BioRender 201 - 신규 및 고급 기능!

개요

안녕하세요. Jeff가 소개한 대로 제 이름은 Francesca입니다. Jacqueline이 이미 다루었던 개념을 바탕으로, 저희의 새롭고 더 고급스러운 기능들을 안내해 드리겠습니다.

오늘 다룰 내용은 사용자 지정이나 시간 절약 측면에서 매우 유용하다고 생각되는 4가지 주요 기능으로 나누었습니다. 첫 번째 두 가지는 다중 선택 및 정렬 도구 입니다. 이어서 다음 두 가지는 도형 및 선을 위한 사용자 지정 도구입니다. 또한, 제가 오늘 여러분께 보여드리고 싶어 매우 기대하고 있는 커넥터 라인 및 사용자 지정 아이콘 색상이라는 두 가지 새로운 기능도 다룰 예정입니다.

자, 그럼 이러한 고급 기능들을 자세히 살펴보겠습니다. 먼저 다중 선택 및 정렬 도구를 사용하여 시간을 절약하는 방법부터 시작하겠습니다.

다중 선택 

환경 내에 사이토카인, 항체, 혹은 용액 속의 세포 등 동일한 개체가 많이 있는 상황이라면 이 기능이 정말 큰 도움이 됩니다. 예를 들어, 이 모든 항체를 하나씩 선택해서 색상을 변경하는 대신, 한꺼번에 편집하고 싶다고 가정해 보겠습니다. 만약 이 모든 항체를 빨간색이나 보라색으로 바꾸고 싶다면 아주 멋진 기능이 있습니다. 방법은 간단합니다. 아이콘을 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭한 다음 '모든 동일 아이콘 선택(select all the same icons)'을 누르면 캔버스 전체에 있는 해당 아이콘이 모두 선택되어 한꺼번에 편집할 수 있습니다. 하나씩 변경하느라 애쓰지 않고도 바로 빨간색이나 보라색으로 바꿀 수 있죠. 이에 대한 더 자세한 내용은 잠시 후에 보여드리겠지만, 이 시나리오처럼 한꺼번에 강조 표시하여 변경하는 것이 매우 유용한 경우가 많습니다.

그 예 중 하나가 종양 미세환경입니다. 면역 세포와 암세포가 잔뜩 뭉쳐 있을 때, 이 암세포들을 하나하나 일일이 바꾸는 것은 정말 악몽 같은 일이죠. 저희는 그 번거로움을 없앴습니다. 다시 마우스 오른쪽 버튼을 클릭하여 '모든 동일 아이콘 선택'을 누르면 범례(Legend)에 있는 것까지 포함하여 캔버스 전체의 아이콘이 선택되므로, 이처럼 한꺼번에 색상을 변경할 수 있습니다.

이미지의 색상을 선택하는 동안 몇 가지 디자인 팁과 요령도 함께 알려드리겠습니다. 예를 들어, 이 이미지에서 암세포는 녹색, 면역 세포는 붉은색 계열입니다. 어릴 적 동화책이나 만화책을 읽을 때를 떠올려 보세요. 이야기 속에서 악당과 주인공이 대립할 때, 악당은 주로 붉은 톤으로 표현되는 경우가 많습니다. 다스 베이더와 루크 스카이워커가 싸우는 이 이미지에서도 광선검 색상이 빨간색 대 녹색인 것을 볼 수 있죠. 이러한 개념은 스토리텔링에 자주 사용되며, 과학 이미지에서도 똑같이 활용할 수 있습니다. 주인공은 보통 차분한 녹색이나 파란색 계열로 표현하는 것이 좋습니다.

