BioRender 201 pour la biotechnologie et la pharmacie

Présentation

Bienvenue à tous à cette session BioRender 201, conçue spécifiquement pour aborder les fonctionnalités nouvelles et avancées. L'objectif aujourd'hui est de s'appuyer sur certains des outils de base déjà présentés lors de la session d'introduction BioRender 101. Ne vous inquiétez pas si vous n'avez pas pu y assister : nous ferons un rapide rappel des bases pour nous assurer que tout le monde est sur la même longueur d'onde avant d'approfondir les capacités de la plateforme.

Pour ceux que je n'ai pas encore eu l'occasion de rencontrer, j'ai pensé qu'il serait agréable de me présenter plutôt que de rester une voix désincarnée. Je m'appelle Tim et je suis responsable de la communication scientifique et de la réussite client chez BioRender. Je suis scientifique de formation : j'ai obtenu une licence en biochimie avant de poursuivre avec un doctorat en pharmacologie et thérapeutique. C'est vraiment durant mes études supérieures que j'ai réalisé à quel point il était difficile de créer des figures pour mes articles et mes réunions de laboratoire. Je me souviens avoir dû lutter contre PowerPoint pour créer des chronologies, essayer d'aligner chaque encoche, m'assurer que mes étiquettes étaient centrées et correctement alignées. C'était un véritable défi. Je me souviens très précisément d'une fois où j'ai dû assembler des images trouvées sur Google avec des photos prises avec mon téléphone pour créer une figure « Frankenstein » que je devais présenter lors d'une réunion de comité. Vous pouvez probablement imaginer le résultat. C'était un problème récurrent durant mes études : la qualité du résultat final ne semblait jamais proportionnelle aux efforts fournis. C'est pourquoi j'ai rejoint BioRender : je voulais aider les scientifiques à éviter les difficultés que j'ai rencontrées et leur montrer qu'il existe un moyen plus simple de créer des figures qui représentent fidèlement leur travail.

Voici l'ordre du jour de ce que nous allons couvrir. Nous commencerons par un rapide récapitulatif des bases pour nous assurer que nous sommes tous sur la même longueur d'onde. Ce sera une petite piqûre de rappel pour les habitués, tout en permettant aux nouveaux venus de prendre leurs marques avant de passer aux choses sérieuses.

Nous irons un peu plus loin, puis j'aborderai nos cinq astuces et outils avancés. Il s'agit des fonctions de sélection multiple, des outils d'alignement, de la personnalisation des formes et des lignes, de l'utilisation des lignes de connexion et des couleurs personnalisées. Si nous avons du temps à la fin, nous parlerons également de la collaboration. Tous ces points seront illustrés par des exemples concrets pour vous permettre de voir ces astuces en action. Nous consacrerons un moment aux questions-réponses à la fin, mais si vous avez des interrogations en cours de route, n'attendez pas. N'hésitez pas à les poser dans le chat ou la section Q&A. Nous prendrons le temps d'approfondir tout ce que vous souhaitez voir plus en détail ou tout ce qui pourrait sembler flou.

Les bases de BioRender

Parfait, commençons donc par un rapide rappel des bases. Je vais repartir du tout début pour que tout le monde puisse suivre. Lorsque vous vous connectez à votre compte, vous arrivez sur votre page Galerie. C'est là que vous verrez toutes les illustrations à votre disposition. Vous y trouverez vos fichiers non classés, et vous pourrez également créer des dossiers si vous souhaitez un peu plus d'organisation. Vous pouvez regrouper les figures relatives à un projet spécifique. En haut, vous trouverez les fichiers et dossiers privés, sauf si vous décidez de les partager. En bas, ce sont les fichiers et dossiers qui ont été partagés avec vous. J'en parlerai un peu plus tard, mais pour l'instant, sachez que tout ce à quoi vous avez accès se trouve sur cette page Galerie.

Pour revenir à l'éditeur, il suffit d'ouvrir l'un des fichiers auxquels vous avez accès. L'analogie que j'aime utiliser pour décrire BioRender est celle des Lego. Pour ceux qui ont déjà joué avec des Lego, ou qui ont des enfants qui jouent avec, ou qui prévoient d'en acheter, vous savez qu'il s'agit de blocs de construction préfabriqués permettant d'assembler différentes structures. BioRender fonctionne exactement de la même manière. Nous vous fournissons des blocs de construction, tels que des icônes et des pinceaux, pour vous permettre de construire facilement votre illustration.

