BioRender 201 für Biotech und Pharma

Übersicht

Willkommen zur heutigen BioRender 201-Sitzung, die speziell auf neue und fortgeschrittene Funktionen ausgerichtet ist. Das Ziel der heutigen Sitzung ist es, auf einigen der grundlegenden Werkzeuge aufzubauen, die bereits in der Einführungssitzung BioRender 101 behandelt wurden. Aber keine Sorge, falls Sie daran nicht teilnehmen konnten: Wir werden die Grundlagen kurz wiederholen, um sicherzustellen, dass wir alle auf dem gleichen Stand sind, bevor wir tiefer in die Plattform eintauchen.

Für diejenigen, die ich noch nicht persönlich kennenlernen durfte: Ich dachte, es wäre schön, mich kurz vorzustellen, anstatt nur eine Stimme aus dem Off zu sein. Mein Name ist Tim und ich bin Manager für Wissenschaftskommunikation und Kundenerfolg hier bei BioRender. Ich bin von Haus aus Wissenschaftler. Ich habe mein Grundstudium in Biochemie absolviert, bevor ich in Pharmakologie und Therapeutik promovierte. Erst während meiner Zeit als Doktorand wurde mir klar, wie schwierig es war, Abbildungen für meine Arbeiten und Labortreffen zu erstellen. Ich erinnere mich noch genau daran, wie ich ständig mit PowerPoint kämpfen musste, um Zeitachsen zu erstellen, jede einzelne Markierung auszurichten und sicherzustellen, dass meine Beschriftungen zentriert und korrekt angeordnet waren. Es war ein echter Kampf, und einmal – ich erinnere mich noch sehr lebhaft daran – musste ich einige Bilder, die ich bei Google gefunden hatte, mit Fotos von meinem Handy kombinieren, um diese Frankenstein-Abbildung zu erstellen, die ich bei einem Komitee-Treffen präsentieren musste. Sie können sich wahrscheinlich alle vorstellen, wie das aussah. Das war während meiner Zeit als Doktorand ein ständiges Thema für mich. Die Qualität meines Endergebnisses schien nie in einem positiven Verhältnis zu dem Aufwand zu stehen, den ich betreiben musste. Deshalb bin ich zu BioRender gekommen: Ich wollte Wissenschaftlern helfen, dieselben Probleme und Schwierigkeiten zu vermeiden, die ich durchmachen musste, und ihnen zeigen, dass es einen einfacheren Weg gibt, Abbildungen zu erstellen, die ihre Arbeit präzise darstellen.

Hier ist die Agenda für das, was wir heute behandeln werden. Zuerst machen wir eine kurze Wiederholung der Grundlagen, um sicherzustellen, dass wir alle auf dem gleichen Stand sind. Das dient als Auffrischung für die erfahrenen Nutzer unter Ihnen und stellt sicher, dass auch neue Teilnehmer den Anschluss finden, bevor wir loslegen.

Ein Stück weiter, und danach werde ich auf unsere fünf fortgeschrittenen Tipps und Werkzeuge eingehen. Das sind die Funktionen zur Mehrfachauswahl, Ausrichtungswerkzeuge, das Anpassen von Formen und Linien, die Arbeit mit Verbindungslinien und benutzerdefinierte Farben. Wenn wir am Ende noch Zeit haben, werden wir auch kurz über die Zusammenarbeit sprechen. Zu all diesen Punkten werde ich verschiedene Beispiele zeigen, damit Sie die Tipps direkt in der Anwendung sehen können. Am Ende haben wir eine kurze Zeit für Fragen und Antworten reserviert, aber falls Sie zwischendurch Fragen haben, müssen Sie nicht bis zum Schluss warten. Schreiben Sie sie gerne in den Chat oder den F&A-Bereich. Wir werden sicher auf alles eingehen, was Sie genauer sehen möchten oder was unklar geblieben ist.

BioRender-Grundlagen

Großartig, fangen wir also mit einer kurzen Wiederholung der Grundlagen an. Ich fange ganz von vorne an, damit jeder folgen kann. Wenn Sie sich zum ersten Mal in Ihrem Konto anmelden, landen Sie auf Ihrer Galerie-Seite. Hier sehen Sie im Grunde alle Illustrationen, die Ihnen zur Verfügung stehen. Dies sind all Ihre unsortierten Dateien, und Sie können auch eigene Ordner erstellen, wenn Sie etwas mehr Ordnung wünschen. Dann gibt es Gruppen mit verschiedenen Abbildungen, die zu einem bestimmten Projekt gehören könnten. Oben finden Sie alle Dateien und Ordner, die privat sind, es sei denn, Sie entscheiden sich, sie zu teilen. Unten sehen Sie alle Dateien und Ordner, die für Sie freigegeben wurden. Ich werde später in der Sitzung noch etwas mehr dazu sagen, aber für den Moment finden Sie auf dieser Galerie-Seite alles, worauf Sie Zugriff haben.

Um die Plattform zu nutzen und zurück in den Editor zu gelangen, öffnen Sie einfach eine der Dateien, auf die Sie Zugriff haben, und Sie werden in den Editor weitergeleitet. Die Analogie, die ich immer gerne verwende, um BioRender zu beschreiben, ist, dass es sehr ähnlich wie Lego ist. Für diejenigen unter Ihnen, die schon einmal mit Lego gespielt haben, oder falls Sie Kinder haben, die mit Lego spielen, oder falls Sie planen, Sets für Ihre Kinder zu kaufen: Für diejenigen, die es nicht kennen, Lego besteht im Grunde aus vorgefertigten Bausteinen, aus denen man verschiedene Strukturen zusammensetzen kann. BioRender funktioniert genau so. Wir stellen Ihnen Bausteine wie Symbole und Pinsel zur Verfügung, mit denen Sie Ihre Illustration einfach konstruieren können.