과거에 우리가 좋아했던 캐릭터들의 사례를 더 살펴보겠습니다. 디즈니와 픽사는 색상 개념을 사용하여 은연중에 이야기를 전달하는 방식을 자주 사용합니다. 빨간색은 보통 위험하고 나쁜 것을 의미하죠. 이 점을 염두에 두고 다시 종양 미세환경 도표로 돌아가 보겠습니다. 이제 암세포가 명백한 악당이라는 것을 알 수 있으니, 녹색 대신 붉은 톤으로 바꿔보겠습니다. 몇 가지 옵션이 있는데, 일단 이걸 사용해 보죠. 그리고 면역 세포는 색상만 보면 좀 무서워 보일 수 있는데, 사실 면역 세포와 수지상 세포는 우리 몸에 아주 좋은 세포입니다. 그래서 녹색 계열로 바꾸고, 매크로 기능들은 파란색으로 변경하겠습니다.

보시는 것처럼, 단어나 구성을 바꾸지 않고 색상만 변경했는데도 종양 미세환경 이미지의 스토리텔링이 훨씬 명확해졌습니다. 이 기능을 활용하면서 이러한 색상 개념을 염두에 두시면 좋습니다.

다음으로 다룰 내용은 이것입니다. 이 프로토콜의 레이아웃이 아주 잘 정리되어 있어 보기 좋지만, 제가 특별히 강조하고 싶은 관심 단백질이 하나 있습니다. 독자들이 이 부분에 집중하게 만들고 싶은데, 다른 아이콘들도 파란색이라 묻혀버리는 경향이 있습니다. 그래서 이전처럼 '모든 동일 아이콘 선택' 기능을 사용하겠습니다.

이렇게 하면 모든 아이콘과 정제 과정을 포함한 확대 상자 안의 아이콘까지 모두 선택됩니다. 이제 이 색상을 주황색으로 바꿔볼까요? 주황색을 선택한 이유는 파란색의 보색이기 때문입니다. 어릴 적 색상환에 대해 배울 때 보색이란 색상환의 반대편에 있는 색을 의미한다고 배웠을 겁니다. 빨간색과 녹색, 파란색과 주황색, 보라색과 노란색처럼요. 이 색상들을 나란히 배치하면 강한 대비가 생겨 서로가 훨씬 돋보이게 됩니다. 그래서 파란색 배경 위에서 주황색을 선택한 것입니다.

많은 기업이 로고를 만들 때 실제로 이런 방식을 사용합니다. 로고는 눈에 띄어야 하니까요. 파란색 배경의 주황색, 녹색 배경의 빨간색, 보라색 배경의 노란색 등을 볼 수 있죠. 이것이 바로 여러분의 이미지에서 관심 단백질이나 DNA의 일부를 돋보이게 만들 때 활용할 수 있는 실제 사례입니다. 이해가 되셨길 바랍니다. 질문이 있으시면 언제든 말씀해 주세요. 화면 오른쪽에 채팅창을 열어두었으니 궁금한 점이 있다면 무엇이든 물어봐 주세요. 기꺼이 답변해 드리겠습니다.

정렬 

색상을 일일이 변경하며 시간을 절약하는 것 외에도, 이 기능은 정렬 도구 활용 시에도 큰 도움이 됩니다. 예를 들어 캔버스에 세포 아이콘들이 여기저기 흩어져 있는 경우, 하나씩 정렬하는 대신 마우스 오른쪽 버튼을 클릭하여 동일한 아이콘을 모두 선택한 다음, 상단 툴바에 있는 유용한 정렬 기능을 사용해 보세요. '균등하게 배분'을 선택하면 세포들이 일정한 간격으로 배치되고, 이어서 '가운데 정렬'을 클릭하면 단 몇 초 만에 완벽하게 정렬할 수 있습니다. 이 기능은 과거에 제 작업 시간을 획기적으로 줄여주었습니다. 지금은 혈액 세포 5개로 예를 들었지만, 프로토콜 작업처럼 아이콘이 길게 나열되거나 상자 형태가 많은 경우, 일일이 픽셀 단위로 맞추려 애쓰지 말고 전체 선택 후 배분 및 정렬 기능을 사용해 보세요. 이 고급 기능을 공유해 드리고 싶었습니다. 내용이 명확하게 전달되었기를 바라며, 질문이 있으시면 말씀해 주세요. 다음으로 넘어가겠습니다.