Je vais passer rapidement en revue les principaux blocs de construction que vous rencontrerez sur la plateforme. Tout d'abord, ce que nous appelons les icônes. Toutes les icônes se trouvent dans l'onglet de gauche. Dans l'ensemble, je pense que la bibliothèque d'icônes représente plus de 50 000 entités scientifiques différentes. Vous verrez ici certaines des grandes catégories d'icônes dont nous disposons. N'hésitez pas à parcourir la bibliothèque pour voir ce qui est disponible. Vous verrez que nous ne nous limitons pas aux types cellulaires ; nous pouvons aller encore plus loin dans les sous-types de cellules, que vous pouvez explorer ici. En parcourant la bibliothèque, vous remarquerez que les icônes se divisent en deux groupes. Vous aurez celles qui ont une vignette standard, comme celle-ci, et celles qui présentent un petit symbole en bas à gauche de la vignette, comme cette icône groupée. Cela représente nos deux classes différentes.

Nous avons donc nos icônes classiques et nos icônes groupées. Bien qu'elles se ressemblent en apparence, elles sont assez différentes. Dans le cas de l'icône classique à gauche, elle fonctionne essentiellement comme une pièce unique : vous pouvez modifier sa taille, son orientation, mais aussi changer la couleur de l'ensemble. Vous pouvez également jouer sur d'autres propriétés telles que la transparence, la saturation de l'icône ainsi que l'effet de lueur derrière elle. Ce que je voulais souligner, c'est que presque toutes les modifications que vous apportez affecteront l'icône dans son ensemble, car il s'agit d'une unité unique.

À l'inverse, pour les icônes groupées, bien qu'elles semblent identiques en surface, vous pouvez double-cliquer dessus pour voir toutes les pièces qui composent cette voiture. Vous pouvez alors modifier ces pièces individuellement. Par exemple, si j'ai effectué une mutation dans l'un de ces domaines, je peux sélectionner ce domaine et changer sa couleur pour l'indiquer. Si je veux supprimer certains domaines, je peux le faire aussi. Je peux

simplement le supprimer. Je peux déplacer les éléments. Je sais que cela n'a pas de sens, c'est juste pour montrer ce qui est possible avec une icône groupée. Vous pouvez déplacer les éléments, et même après avoir quitté le mode édition, lorsque vous déplacez l'icône, tous les éléments du groupe vous suivent. C'est un excellent moyen de personnaliser les icônes de la bibliothèque pour répondre exactement à vos besoins, sans avoir à déplacer chaque composant individuellement. C'est donc une méthode très pratique pour regrouper des éléments. 

Le type de bloc de construction suivant dont nous allons parler est celui des pinceaux. Alors que les icônes classiques et groupées sont relativement statiques — la structure globale de l'icône reste fixe — les pinceaux vous permettent de créer des structures très dynamiques sur votre page. Voici quelques exemples : avec mon icône classique d'ADN, si je veux l'allonger, je peux toujours saisir les extrémités et tirer. Cela peut paraître un peu étrange. Si je voulais l'agrandir, je devrais dupliquer chacune des pièces et les empiler bout à bout. Si quelqu'un a déjà créé une bicouche phospholipidique, cela pourrait faire remonter de mauvais souvenirs.

Au lieu de copier et coller plusieurs sous-unités, vous pouvez désormais utiliser un pinceau. Vous remarquerez cette ligne bleue qui traverse ce brin d'ADN. Si je dois l'allonger, il me suffit de saisir les extrémités et de tirer. Vous verrez immédiatement que toutes les sous-unités s'ajoutent automatiquement. De cette façon, je peux me concentrer sur la courbure et la forme du pinceau sans avoir à effectuer de fastidieux copier-coller. Cela s'applique à tout objet présentant cette ligne bleue, pas seulement aux pinceaux, mais aussi à des éléments comme cette ligne ici. Vous y verrez à nouveau ces nœuds. Dès que vous les voyez, cela signifie que vous pouvez modifier la forme, ce qui vous offre une grande flexibilité pour représenter différents éléments et idées dans votre illustration. Et bien sûr, comme les pinceaux sont composés de pièces individuelles, cela nous permet également de modifier ces icônes séparément.