Ich werde kurz einige der wichtigsten Bausteine durchgehen, denen Sie auf der Plattform begegnen werden. Zuerst sind da die sogenannten Symbole. Alle Symbole finden Sie im linken Reiter hier. Insgesamt umfasst die Symbolbibliothek meiner Meinung nach über 50.000 verschiedene wissenschaftliche Einheiten. Hier sehen Sie einige der Hauptkategorien unserer Symbole. Stöbern Sie einfach ein wenig, um zu sehen, was verfügbar ist. Sie sehen, dass wir nicht nur Zelltypen haben, sondern sogar noch tiefer in Untertypen verschiedener Zellen gehen können, und hier können Sie alle durchsuchen. Was Ihnen beim Durchstöbern der Symbolbibliothek auffallen wird, ist, dass sie in zwei Gruppen unterteilt sind. Es gibt solche, die nur ein Standard-Vorschaubild haben, wie dieses hier, sowie solche, die ein kleines Symbol unten links im Vorschaubild haben, wie dieses gruppierte Symbol hier. Diese repräsentieren unsere zwei verschiedenen Klassen.

Wir haben also unsere regulären Symbole und unsere gruppierten Symbole. Obwohl sie oberflächlich betrachtet recht ähnlich aussehen, sind sie tatsächlich ziemlich unterschiedlich. In diesem Fall, wie hier links bei diesem regulären Symbol, fungiert es im Wesentlichen als ein einziges Teil. Sie können also Dinge tun wie die Größe ändern, die Ausrichtung anpassen, aber Sie können auch die Farbe des gesamten Teils ändern. Außerdem können Sie mit anderen Eigenschaften spielen, wie der Transparenz, der Sättigung des Symbols sowie dem Leuchten, das dahinter liegt. Was ich hervorheben wollte, ist, dass sich fast alle Änderungen, die Sie vornehmen, auf das gesamte Symbol auswirken, da Sie im Grunde mit einer einzigen Einheit arbeiten.

Im Gegensatz dazu können Sie bei gruppierten Symbolen, die oberflächlich gleich aussehen, tatsächlich per Doppelklick in das Symbol hineingehen. Hier sehen Sie alle verschiedenen Teile, aus denen dieses Auto besteht, und hier können Sie diese Teile einzeln bearbeiten. Wenn ich zum Beispiel eine Mutation in einer dieser Domänen vorgenommen hätte, könnte ich diese Domäne auswählen und vielleicht die Farbe ändern, um das anzuzeigen. Wenn ich bestimmte Domänen löschen wollte, könnte ich das auch tun. Ich könnte

sie einfach entfernen. Ich kann Dinge verschieben. Ich weiß, das ergibt keinen Sinn; es soll nur verdeutlichen, was mit einem gruppierten Symbol möglich ist. Sie können Dinge verschieben, und selbst nachdem Sie den Bearbeitungsmodus verlassen haben, sehen Sie, dass sich alle Elemente innerhalb dieser Gruppe mitbewegen, wenn Sie das Symbol verschieben. Das ist eine wirklich coole Möglichkeit, die Symbole in der Bibliothek genau an Ihre Bedürfnisse anzupassen, ohne dass Sie jedes einzelne Bauteil manuell verschieben müssen. Eine wirklich tolle Art, Dinge zusammenzufassen. 

Die nächste Art von Bausteinen, über die wir sprechen werden, sind die Pinsel. Während die regulären und gruppierten Symbole relativ statisch sind – das heißt, die Gesamtstruktur des Symbols bleibt weitgehend fixiert –, ermöglichen Ihnen die Pinsel, sehr dynamische Strukturen auf Ihrer Seite zu erstellen. Was ich damit meine, zeige ich Ihnen an ein paar Beispielen. Nehmen wir an, ich möchte mein reguläres DNA-Symbol verlängern: Ich kann immer die Enden greifen und ziehen. Das sieht dann ein bisschen seltsam aus. Oder wenn ich es erweitern wollte, müsste ich eigentlich Duplikate von jedem dieser Teile erstellen und sie einfach Ende an Ende aneinanderreihen. Falls schon einmal jemand eine Phospholipid-Doppelschicht erstellt hat, weckt das vielleicht einige unschöne Erinnerungen.

Anstatt mehrere Untereinheiten mühsam kopieren und einfügen zu müssen, können Sie jetzt mit einem Pinsel arbeiten. Sie werden feststellen, dass durch diesen DNA-Strang eine blaue Linie verläuft. Wenn ich ihn verlängern möchte, kann ich einfach die Enden greifen und sie auseinanderziehen. Sofort sehen Sie, dass alle Untereinheiten automatisch für mich hinzugefügt werden. Auf diese Weise kann ich mich ganz darauf konzentrieren, den Pinsel zu biegen und in die gewünschte Form zu bringen, ohne mich mit zeitraubendem Kopieren und Einfügen aufzuhalten. Dies gilt für jedes Objekt, bei dem Sie diese blaue Linie sehen – nicht nur für Pinsel, sondern auch für Elemente wie diese Linie hier. Sie sehen wieder diese Knoten. Wann immer Sie diese sehen, bedeutet das, dass wir die Form tatsächlich verändern können. Das gibt Ihnen viel Flexibilität bei der Darstellung verschiedener Elemente und Ideen in Ihrer Illustration. Und da die Pinsel aus einzelnen Teilen bestehen, können wir diese einzelnen Symbole natürlich auch separat bearbeiten.