다음 팁은 사용자 지정에 관한 것입니다. BioRender에는 도형이나 선과 같은 다양한 사용자 지정 도구가 있습니다. 채팅창에서도 관련 질문이 있었는데, 지금 다뤄보도록 하겠습니다. 먼저 '커스텀 블롭(custom blob) 도구'라고 부르는 도구부터 소개하겠습니다. 공식 명칭인지는 확실하지 않지만, 내부적으로는 그렇게 부릅니다. 재미있는 이름이죠? 이 도구들은 모두 비슷한 방식으로 작동하므로 그중 하나만 예로 들어 설명하겠습니다. 모든 도구를 다 보여드릴 수는 없지만, 마우스 조작이 서툰 분들에게는 정말 유용한 도구입니다. 우리 일러스트레이터들은 모든 것을 자유롭게 그리지만, 저는 그렇게 하기 어려워서 이 도구를 사용하여 원하는 모양을 자유롭게 드래그하며 만듭니다.

여기 보시면 여러 개의 노드가 있습니다. 파란색으로 채워진 것은 기존 앵커 포인트이고, 흰색 노드를 드래그하면 새로운 앵커 포인트가 생성됩니다. 이를 통해 젤리 빈 모양이나 구불구불한 선 등 필요한 모든 모양을 무한히 편집하고 만들 수 있습니다. 또한, Jacqueline이 설명한 'Bio-brushes'와 비슷하게 테두리와 채우기 색상도 세부적으로 편집할 수 있습니다. 이 도구를 어디에 사용할지 궁금하실 텐데, 뇌뿐만 아니라 아기, 간 등 특정 영역을 강조하고 싶은 모든 아이콘에 활용할 수 있습니다. 직접 보여드리겠습니다.

사용자 지정 도형

저는 뇌 구조가 엽(lobe)으로 나뉘어 있어 이 도구를 활용하기에 아주 좋다고 생각합니다. 신경과학자분들이라면 공감하실 텐데요. 뇌의 병변 부위나 종양, 혹은 약물 투여 후 전두엽이 후두엽보다 더 활성화된 상태를 보여주고 싶을 때 이 도구를 사용하면 매우 쉽게 표현할 수 있습니다. 원하는 영역을 선택하고, 줌인하여 노드를 더 추가하면 개별 엽을 아주 세밀하게 강조할 수도 있습니다. 데모를 위해 자세히 보여드리지는 않겠지만, 직접 다양하게 활용해 보시기 바랍니다.

블롭을 추가한 후에는 색상 사전 설정을 사용하는 것을 추천합니다. 채우기 색상에서 무지개색을 모두 선택할 수 있지만, 사전 설정이 훨씬 빠릅니다. 우리 일러스트레이터들이 대비와 조화를 고려해 미리 설정해 두었기 때문입니다. 저는 캔버스를 옮긴 뒤, 블롭 내부의 투명도를 조절하여 배경이 살짝 비치도록 설정하겠습니다. 빨간색으로 바꾸고 투명도를 높이면, 뇌의 배경이 블롭을 통해 보여서 영역을 효과적으로 강조할 수 있습니다.

뇌 구조 위에 '종양' 아이콘을 검색해서 추가해 보겠습니다. Jacqueline이 앞서 언급했듯이 표준 아이콘을 가져와 크기를 조절하면 됩니다. 뉴런이나 경로를 추가하고 싶다면 뉴런 아이콘을 활용하세요. 노드를 드래그하여 원하는 모양으로 만들 수 있습니다. 뉴런 하나를 더 추가하고 뒤집기 버튼을 눌러 머리와 꼬리 방향을 맞추면, 단 몇 초 만에 활성화 영역과 경로가 포함된 뇌 다이어그램이 완성됩니다. 모든 화살표와 선, 뉴런은 '선 삽입' 메뉴에 있으며 노드를 드래그하여 조절할 수 있습니다. 선의 굵기를 조절하는 방법도 질문하셨는데, 당연히 가능합니다. 뉴런과 사용자 지정 도구를 다루는 김에 빠르게 짚고 넘어갑니다.