Par exemple, j'ai mon pinceau biologique sur la droite. Vous voyez qu'actuellement, nous avons cette ligne bleue et ces nœuds. Cela signifie que nous pouvons plier les éléments et les déplacer un peu. Mais imaginons qu'une partie de notre membrane soit endommagée et que je veuille le montrer visuellement. Je vais en faire une copie pour souligner les différences. Je peux modifier quelques-unes de ces icônes séparément ; pour ce faire, il suffit de cliquer sur le pinceau lui-même, puis de choisir de séparer le pinceau en icônes modifiables. Une fois ce bouton sélectionné, une fenêtre contextuelle m'avertira qu'il s'agit d'une opération irréversible. Je peux passer d'un pinceau à un groupe d'icônes, mais pas l'inverse. Cela signifie que je perdrai cette flexibilité. Si vous pensez avoir besoin de cette structure plus tard pour une autre figure, n'oubliez pas de l'ajouter à vos favoris avant de confirmer.

Une fois cette opération effectuée, vous verrez que nous l'avons transformé en un groupe d'icônes. Je peux alors double-cliquer dessus et, s'il y a certaines parties dont je souhaite modifier la couleur, je peux simplement faire glisser un cadre sur cette section, puis changer la couleur ici. Visuellement, lorsque mon public regarde ma figure, ses yeux sont instantanément attirés par cette zone assombrie. C'est un moyen très simple de rediriger l'attention de votre public et de le faire se concentrer sur ce que vous voulez.

Nous en parlerons un peu plus tard, mais vous pouvez utiliser la couleur pour focaliser et guider votre lecteur à travers votre illustration. C'est une méthode très efficace, et vous n'avez même pas besoin de modifier la composition de votre figure. 

Pour reprendre l'analogie des Lego, si les icônes et les pinceaux sont les briques de construction individuelles, BioRender propose également des modèles, que l'on peut considérer comme des structures entièrement formées. C'est un peu comme si vous aviez une voiture en Lego : elle est construite à partir de pièces individuelles, mais vous pouvez toujours remplacer certaines pièces ou modifier son apparence. Vous pouvez faire la même chose avec les modèles BioRender. Les modèles se trouvent sous l'onglet « Modèles » sur le côté gauche. Là encore, nous les avons répartis en différentes catégories. Vous pouvez voir toutes les grandes catégories de modèles dont nous disposons. Si votre domaine de recherche ne figure pas spécifiquement dans cette liste, je vous recommande de parcourir la bibliothèque de modèles. Il y a beaucoup de choix.

Par exemple, pour les microbiologistes présents aujourd'hui, cherchons « microbiologie ». Vous verrez que nous avons des packs d'icônes et différents modèles que vous pouvez utiliser. N'hésitez pas à les parcourir et à en utiliser un pour vos illustrations. Pour ce faire, cliquez simplement sur le modèle avec lequel vous souhaitez travailler. Vous pouvez choisir de l'ajouter à votre illustration ou de remplacer l'ensemble. Je vais le faire : ma diapositive est maintenant remplacée par ce modèle. Comme pour les structures en Lego, ces modèles sont composés d'éléments disponibles dans BioRender, et vous pouvez voir toutes les pièces qui ont servi à créer cette figure. Cela signifie que je peux y apporter de nombreuses modifications. Si je dois supprimer des étiquettes ou déplacer des éléments, je peux le faire. En réalité, ces modèles servent de base pour commencer à construire votre figure. Cela vous aide vraiment à démarrer rapidement le processus de création.

Maintenant que nous avons abordé certaines compétences fondamentales de BioRender, je souhaite passer aux outils plus avancés que vous n'avez peut-être pas encore eu l'occasion d'utiliser. Il s'agit de la sélection multiple, des outils d'alignement, des formes et lignes personnalisées, ainsi que des lignes de connexion et des couleurs d'icônes personnalisées. Nous avons choisi ces fonctionnalités car elles vous permettent soit de gagner du temps, soit de personnaliser votre illustration pour représenter exactement ce que vous souhaitez montrer.

Outil de sélection multiple

Plongeons dans ces fonctionnalités. Les deux premiers outils dont je veux parler sont la sélection multiple et l'alignement. Ils sont très pratiques pour gagner du temps lors de la création de votre figure. Tout d'abord, l'outil « Sélectionner les mêmes icônes » est vraiment génial. Imaginons que vous ayez un ensemble d'anticorps sur votre canevas et que vous souhaitiez en changer la couleur. Vous pourriez cliquer sur chaque icône, changer la couleur, sélectionner la suivante, et ainsi de suite. C'est fastidieux et très long, surtout avec beaucoup d'icônes. Au lieu de cela, cliquez sur l'une de ces icônes, allez dans la barre d'outils en haut, cliquez sur « Sélectionner les mêmes icônes », et toutes les icônes correspondantes seront sélectionnées. Vous pouvez alors changer leur couleur en bloc, sans avoir à chercher chaque élément individuellement. Cela se fait presque instantanément, ce qui permet un gain de temps considérable.