Ich habe zum Beispiel meinen Bio-Pinsel hier auf der rechten Seite. Sie sehen, dass wir im Moment diese blaue Linie und die Knoten haben. Das bedeutet, dass wir die Form biegen und ein wenig verschieben können. Nehmen wir aber an, ein Teil unserer Membran ist beschädigt und ich möchte das visuell darstellen. Ich erstelle dazu einfach eine Kopie, um die Unterschiede hervorzuheben. Ich kann einige dieser Symbole separat bearbeiten. Dazu klicke ich einfach auf den Pinsel selbst und wähle die Option, den Pinsel in bearbeitbare Symbole aufzuteilen. Sobald ich diese Schaltfläche auswähle, erscheint ein Pop-up-Fenster, das mich darauf hinweist: „Achtung, das ist eine Einbahnstraße.“ Ich kann zwar von einem Pinsel zu einer gruppierten Symbolgruppe wechseln, aber nicht mehr zurück. Das bedeutet, dass ich diese Flexibilität verliere. Wenn Sie diese Struktur also später für eine andere Abbildung benötigen, denken Sie daran, sie zu Ihren Favoriten hinzuzufügen, bevor Sie auf Bestätigen klicken.

Sobald ich das getan habe, sehen Sie, dass wir es in eine gruppierte Symbolgruppe umgewandelt haben. Ich kann nun per Doppelklick hineingehen, und wenn es bestimmte Bereiche gibt, bei denen ich vielleicht die Farbe ändern möchte, kann ich einfach einen Rahmen um diesen Abschnitt ziehen und die Farbe dort ein wenig anpassen. Wenn mein Publikum nun meine Abbildung betrachtet, wird der Blick sofort auf diesen abgedunkelten Bereich gelenkt. Es ist also eine sehr einfache Möglichkeit, die Aufmerksamkeit Ihres Publikums gezielt auf die Dinge zu lenken, auf die Sie es fokussieren möchten.

Wir werden später noch darauf eingehen, wie Sie Farben nutzen können, um Ihre Leser gezielt durch Ihre Illustration zu führen. Das ist eine wirklich tolle Methode, und Sie müssen die Komposition Ihrer Abbildung dafür überhaupt nicht verändern. 

Wenn wir bei der Lego-Analogie bleiben: Während die Symbole und Pinsel quasi die einzelnen Bausteine sind, bietet BioRender auch Vorlagen an, die man sich als fertig geformte Strukturen vorstellen kann. Das ist vergleichbar mit einem Lego-Auto: Es besteht komplett aus Legosteinen, und dann hat man das fertige Auto. Aber selbst bei diesem Auto können Sie immer noch einzelne Teile austauschen, das Aussehen verändern – und genau das Gleiche können Sie auch mit den BioRender-Vorlagen tun. Die Vorlagen finden Sie auf der linken Seite unter dem Reiter „Vorlagen“. Auch diese sind wieder in verschiedene Kategorien unterteilt. Sie sehen hier alle Hauptkategorien der Vorlagen. Falls Ihr Forschungsgebiet nicht spezifisch in dieser Liste aufgeführt ist, empfehle ich Ihnen, einfach die Vorlagenbibliothek zu durchsuchen. Es gibt eine Vielzahl verschiedener Vorlagen zur Auswahl.

Für die Mikrobiologen unter Ihnen: Suchen wir zum Beispiel nach „Mikrobiologie“. Sie sehen, dass wir Symbolpakete und verschiedene Vorlagen haben, die Sie verwenden können. Stöbern Sie also gerne durch und nutzen Sie eine dieser Vorlagen für Ihre Illustrationen. Klicken Sie dazu einfach auf die Vorlage, mit der Sie arbeiten möchten. Sie können sie entweder zu Ihrer Illustration hinzufügen oder das gesamte Bild komplett ersetzen. Ich mache das jetzt einmal, sodass meine Folie durch diese Vorlage ersetzt wird. Genau wie bei den Lego-Strukturen bestehen diese Vorlagen aus Elementen, die in BioRender verfügbar sind, und Sie können alle Einzelteile sehen, die zur Erstellung dieser Abbildung verwendet wurden. Das bedeutet, dass ich viele Änderungen vornehmen kann. Wenn ich Beschriftungen entfernen oder Dinge verschieben muss, kann ich das tun. Diese Vorlagen dienen im Grunde als Grundlage, auf der Sie Ihre Abbildung aufbauen können. Es hilft Ihnen wirklich dabei, den Prozess der Figurenerstellung zu beschleunigen.

Nachdem wir nun einige der grundlegenden Fähigkeiten für BioRender behandelt haben, möchte ich den Fokus auf die Dinge legen, auf die sich hoffentlich alle hier freuen. Es geht um einige der fortgeschritteneren Werkzeuge, die Sie vielleicht noch nicht ausprobiert haben. Dazu gehören die Mehrfachauswahl, die Ausrichtungswerkzeuge, benutzerdefinierte Formen und Linien sowie Verbindungslinien und benutzerdefinierte Symbolfarben. Wir haben diese Funktionen ausgewählt, weil sie Ihnen entweder Zeit sparen oder es Ihnen ermöglichen, Ihre Illustration genau so anzupassen, wie Sie es möchten.

Mehrfachauswahl-Werkzeug

Lassen Sie uns in einige dieser Funktionen eintauchen. Zuerst möchte ich über die Mehrfachauswahl und die Ausrichtungswerkzeuge sprechen. Diese sind sehr praktisch, um Zeit bei der Erstellung Ihrer Abbildung zu sparen. Zuerst das Werkzeug „Gleiche Symbole auswählen“ – das ist wirklich klasse. Nehmen wir an, Sie haben eine Ansammlung von Antikörpern auf Ihrer Arbeitsfläche und möchten deren Farbe ändern. Sie könnten entweder auf jedes einzelne Symbol klicken, die Farbe ändern, das nächste auswählen, die Farbe ändern und so weiter. Das ist ziemlich mühsam und würde sehr lange dauern, besonders bei vielen Symbolen. Stattdessen können Sie auf eines dieser Symbole klicken, oben in der Symbolleiste auf die Schaltfläche „Gleiche Symbole auswählen“ klicken, und schon sind alle passenden Antikörper ausgewählt. Sie können nun deren Farbe in einem Rutsch ändern, ohne jedes einzelne suchen zu müssen. Das geht fast augenblicklich und spart enorm viel Zeit.

