다. 저는 결정 구조가 없어서 문헌에 있는 샘플 단백질을 사용하겠습니다. 리본 구조를 가진 요소를 하나 저장하고, 같은 방식으로 표면 구조(Van Der Waals)를 적용한 요소를 하나 더 저장합니다. 이제 두 단백질을 겹쳐서 배치하고, 아래쪽 단백질의 투명도를 조절한 뒤 그룹화하면 됩니다. 아주 간단하게 강력한 시각 효과를 만들 수 있습니다.

오늘 준비한 내용은 여기까지입니다. 세션에 참여해 주셔서 감사합니다. 새로운 팁을 배우고, 아직 발견하지 못했던 기능들을 알아가는 시간이 되었기를 바랍니다.