Il peut arriver que faire glisser un cadre sur toutes vos icônes ne soit pas possible. Par exemple, si vous voulez changer la couleur de vos cellules immunitaires dans un microenvironnement dense composé de différentes cellules immunitaires et cancéreuses. Avec l'outil « Sélectionner les mêmes icônes », vous pouvez sélectionner votre cellule dendritique, choisir toutes les icônes identiques et changer leur couleur en groupe. Cela garantit que toutes les icônes ont été modifiées sans en oublier aucune. Il en va de même pour vos macrophages activés, que vous pouvez sélectionner pour les passer en bleu clair. Pour vos cellules cancéreuses, vous pouvez sélectionner toutes les icônes identiques et les rendre plus visibles avec un rouge plus foncé. De cette façon, tout est modifié sans erreur. Au lieu de cliquer sur chaque icône ou d'essayer de tracer un cadre complexe, il vous suffit de cliquer sur votre icône de référence, de sélectionner toutes les semblables et de tout modifier en une seule fois.

Je fais une petite parenthèse ici. Les couleurs que j'ai choisies pour les cellules immunitaires et cancéreuses étaient délibérées, car elles servent la narration. Souvent, nous pouvons utiliser la couleur pour enrichir notre histoire. Si vous vous souvenez des livres d'histoires ou des bandes dessinées que vous lisiez plus jeune, vous remarquerez que les méchants ou les antagonistes sont souvent représentés dans des tons rouges ou chauds, tandis que les protagonistes ou les héros sont généralement représentés dans des tons verts, bleus ou plus froids. L'exemple parfait est Star Wars, où les Sith utilisent toujours des sabres laser rouges, tandis que les Jedi, les héros, utilisent souvent un sabre laser vert ou bleu. Ce type de narration peut s'appliquer aux images scientifiques. En utilisant le bleu/vert pour représenter mes cellules immunitaires, qui sont généralement les héros de l'histoire, nous pouvons facilement le signifier. De même, en rendant la cellule cancéreuse d'un rouge plus foncé et plus chaud, nous indiquons qu'il s'agit du méchant de l'histoire dans ce microenvironnement tumoral. Nous pouvons faire tout cela sans changer la composition de la figure. Nous avons simplement changé la couleur, et l'on comprend immédiatement qui est l'antagoniste et qui est le protagoniste. C'est un excellent moyen d'ajouter des nuances à votre histoire sans modifier les composants eux-mêmes.

De plus, ce qui est génial avec la couleur, c'est qu'on peut l'utiliser pour créer des associations. Au-delà des héros et des méchants, cela permet aussi de guider le lecteur à travers l'illustration. Dans le protocole, la protéine d'intérêt ne se distingue pas du reste de l'illustration. L'ensemble a une teinte bleutée, tout comme la protéine. Nous pouvons facilement utiliser la fonction « Sélectionner les mêmes icônes » pour accentuer cette protéine. Pour ce faire, nous cliquons sur la protéine, sélectionnons toutes les icônes identiques, puis ajoutons une superposition de couleur. Nous pouvons l'accorder avec le Western blot et appliquer cette couleur. Vous verrez instantanément que la protéine ressort de l'écran et se détache du fond. C'est un exemple d'utilisation de la couleur pour mettre en évidence des éléments d'intérêt. Ici, la protéine est d'une couleur orange plus vive par rapport au fond bleu, et vous pouvez facilement suivre son parcours dans la figure. Elle commence sous forme de protéine libre, est liée par des anticorps, précipitée, puis purifiée avant le Western blot. Cela nous aide vraiment à suivre l'histoire tout au long du protocole.