Es gibt Situationen, in denen es nicht praktikabel ist, einen Rahmen um alle Symbole zu ziehen. Wenn Sie zum Beispiel die Farbe Ihrer Immunzellen in einer dichten Mikroumgebung aus verschiedenen Immun- und Krebszellen ändern möchten. Mit dem Werkzeug „Gleiche Symbole auswählen“ können Sie Ihre dendritische Zelle auswählen, alle gleichen Symbole markieren und deren Farbe als Gruppe ändern. So stellen Sie sicher, dass alle Symbole geändert wurden und Sie nichts übersehen haben. Dasselbe gilt für Ihre aktivierten Makrophagen: Sie können alle gleichen Symbole auswählen und sie vielleicht in ein helleres Blau ändern. Bei Ihren Krebszellen können Sie alle gleichen Symbole auswählen und sie in einem dunkleren Rot hervorheben. Auf diese Weise wurden alle Symbole geändert, ohne dass Sie etwas vergessen haben. Anstatt jedes Symbol einzeln suchen oder mühsam einen Rahmen ziehen zu müssen, mussten Sie nur auf Ihr Referenzsymbol klicken, alle gleichen auswählen und diese gleichzeitig anpassen.

Ich möchte hier einen kleinen Exkurs machen. Ich weiß, wir sprechen über das Ändern von Farben, und die Farben, die ich für die Immun- und Krebszellen gewählt habe, waren bewusst gewählt, weil sie das Storytelling unterstützen. Oft können wir Farben nutzen, um unsere Geschichte zu unterstreichen. Wenn Sie sich daran erinnern, wie Sie früher – oder auch heute noch – Geschichten oder Comics gelesen haben, werden Sie vielleicht bemerkt haben, dass Schurken oder Antagonisten oft in rötlichen oder warmen Tönen dargestellt werden, während Protagonisten oder Helden meist in Grün-, Blau- oder kühleren Tönen erscheinen. Das perfekte Beispiel dafür ist Star Wars: Die Sith benutzen immer rote Lichtschwerter, während die Jedi, die Helden, oft grüne oder blaue Lichtschwerter verwenden. Diese Art des Storytellings lässt sich auch auf wissenschaftliche Bilder übertragen. Indem ich Blau/Grün verwende, um meine Immunzellen darzustellen – die im Grunde die Helden Ihrer Geschichte sind –, können wir das leicht verdeutlichen. Ebenso können wir durch die Wahl eines dunkleren, wärmeren Rots für die Krebszelle signalisieren, dass sie der Bösewicht in der Geschichte ist, die wir hier mit dieser Tumormikroumgebung erzählen. Wir können das alles tun, ohne die Komposition der Abbildung zu verändern. Wir haben nur die Farbe geändert, und man sieht sofort, wer der Antagonist und wer der Protagonist ist. Es ist eine coole Art, Ihre Geschichte zu verändern oder ihr mehr Tiefe zu verleihen, ohne die Komponenten selbst austauschen zu müssen.

Was an Farben außerdem toll ist: Man kann sie nutzen, um Assoziationen zu schaffen. Wir haben über Helden und Schurken gesprochen, aber man kann den Leser auch durch die Illustration führen. Im Protokoll hebt sich das interessierende Protein nicht vom Rest der Illustration ab. Die gesamte Illustration hat einen bläulichen Ton, und das Protein hat ebenfalls einen bläulichen Ton. Wir können die Funktion „Gleiche Symbole auswählen“ leicht nutzen, um dieses Protein zu betonen. Dazu klicken wir auf das Protein, wählen alle gleichen Symbole aus und fügen eine Farbüberlagerung hinzu. Wir können sie an den Western Blot anpassen und diese Farbe anwenden. Sie werden sofort sehen, dass das Protein aus dem Bildschirm heraussticht und sich deutlich vom Hintergrund abhebt. Dies ist ein Beispiel dafür, wie man Farben nutzt, um interessante Elemente hervorzuheben. In diesem Fall ist das Protein in einem kräftigeren Orange gehalten, das sich vom blauen Hintergrund abhebt, und man kann sehr leicht verfolgen, wo es sich in der Abbildung befindet. Es beginnt als freies Protein, wird von Antikörpern gebunden, dann ausgefällt, und schließlich können wir es vor dem Western Blot aufreinigen. Das hilft uns sehr dabei, die Geschichte durch das gesamte Protokoll hindurch leicht zu verfolgen.

Der Grund, warum das Orange so stark vom Blau abhebt, ist, dass es sich um Komplementärfarben handelt. Komplementär- oder Gegenfarben sind im Wesentlichen solche, die sich auf gegenüberliegenden Seiten des Farbkreises befinden. Es sind Farbpaare, die sich gegenseitig auslöschen, wenn sie kombiniert oder gemischt werden. Beispiele hierfür sind Rot/Grün, Blau/Orange oder Violett/Gelb. Wenn sie nebeneinander platziert werden, erzeugen sie den stärksten Kontrast. Ich habe hier unten einige Beispiele für Komplementärfarben in der Praxis; vieles davon fließt in die Logo-Erstellung ein. Sie sehen zum Beispiel das Blau-Orange bei Fanta oder Rot-Grün bei 7-Up usw. Sie werden feststellen, dass all diese Kombinationen sehr scharfe Kontraste erzeugen, sodass Dinge im Vordergrund sich wirklich vom Hintergrund abheben. Genau diese Idee haben wir oben in unserer Abbildung angewandt, um das Protein vom Rest der Illustration abzuheben. Ein Punkt, den man bei Komplementärfarben beachten sollte: Rot-Grün ist möglicherweise nicht für jeden die zugänglichste Farbkombination, da es Menschen mit einer Rot-Grün-Sehschwäche gibt. Das sollten Sie im Hinterkopf behalten, wenn Sie Ihre Farbkombination wählen – Rot und Grün stechen für andere vielleicht nicht so hervor wie für Sie selbst. Und um auf die Idee zurückzukommen, Farben zu nutzen, um den Fokus zu lenken: Ich habe hier einen Signalweg, der dieses Beispiel verdeutlicht. Hier sehen Sie, wie dieser Signalweg die Bindung an meinen Rezeptor hervorhebt; dies löst eine Signalkaskade aus, die schließlich zur Transkription meines Proteins führt. Das ist ein relativ komplexer Signalweg mit vielen beteiligten Teilen. Wenn ich diese Illustration präsentiere, wird es für mein Publikum etwas schwieriger, zu folgen, denn während ich über den Rezeptor spreche, schauen sie vielleicht schon auf die Kaskade oder den Transkriptionsfaktor. Indem wir Farben verwenden, können wir die Aufmerksamkeit unseres Publikums gezielt lenken. Ich zeige Ihnen, was ich meine, wenn ich in den Präsentationsmodus wechsle. Während ich diesen Mechanismus erkläre, kann ich zuerst den oberen Teil einfärben, wo wir über die TGF-beta-Bindung sprechen. Sobald dieser Bindungsprozess abgeschlossen ist, lösen wir die Signalkaskade aus. Nach Abschluss der Signalkaskade führt dies zur Transkription meines Proteins. Durch die Verwendung kräftiger Farben, die sich vom Rest der Illustration abheben, kann ich mein Publikum durch diesen Vortrag führen. Sie werden sehen, dass selbst bei Ihnen, während ich durch diese Folien blättere, Ihre Augen wahrscheinlich dem folgen, wo die Farbe ist. Es ist also eine coole Art, Farben zu nutzen, um Ihr Publikum durch die Illustration zu leiten. Ich denke, das ist das Wichtigste – das Letzte, was Sie wollen, ist, dass Ihr Publikum in Ihrer Illustration den Faden verliert. Sie möchten sicherstellen, dass die Dinge für sie leicht nachvollziehbar sind, denn jeder hat heutzutage viel zu viel zu tun und zu wenig Zeit. Das Letzte, was Sie wollen, ist, dass sie bei einer Präsentation oder beim Betrachten einer Abbildung extra hart arbeiten müssen, um zu verstehen, was passiert. Eine der Möglichkeiten, es ihnen leicht zu machen, ist, Farben zu verwenden, um ihren Fokus zu lenken und sie darauf aufmerksam zu machen, was in diesem Moment am wichtigsten ist.

Ausrichtungswerkzeuge

Bisher haben wir das Werkzeug „Gleiche Symbole auswählen“ hauptsächlich zum Ändern der Farbe verwendet. Aber das ist nicht alles, wofür diese Funktion nützlich ist. Es wird Zeiten geben, in denen Sie all diese Elemente in eine Reihe bringen möchten, um sicherzustellen, dass sie korrekt ausgerichtet sind. Hier ist ein Beispiel: Nehmen wir an, wir befinden uns in einer Kapillare, wir haben unsere Blutzellen und möchten zeigen, dass sie sich tatsächlich in einer Reihe durch diese Kapillare bewegen. Anstatt jede einzelne zu verschieben, können wir uns auf die Hilfslinien verlassen, um alles auszurichten. Aber das ist ein sehr mühsamer Prozess, und selbst bei nur fünf Symbolen ist das viel Arbeit. Wenn Sie sich vorstellen, das mit einer ganzen Reihe von Textfeldern in einem Protokoll machen zu müssen, wird es praktisch unmöglich. Was Sie tun können, ist, die Auswahlfunktion zu nutzen. Sie klicken auf das erste Symbol, wählen alle gleichen Symbole aus und können dann auf „Ausrichten“ gehen. Wir haben verschiedene Optionen, um unsere Symbole auszurichten – sei es an der linken Kante, an der Mittellinie, am unteren Rand oder an verschiedenen Referenzpunkten. Nur als Hinweis für alle: Um das Verhalten der Ausrichtung zu erklären: Im Grunde betrachten wir die äußeren Kanten des Rahmens, der entsteht, wenn ich alle diese Symbole auswähle, und richten sie dann an dieser Kante aus. Wenn ich sie zum Beispiel links ausrichte, werden alle Symbole an diese Kante geschoben. Ich verschiebe also alles so, und Sie sehen, wie es einrastet. Wenn ich die Mittellinie wähle, werden sie einfach an der Mitte des Rahmens ausgerichtet.

Wenn Sie alle Symbole ausgewählt haben und sie gleichmäßiger anordnen möchten, können Sie dasselbe tun. Wir haben auch eine Reihe von Verteilungsfunktionen. Es gibt verschiedene Möglichkeiten, wie Sie die Elemente verteilen können. In diesem Fall möchte ich einfach, dass sie gleichmäßig voneinander entfernt sind. Ich klicke darauf, und Sie sehen, dass alle Symbole nun gleichmäßig verteilt sind. Natürlich können wir das Ganze abrunden: Da wir gerade die Farbe für alles ändern, können wir dasselbe wiederholen, da alle unsere Symbole ausgewählt sind, und sie einheitlich gestalten.

Zuletzt wollte ich noch zeigen, dass das Auswählen aller gleichen Symbole eine der einfachsten Methoden ist, um all Ihre Textfelder auszurichten. Das war etwas, das sehr schwierig war, als ich Zeitachsen erstellt habe. In diesem Fall müssen wir nur alle Textfelder auswählen, die uns interessieren, sie an der Mittellinie ausrichten, und sie rasten ein. Das spart uns die Zeit, es manuell machen zu müssen und sicherzustellen, dass es nicht um ein Pixel verschoben ist. Das passiert automatisch, und ich persönlich fand das als enorme Zeitersparnis.