La raison pour laquelle l'orange ressort si bien sur le bleu est qu'il s'agit de couleurs complémentaires. Les couleurs complémentaires ou opposées sont celles qui se trouvent aux extrémités opposées du cercle chromatique. Ce sont des paires de couleurs qui, lorsqu'elles sont combinées ou mélangées, s'annulent. On peut citer le rouge/vert, le bleu/orange, le violet/jaune. Lorsqu'elles sont placées côte à côte, elles créent le contraste le plus fort. J'ai quelques exemples ici de couleurs complémentaires à l'œuvre, souvent utilisées dans la création de logos : le bleu/orange pour Fanta, le rouge/vert pour 7-Up, etc. Vous remarquerez que tout cela crée des contrastes très nets, permettant aux éléments au premier plan de se détacher du fond. C'est exactement l'idée que nous avons appliquée à notre figure ci-dessus pour faire ressortir la protéine d'intérêt. Une chose à noter cependant : le rouge et le vert ne sont peut-être pas les couleurs les plus accessibles, car certaines personnes sont daltoniennes. C'est un point à garder à l'esprit lors du choix de vos associations de couleurs : le rouge et le vert ne ressortiront peut-être pas de la même manière pour tout le monde. Pour en revenir à l'idée d'utiliser la couleur pour guider les gens, j'ai ici une voie de signalisation qui illustre cet exemple. Actuellement, cette voie met en évidence la liaison à mon récepteur, ce qui déclenche une cascade de signalisation menant à la transcription de ma protéine. C'est une voie relativement complexe avec beaucoup d'étapes. Si je présente cette illustration, il sera un peu difficile pour mon public de suivre, car pendant que je parle du récepteur, ils pourraient regarder la cascade ou le processus de transcription. Au lieu de cela, en utilisant la couleur, nous pouvons focaliser l'attention de notre public. Je vais vous montrer ce que je veux dire en passant en mode présentation. Lorsque j'explique ce mécanisme, je peux d'abord colorer la partie supérieure pour parler de la liaison TGF-bêta, puis, une fois ce processus terminé, déclencher la cascade de signalisation. Une fois la cascade terminée, cela aboutit à la transcription de ma protéine. En utilisant des couleurs vives qui se distinguent du reste de l'illustration, je peux guider mon public tout au long de mon exposé. Vous verrez que même pour vous, lorsque je fais défiler ces diapositives, vos yeux suivent probablement la couleur. C'est un moyen efficace d'utiliser les couleurs pour guider votre public. Je pense que c'est le plus important : la dernière chose que vous voulez, c'est que votre public se perde dans votre illustration. Vous voulez vous assurer que les choses sont très faciles à suivre, car tout le monde est très occupé de nos jours. La dernière chose que vous voulez, c'est qu'ils aient à faire un effort supplémentaire pour comprendre ce qui se passe lors d'une présentation. L'un des moyens de faciliter le suivi est simplement d'utiliser la couleur pour guider leur attention et les orienter vers ce qui est le plus important à ce moment-là.

Outils d'alignement

Jusqu'à présent, nous avons surtout parlé de l'utilisation de l'outil « Sélectionner les mêmes icônes » pour changer la couleur. Mais ce n'est pas sa seule utilité. Il y aura des moments où vous voudrez aligner tous ces éléments correctement. Voici un exemple : imaginons que nous sommes dans un capillaire, nous avons nos cellules sanguines et nous voulons montrer qu'elles circulent à la queue leu leu. Plutôt que de déplacer chaque cellule, nous pouvons nous appuyer sur les guides pour tout aligner. Mais ce serait un processus très fastidieux, et même avec seulement cinq icônes, cela représente beaucoup de travail. Si vous imaginez devoir faire cela avec tout un tas de zones de texte dans un protocole, ce serait pratiquement impossible. Ce que vous pouvez faire, c'est tirer parti de la fonction de sélection. Vous cliquez sur la première, sélectionnez toutes les icônes identiques, puis vous allez dans « Aligner ». Nous avons différentes options pour aligner nos icônes, que ce soit sur le bord gauche, par rapport à la ligne centrale, par le bas, ou par rapport à différents points de référence. Pour vous expliquer le comportement de l'alignement : nous examinons essentiellement les bords extérieurs de la boîte créée lorsque je sélectionne toutes ces icônes, puis nous les alignons par rapport à ce bord. Par exemple, si je les aligne à gauche, cela poussera toutes les icônes contre ce bord, et vous verrez qu'elles se mettent en place. Si je passe par la ligne médiane, elles s'aligneront simplement sur le centre de la boîte.

De plus, une fois que toutes ces icônes sont sélectionnées, si vous voulez qu'elles soient plus régulières, vous pouvez faire la même chose. Nous avons également des fonctions de distribution. Il existe différentes manières de distribuer les éléments ; dans ce cas, je veux simplement qu'ils soient espacés uniformément. Il suffit de cliquer sur ce bouton et vous verrez que toutes les icônes seront alors espacées de manière égale. Bien sûr, pour boucler la boucle, puisque nous changeons la couleur de tout, nous pouvons répéter la même opération puisque toutes nos icônes sont sélectionnées et rendre ces icônes uniformes.