Benutzerdefinierte Formen

Oh ja, Sie können tatsächlich einen Farbverlauf erstellen. Ich kann Ihnen zeigen, wie das geht, da wir gerade beim Werkzeug für benutzerdefinierte Blobs sind. Ich möchte jetzt darüber sprechen, wie man benutzerdefinierte Formen und Linien erstellt. Als Exkurs dazu können wir auch darüber sprechen, wie man die Farben ändert, um diese Symbole anzupassen. Das Blob-Werkzeug ist verfügbar – ich weiß, der Name klingt etwas seltsam, aber es ist eine wirklich coole Funktion. Wir gehen auf „Form einfügen“, dann auf „Benutzerdefinierte Formen“, greifen uns eine dieser ausgefallenen Formen und ziehen sie auf unsere Arbeitsfläche. Das Erste, was Sie sofort bemerken werden, ist, dass wir diese blauen und weißen Knoten haben. Wenn wir an unsere Grundlagen zurückdenken, bedeuten diese Knoten, dass wir die Struktur dieses Elements verändern können. Wenn wir Verläufe oder Farben erstellen möchten, können wir auf „Füllung“ gehen. Im Moment ist es als „Einfarbig“ ausgewählt, aber wir können auch auf „Verlauf“ wechseln, um einen Farbverlauf für uns zu erstellen.

Wenn wir Konzentrationsänderungen darstellen oder zeigen möchten, dass es einen Fortschritt von einem Zustand zum anderen gibt, können wir in diesen Verlaufsmodus gehen und damit experimentieren, wie der Verlauf aussehen soll. Wir können sogar den Winkel ändern, in dem er angewendet wird, sodass Sie ihn wirklich individuell anpassen können. Für diejenigen, die sich vielleicht mit Entwicklungsbiologie beschäftigen, wäre das eine wirklich schöne Möglichkeit, die Konzentration Ihrer verschiedenen Entwicklungsfaktoren zu zeigen, während sie von einer Seite Ihrer Zelle zur anderen wandern, um die Entwicklung verschiedener Merkmale Ihres Organismus voranzutreiben.

Kommen wir zurück zu diesem benutzerdefinierten Blob-Tool. Sie fragen sich vielleicht, für welche Fälle man eine eigene Form erstellen muss. Eine wirklich coole Anwendungsmöglichkeit ist das Hervorheben von kugelförmigen Bereichen. Ein Beispiel: Angenommen, es gibt einen Tumor im Gehirn, und ich möchte nicht nur zeigen, dass der Tumor vorhanden ist, sondern auch hervorheben, welche Gehirnregionen betroffen sind. Da es sich um eine so unregelmäßige Form handelt, wäre es schwierig, sie einfach mit einem Kreis oder Quadrat zu markieren. In diesem Fall können wir diese benutzerdefinierte Form erstellen.

Hier passt sie sich sozusagen unserem Gehirn an. Ich schiebe sie einfach in die richtige Position. Ich mache die Füllung transparent, damit ich sie rot färben kann – passend zur Farbe des Tumors. Dann erhöhe ich die Transparenz, damit sie etwas mehr in den Hintergrund tritt, aber dennoch diesen rötlichen Schimmer beibehält. Was ich dann tun kann, ist, diesen Blob einfach zu verschieben, um die Gehirnregionen hervorzuheben, die möglicherweise von meinem Tumor betroffen sind. So lassen sich auf unterhaltsame Weise bestimmte Bereiche des Gehirns markieren. Das ist eine Möglichkeit, das Blob-Tool zu nutzen. Eine andere ist das Erstellen von eigenen, benutzerdefinierten Proteinen. Für sich genommen wirkt es vielleicht nicht sofort intuitiv, aber sobald man es mit anderen Elementen kombiniert – wie diesem Protein oder dieser DNA bzw. diesen Nukleinsäuren –, bekommt man ein besseres Gefühl dafür, dass es sich um ein Protein handelt, das eine bestimmte Funktion hat. Und da es eine benutzerdefinierte Form ist, können Sie, falls beispielsweise eine Mutation auftritt, die die Einstülpung Ihres Proteins vertieft, dies visuell hervorheben, indem Sie den Blob einfach ein wenig ziehen und manipulieren, um diese Mutation widerzuspiegeln. Wenn Sie mit dem Blob-Tool immer geübter werden, können Sie wirklich tolle Dinge damit anstellen. Dies sind Beispiele unseres Kreativteams. Auf den ersten Blick sieht es vielleicht so aus, als wären dort einfach nur verschiedene benutzerdefinierte Formen verstreut – oder besser gesagt, es sieht aus wie ein einziges Teil. Wenn ich jedoch darauf klicke, sehe ich, dass es sich um ein gruppiertes Symbol handelt und alle diese Formen eigentlich verschiedene Blobs sind, die übereinandergelegt wurden. Sie können Ihre eigenen Formen jederzeit anpassen; wenn Ihnen die ursprüngliche Position des Blobs nicht gefällt, können Sie damit herumspielen und ihn so verändern, dass er genau die Form hat, die Sie sich wünschen. Das sind zwar noch relativ einfache Formen, aber auf der rechten Seite sehen Sie bei meinem Gehirnschnitt, dass es deutlich komplexer geht. Zum Beispiel habe ich hier die Insula hervorgehoben – im Grunde ist das nur eine benutzerdefinierte Form, die manipuliert wurde, um diesen Gehirnbereich zu markieren. Man kann also sehr ausgefallene Dinge damit machen, es erfordert nur etwas Übung. Je vertrauter Sie mit dem benutzerdefinierten Blob-Tool werden, desto mehr wird Ihnen die Bedienung in Fleisch und Blut übergehen. 

Linien und Pfeile

Schauen wir uns nun Linien und Pfeile an. Wir wollten sicherstellen, dass die Linien in BioRender diese Flexibilität widerspiegeln. Heute möchte ich über kreisförmige und Plasmid-Pfeile sprechen. Um diese zu finden, gehen Sie einfach auf „Linie einfügen“, dort finden Sie die kreisförmigen Pfeile, mit denen wir arbeiten können. Entschuldigung, nehmen wir einen dieser kreisförmigen Pfeile und ziehen ihn auf unsere Arbeitsfläche. Wenn er ausgewählt ist, öffnet sich ein Bearbeitungsfenster mit verschiedenen Eigenschaften. Um auf die Frage von vorhin zurückzukommen: Hier können Sie die Farbe ändern und viele weitere Einstellungen Ihres Pfeils vornehmen – etwa die Stärke, ob er gestrichelt sein soll oder welche Art von Linie es ist. Sie können auch mit verschiedenen Effekten spielen, zum Beispiel mit einem Linienverlauf oder einer Verjüngung, bei der die Linie am Anfang dünner ist und zum Ende hin dicker wird. Sie können festlegen, welche Symbole an Anfangs- und Endpunkt erscheinen sollen, etwa Pfeilspitzen. Wenn Sie Neuronen erstellen möchten, können Sie einfach zwischen verschiedenen Stilen wechseln – egal ob Standardlinie, Pfeil oder Inhibitor. Das lässt sich alles durch Ändern der Endstücke steuern.

Das Coole an kreisförmigen Pfeilen ist, dass der Hauptunterschied darin besteht, dass der weiße Punkt nicht die Form verändert, sondern als Schnittpunkt fungiert. Wenn ich also eine Unterbrechung in meinem Pfeil brauche, um Informationen einzufügen oder Ähnliches, klicke ich einfach auf diesen weißen Punkt und erzeuge die Lücke. Von dort aus kann ich den blauen Punkt greifen und die Größe dieser Lücke anpassen. Das ist eine großartige Möglichkeit, einen kreisförmigen Informationsfluss darzustellen, bei dem ich Platz habe, um meine eigenen Inhalte einzufügen.

In diesem Beispiel sieht es auf der rechten Seite so aus, als hätte ich ein sehr ausgeklügeltes Plasmid erstellt. Tatsächlich sind es aber nur zwei Kreise, die übereinanderliegen. Sie können das ganz einfach selbst nachbauen, und ich zeige Ihnen genau, wie das geht. Wenn Sie ein Plasmid entwerfen und zeigen möchten, wie es aussieht, können Sie diesen letzten Teil wie folgt rekonstruieren. Am Beispiel links habe ich einen dünnen Kreis unten. Ich lege einen weiteren Kreis darüber – ich nehme einfach den, den ich vorhin verwendet habe – und passe die Größe meines Pfeils grob an den vorherigen Punkt an. Sie werden feststellen, dass beim Verschieben des Kreises ein kleiner Punkt genau in der Mitte erscheint; dieser dient als Referenzpunkt. So weiß ich, dass die beiden Kreise exakt übereinanderliegen, und kann dies als Orientierungshilfe nutzen, während ich die Größe meines Pfeils anpasse. Sobald er sitzt, erhöhe ich die Stärke des Pfeils ein wenig und nutze dann den Schnittpunkt, um Lücken zu erzeugen. Das wird mein Gen A, das mein Gen B, und Sie sehen, dass die Pfeilspitzen automatisch wieder erscheinen, wenn ich diese Lücken erstelle. Ein weiterer Tipp zur Farbe: Nutzen Sie Farben, um Ideen und Zusammenhänge zu verdeutlichen. In diesem Fall bezieht sich dieser Pfeil auf Gen A. Ich klicke also auf das Pfeilsegment, gehe auf „Farbe“, verwende die Pipette und wähle Gen A aus. Dasselbe mache ich für B und schließlich für C. Das ist ein schönes Beispiel dafür, wie man Farben nutzt, um Assoziationen zu schaffen. Farbe ist ein sehr mächtiges Werkzeug, das jeder beim Entwerfen seiner Illustrationen im Hinterkopf behalten sollte.

Natürlich ist das Erstellen von Plasmiden mit kreisförmigen Pfeilen eine Sache, aber Sie können auch kreisförmige Arbeitsabläufe wie diesen hier erstellen. Auch wenn es komplex aussieht, sind es eigentlich nur zwei Kreise oder ein Kreis, der in viele verschiedene Teile unterteilt wurde. Sie können damit die verschiedenen Phasen Ihres Phasendiagramms zeigen oder eine Reihe von Pfeilen erstellen, die zwischen den einzelnen Schritten verlaufen. Das Coole daran ist, dass sie immer ein perfekter Kreis bleiben, sodass Sie sich keine Sorgen machen müssen, sie nachträglich nachjustieren zu müssen. Wenn Sie sicherer im Umgang mit den Pfeilen werden, können Sie Dinge wie diesen biologischen Signalweg erstellen. Er sieht sehr aufwendig aus, besteht aber wieder nur aus drei Kreisen: einer hier, einer dort und einer hier. Der Rest wurde einfach mit verschiedenen Symbolen überlagert. Es gibt viele Möglichkeiten, wenn man sich erst einmal besser auskennt. Sie können Illustrationen erstellen, die immer aussagekräftiger werden.