Enfin, je voulais montrer qu'avec la sélection de toutes les icônes identiques, l'un des moyens les plus simples est d'aligner toutes vos zones de texte. C'était quelque chose de très difficile lorsque je créais des chronologies, mais dans ce cas, il suffit de sélectionner toutes les zones de texte qui nous intéressent, puis de les forcer à s'aligner sur la ligne médiane, et elles se mettent en place. Cela nous évite de devoir le faire manuellement et de vérifier qu'il ne manque pas un pixel. Cela se fait automatiquement, et personnellement, j'ai trouvé que c'était un gain de temps énorme.

Formes personnalisées

Oh oui, vous pouvez tout à fait créer un dégradé de couleurs. Je peux vous montrer comment faire dès maintenant, puisque nous abordons l'outil de forme personnalisée. Ce dont je veux parler ici, c'est de la façon de créer des formes et des lignes personnalisées. Par extension, nous pouvons aussi parler de la façon de changer les couleurs pour personnaliser ces icônes. Avec l'outil « blob » disponible — je sais, le nom est un peu étrange, mais c'est une fonctionnalité vraiment géniale — nous allons dans « Insérer une forme », puis dans « Formes personnalisées », et nous pouvons choisir l'une de ces formes originales et la placer sur notre canevas. Immédiatement, la première chose que vous remarquerez, c'est que nous avons ces nœuds bleus et blancs. En repensant à nos bases, ces nœuds signifient que nous pouvons modifier la structure de cet élément. Si nous voulons créer des dégradés ou ajouter de la couleur, nous pouvons aller dans « Remplissage ». Actuellement, c'est réglé sur « Couleur unie », mais nous pouvons passer à « Dégradé » pour en créer un.

Si nous voulions représenter des changements de concentration ou montrer une progression d'un état à un autre, nous pouvons passer en mode dégradé et jouer sur l'aspect de ce dégradé. Nous pouvons même modifier l'angle d'application pour une personnalisation poussée. Pour ceux qui travaillent en biologie du développement, ce serait un excellent moyen de montrer la concentration de vos différents facteurs de développement à mesure qu'ils passent d'un côté à l'autre de votre cellule pour favoriser le développement des différentes caractéristiques de votre organisme.

Pour revenir à cet outil de forme personnalisée, vous vous demandez peut-être dans quel cas il est utile de créer une forme sur mesure. Une utilisation très intéressante consiste à mettre en évidence des régions globulaires. Prenons l'exemple d'une tumeur cérébrale : je souhaite non seulement indiquer sa présence, mais aussi souligner les zones du cerveau affectées. En raison de sa forme irrégulière, il serait difficile d'utiliser un simple cercle ou carré pour la mettre en valeur. Dans ce cas, nous pouvons créer cette forme personnalisée.

Ici, elle s'adapte à la forme du cerveau. Je vais simplement la mettre en place. Je vais rendre le remplissage transparent et choisir la couleur rouge pour correspondre à celle de la tumeur, puis j'augmenterai la transparence pour qu'elle se fonde davantage dans l'arrière-plan tout en conservant cette teinte rougeâtre. Ce que je peux faire ensuite, c'est déplacer cette forme pour mettre en évidence les régions du cerveau potentiellement touchées par la tumeur. Vous pouvez ainsi surligner des zones assez complexes de votre cerveau. C'est une façon d'exploiter l'outil de forme personnalisée. Une autre consiste à créer, par exemple, des protéines sur mesure. Prise isolément, l'utilisation peut sembler peu intuitive, mais en la combinant avec d'autres éléments, comme cette protéine ou cet ADN (ces acides nucléiques), on comprend mieux qu'il s'agit d'une protéine active. Comme il s'agit d'une forme personnalisée, si une mutation survient et accentue l'invagination de votre protéine, vous pouvez simplement le souligner visuellement en faisant glisser et en manipulant la forme. Un petit peu pour refléter cette mutation. À mesure que vous maîtriserez l'outil, vous pourrez réaliser des choses vraiment impressionnantes. Voici des exemples fournis par notre équipe créative : au premier coup d'œil, on pourrait croire qu'il s'agit de formes personnalisées éparpillées, ou plutôt d'un seul élément, mais si je clique dessus, il s'agit en réalité d'une icône groupée. Toutes ces formes sont simplement des blobs superposés. Vous pouvez même ajuster les vôtres si la position initiale ne vous convient pas ; vous pouvez les manipuler pour obtenir la forme souhaitée. Bien qu'il s'agisse de formes relativement simples, sur la droite, avec ma coupe de cerveau, vous pouvez voir que c'est beaucoup plus complexe. Par exemple, pour mettre en évidence l'insula, il a suffi de manipuler une forme personnalisée pour souligner cette région cérébrale. Vous pouvez réaliser des choses très sophistiquées avec un peu de pratique, et à force de vous familiariser avec l'outil, cela deviendra une seconde nature. 