Machen wir weiter. Ein wirklich toller Aspekt bei Linien ist, dass sie an verschiedenen Elementen verankert werden können. Früher mussten wir Linien mühsam an den Mittelpunkten ausrichten. Wenn ich dann Protein A oder die phosphorylierte Version verschieben wollte, passte sich der Pfeil nicht automatisch an. Ich musste den Pfeil manuell entfernen oder verschieben und neu ausrichten – ein sehr mühsamer Prozess. In BioRender können Sie den Pfeil ganz einfach an verschiedenen Enden verankern. Das bedeutet: Wenn ich meinen Cursor in die Nähe des ersten Elements bewege, erscheint ein Symbol mit zwei Punkten und einer Verbindungslinie. Das zeigt an, dass ich an einer Seite verankert bin. Wenn ich den Cursor dann zum anderen Element bewege, erscheint dasselbe Symbol, was mir signalisiert, dass ich auch an diesem Objekt verankern kann. Wenn ich nun Protein A bewege, passt sich der Pfeil automatisch an. Ich muss mich also nur darauf konzentrieren, das Label zu verschieben, und muss mir keine Gedanken über die nachträgliche Anpassung der Linie machen. Das funktioniert nicht nur bei Textformen, sondern auch bei ganzen Symbolen. In diesem Fall habe ich den Pfeil an meinem mittleren Symbol verankert. Sie können das Mittelstück verschieben, und die Pfeile passen sich automatisch an. Ich würde das zwar nicht unbedingt empfehlen, aber es zeigt, was möglich ist. Die Pfeile passen sich automatisch an, sodass Sie sich keine Sorgen um die Nachbearbeitung machen müssen. Verankerte Pfeile sind besonders hilfreich bei der Erstellung von Flussdiagrammen. Wenn Sie Labels verschieben müssen, passt sich die Linie automatisch an. Bei Flussdiagrammen empfiehlt es sich, die Anzahl der Winkel zu begrenzen. Konzentrieren Sie sich auf perfekte vertikale oder horizontale Linien und minimieren Sie schräge Winkel. Wenn Elemente verankert sind, ist es einfach, Anpassungen vorzunehmen. Da der Pfeil beispielsweise am Label auf der rechten Seite verankert ist, rastet die Linie beim Verschieben des Labels automatisch ein. Sie können Text und das Element über dem Pfeil gruppieren, damit alles zentriert bleibt, wenn Sie es verschieben. Es gibt Hilfslinien, die sicherstellen, dass das Symbol zentriert über dem Text steht, und die Sie als Orientierungshilfe beim Anpassen der Symbole nutzen können.

Die Begrenzung von Winkeln in Arbeitsabläufen gilt auch für die Erstellung von Signalwegen. Es ist wichtig, dass die meisten Winkel 90 Grad betragen, damit die Signalwege leichter zu bearbeiten sind und sauberer aussehen. Der Farbeditor ist wirklich klasse. Darin gibt es Farbvoreinstellungen, mit denen Sie die Farbe eines Symbols als Ganzes ändern können. Bei einer Untergruppe von Symbolen können Sie auch einzelne Ebenen anpassen. Es gibt verschiedene Eigenschaften wie Transparenz, Sättigung und Leuchten. Mit der Leuchtfunktion können Sie einen tollen Fluoreszenzeffekt erzielen. Eine Anwendungsmöglichkeit sind grün fluoreszierende Proteine: Wenn Sie darauf doppelklicken und den Leuchteffekt auf alle anwenden, erhalten Sie einen sehr schönen fluoreszierenden Effekt.

Viele Anwender wenden auch ein rotes Leuchten auf ihre Objekte an, da dies ein Gefühl von Entzündung, Rötung, Hitze oder sogar Schädigung vermittelt. Das ist eine wirklich coole Art, der Illustration mehr Kontext und Tiefe zu verleihen, ohne viele zusätzliche Elemente hinzufügen zu müssen. Es geht einfach darum, Farbe gezielt einzusetzen, um diese Empfindungen zu erzeugen.

Mit diesem Bild lassen sich einige tolle Effekte erzielen. Bevor wir zum Schluss kommen, möchte ich noch etwas zeigen: Wenn Sie viel mit Kristallstrukturen arbeiten oder Strukturbiologe sind, haben Sie es sicher häufig mit Proteinkristallstrukturen zu tun. Sie können damit interessante Effekte erzeugen, wie zum Beispiel eine Art Röntgenansicht Ihres Proteins, bei der Sie die Oberfläche sehen und darunter das Protein. Auch wenn es komplex aussieht, sind es eigentlich nur zwei Proteine, die übereinanderliegen.

Wenn ich darauf doppelklicke, sehen Sie, dass das eine meine Bändermodell-Struktur ist und das andere die Oberfläche. Ich habe sie einfach übereinandergelegt und die Transparenz des unteren Proteins erhöht, um für meine Illustrationen eine Art Röntgenansicht zu erzeugen. Um das zu erreichen, arbeiten wir im Grunde mit der PDB-Datei. Wir gehen hier rein und können entweder etwas aus unserer CSB abrufen oder eine Datei vom Computer hochladen. Ich habe selbst keine Kristallstrukturen – ich beneide jeden, der schon einmal eine erstellt hat –, also verwende ich ein Beispielprotein aus der Literatur. Wir erstellen im Grunde ein Element mit unserem Bändermodell und speichern es. Dann wiederholen wir das Ganze, wenden diesmal aber die Oberfläche an, sagen „Van-der-Waals-Radien“ und speichern das ebenfalls. Jetzt, wo ich meine beiden Proteine habe, lege ich sie einfach übereinander: Ich ziehe das erste Protein heraus, lege das nächste darüber, richte es aus, wähle das untere aus, erhöhe die Transparenz ein wenig und gruppiere das Symbol. Jetzt habe ich fast genau diesen Effekt erzielt. Sehr unkompliziert – man legt einfach zwei Dinge übereinander und kann damit sehr wirkungsvolle Effekte in seiner Arbeit erzielen.

Großartig, das war es auch schon mit dem, was ich heute mit Ihnen durchgehen wollte. Ich möchte mich bei Ihnen allen dafür bedanken, dass Sie sich die Zeit genommen haben, an dieser Sitzung teilzunehmen. Ich hoffe, jeder konnte ein paar neue Tricks lernen oder vielleicht Funktionen entdecken, die Sie bisher noch nicht kannten.