Lignes et flèches

Intéressons-nous maintenant aux lignes et aux flèches. Nous voulions nous assurer que les lignes disponibles dans BioRender reflètent cette flexibilité. Je souhaite aujourd'hui aborder les flèches circulaires et plasmidiques. Pour les trouver, allez dans « Insérer une ligne » ; vous verrez que nous proposons des flèches circulaires. Prenons l'une de ces flèches circulaires et faisons-la glisser sur notre page. Lorsque vous la sélectionnez, un panneau d'édition s'ouvre, vous donnant accès à toutes les propriétés modifiables. Pour répondre à la question posée plus tôt, c'est ici que vous pouvez changer la couleur et ajuster de nombreux paramètres de votre flèche : épaisseur, style de trait (pointillé ou non), ou encore appliquer des effets comme un dégradé ou une forme effilée (plus fine au début et plus large à la fin). Vous pouvez également définir les symboles aux extrémités, qu'il s'agisse de pointes de flèches ou d'autres éléments pour représenter des neurones. Vous pouvez basculer instantanément entre différents styles de lignes, qu'il s'agisse d'une ligne standard, d'une flèche ou d'un inhibiteur, simplement en modifiant les extrémités.

L'avantage des flèches circulaires est que, contrairement aux autres, les points bleus et blancs ne servent pas seulement à modifier la forme : le point blanc agit comme un point de coupe. Si je dois créer une interruption dans ma flèche pour insérer des informations, je clique simplement sur ce point blanc pour créer cette coupure. Ensuite, je peux utiliser le point bleu pour ajuster la taille de cette ouverture. C'est un excellent moyen de créer un flux d'informations circulaire tout en conservant de l'espace pour ajouter vos propres éléments.

Dans cet exemple, sur la droite, j'ai créé un plasmide très élaboré. En réalité, il s'agit simplement de deux cercles superposés. Vous pouvez facilement le reproduire vous-même, et je vais vous montrer comment. Si vous concevez un plasmide et souhaitez illustrer son apparence, voici la marche à suivre. En utilisant l'exemple de gauche, j'ai un cercle fin en bas. Je vais le recouvrir d'un autre cercle, celui que j'utilisais tout à l'heure, et je vais ajuster approximativement la taille de ma flèche par rapport au point précédent. Vous remarquerez qu'en déplaçant ce cercle, un petit point apparaît en son centre ; il sert de point de référence. Je sais ainsi que mes deux cercles sont parfaitement alignés, ce qui m'aide à ajuster la taille de ma flèche. Une fois en place, j'augmente l'épaisseur de la flèche, puis j'utilise le point de coupe pour créer des segments. Ce sera mon Gène A, celui-ci mon Gène B, et vous verrez que les pointes de flèches réapparaîtront automatiquement lors de la création de ces segments. Un conseil couleur : utilisez les couleurs pour associer des idées. Ici, cette flèche correspond au Gène A ; je clique donc sur ce segment, je vais dans « Couleur », j'utilise la pipette et je sélectionne la couleur du Gène A. Je fais de même pour B et C. C'est un excellent exemple de l'utilisation des couleurs pour créer des associations. La couleur est un outil puissant que chacun devrait garder à l'esprit lors de la conception de ses illustrations.

Bien sûr, les flèches circulaires permettent de créer des plasmides, mais aussi des flux de travail circulaires comme celui-ci. Bien que cela puisse paraître complexe, il s'agit en réalité d'un cercle divisé en plusieurs parties. Vous pouvez ainsi illustrer les différentes phases d'un diagramme ou créer une série de flèches entre chaque étape. L'avantage est que ces éléments restent toujours des cercles parfaits, vous n'avez donc pas à vous soucier de les réajuster. À mesure que vous vous familiariserez avec les flèches, vous pourrez réaliser des schémas biologiques comme celui-ci. Cela semble sophistiqué, mais il s'agit encore une fois de trois cercles superposés avec différentes icônes. Il y a énormément de possibilités à mesure que vous gagnez en expérience, vous permettant de créer des illustrations de plus en plus percutantes.

Continuons avec les lignes. L'un des aspects les plus pratiques est leur capacité à s'ancrer aux différents éléments. Auparavant, il fallait essayer d'aligner manuellement les lignes avec les points centraux, mais si je déplaçais la protéine A ou sa version phosphorylée, la flèche ne suivait pas. Je devais alors la repositionner manuellement, ce qui était fastidieux. Dans BioRender, vous pouvez ancrer la flèche aux extrémités. Lorsque vous approchez votre curseur d'un élément, un symbole avec deux points et une ligne de connexion apparaît, indiquant l'ancrage. Faites de même avec l'autre élément. Désormais, si vous déplacez la protéine A, la flèche s'ajuste automatiquement. Vous n'avez plus qu'à vous concentrer sur le déplacement de l'étiquette sans vous soucier de la ligne. Cela fonctionne aussi avec des icônes entières. Vous pouvez ancrer une flèche à une icône centrale ; si vous déplacez cette pièce maîtresse, les flèches s'ajusteront automatiquement. Bien que je ne recommande pas de déplacer les éléments une fois le protocole conçu de manière linéaire, si vous devez réorganiser votre mise en page, les flèches suivront le mouvement. Les flèches ancrées sont particulièrement utiles pour les organigrammes. Lors de leur création, il est recommandé de limiter le nombre d'angles et de privilégier les lignes parfaitement verticales ou horizontales. Grâce à l'ancrage, les ajustements deviennent simples : si vous déplacez une étiquette, la ligne se mettra en place automatiquement. Vous pouvez grouper le texte et l'icône au-dessus de la flèche pour qu'ils restent centrés lors du déplacement. Des guides vous aideront à assurer que l'icône est bien centrée par rapport au texte.

La limitation des angles dans les flux de travail s'applique également aux voies métaboliques. Il est important de s'assurer que la plupart des angles sont à 90 degrés pour faciliter la manipulation et obtenir des schémas plus propres. L'éditeur de couleurs est très utile. Il propose des préréglages pour modifier la couleur d'une icône dans son ensemble, ou, pour certaines icônes, de modifier les calques individuellement. Vous pouvez jouer sur des propriétés comme la transparence, la saturation et l'éclat. La fonction « Éclat » permet de créer un effet fluorescent très réussi. Par exemple, pour des protéines fluorescentes vertes, double-cliquez dessus et appliquez l'éclat pour obtenir un rendu saisissant.

Beaucoup utilisent également un éclat rouge pour leurs objets afin de suggérer l'inflammation, la chaleur ou même des dommages. C'est un excellent moyen d'ajouter du contexte et de la profondeur à votre illustration sans surcharger le schéma avec trop d'éléments. Il suffit d'exploiter la couleur pour évoquer ces sensations.

Avec ce type d'image, vous pouvez réaliser des effets intéressants. Avant de conclure, je voulais montrer quelque chose aux personnes travaillant avec des structures cristallines ou aux biologistes structuraux. Vous pouvez créer des effets comme une vue « rayons X » de votre protéine, où vous voyez à la fois la surface et la structure interne. Bien que cela puisse paraître complexe, il s'agit simplement de deux protéines superposées.

Si je double-clique dessus, vous verrez que l'une est une structure en ruban et l'autre est la surface. Je les ai superposées et j'ai augmenté la transparence de la protéine inférieure pour créer cet effet de vue aux rayons X. Pour y parvenir, nous utilisons un fichier PDB : nous pouvons soit en récupérer un depuis la base de données CSB, soit en importer un depuis votre ordinateur. Je n'ai pas de structures cristallines sous la main, j'envie ceux qui en ont généré, alors je vais utiliser une protéine échantillon de la littérature. Nous créons un élément avec le ruban, que j'enregistre. Je répète l'opération en appliquant la surface (Van der Waals) et j'enregistre également. Ensuite, je place mes deux protéines l'une sur l'autre, je les aligne, je sélectionne celle du dessous pour augmenter sa transparence, puis je groupe le tout. J'obtiens ainsi cet effet très facilement. C'est une méthode simple pour créer des visuels percutants.

C'est tout ce que je voulais aborder avec vous aujourd'hui. Je vous remercie d'avoir pris le temps de participer à cette session. J'espère que vous avez appris de nouvelles astuces et découvert des fonctionnalités que vous n'aviez pas encore explorées.