이제 뇌와 블롭 도구를 활용한 예시를 보셨습니다. 또 다른 예로 나만의 단백질을 만드는 경우를 들 수 있습니다. 기본 모양에 DNA를 얹으면 단백질, 혹은 CRISPR 단백질처럼 보이죠. 단백질에 돌연변이를 주어 오목한 부분을 더 깊게 만들고 싶다면 블롭 도구로 조절하면 됩니다. 이처럼 독특한 모양의 도구를 활용해 여러분의 일러스트레이션에 이야기를 담아보세요.

몇 가지 사용 사례를 더 보여드리겠습니다. 우리 일러스트레이터들이 만든 뇌간과 뇌 단면도입니다. 기저핵 부분도 포함되어 있는데, 이 모든 것이 방금 보여드린 노드 편집 도구만으로 만들어진 것입니다.

사용자 지정 선

다음으로 소개할 기능은 원형 화살표입니다. BioRender에서 순환 과정을 만들 때 정말 유용한데, 의외로 잘 알려지지 않은 기능입니다. 원형 화살표를 크게 키워보겠습니다. 이 화살표는 자동으로 정렬됩니다. 흰색 노드에 커서를 올리면 가위 아이콘으로 변하는데, 이를 클릭하여 화살표를 여러 부분으로 자르고 드래그할 수 있습니다. 순환 과정이나 플라스미드 지도(gene map)를 만들 때 아주 좋습니다. 굵기를 조절하고 화살표 머리 크기를 줄인 뒤, 유전자 A, B, C에 맞춰 자르면 금방 완성됩니다. 처음에는 익숙하지 않을 수 있지만, 익숙해지면 매우 편리합니다. 색상을 라벨과 맞추면 청중이 이해하기 훨씬 쉽습니다. 컴퓨터가 조금 느려져서 빠르게 진행하겠습니다. 몇 초 만에 플라스미드 지도를 만들 수 있죠. 에펜도르프 튜브와 함께 배치하거나, 위상 다이어그램, 프로젝트 순환 과정 등을 만들 때도 유용합니다. 복잡해 보이는 다이어그램도 사실은 원형 화살표를 자르고 그 사이에 아이콘을 배치한 것뿐입니다. 이 예시도 세 개의 원형 화살표를 조합한 것입니다. 도구 사용법만 알면 복잡한 과정도 쉽게 분해하여 표현할 수 있습니다.

연결선

질문이 있으시면 말씀해 주세요. 다들 이해하신 것 같지만, 마지막에 다시 다루도록 하겠습니다. 남은 15분 동안은 제가 특별히 기대했던 새로운 기능 두 가지를 소개하겠습니다. 바로 '연결선'입니다. 오랫동안 출시를 기다려온 기능이라 정말 기쁩니다. 기존 화살표와 달리, 이제는 상자나 아이콘에 커서를 올리면 노드가 나타나고, 이를 서로 연결할 수 있습니다. 단백질 A와 B를 연결할 때, 상자의 노드에 화살표를 스냅(snap)시키면 됩니다. 이제 상자를 이동해도 화살표가 자동으로 따라오므로, 화살표와 상자를 따로 움직일 필요가 없습니다. 꺾인 선을 만드는 것도 간단합니다. 훨씬 적은 단계로 원하는 다이어그램을 완성할 수 있습니다.

이 화살표는 텍스트 상자뿐만 아니라 아이콘에도 연결됩니다. 페트리 접시 아이콘을 옮길 때 화살표가 자동으로 따라오므로, 워크플로우나 프로토콜 다이어그램을 수정할 때 시간을 크게 절약할 수 있습니다.

디자인 팁을 하나 드리자면, 복잡한 다이어그램에서는 상자에서 뻗어 나오는 각도를 최소화하는 것이 좋습니다. 예를 들어, 직각으로 연결하는 것이 더 깔끔합니다. 연결선을 사용하면 라벨을 이동할 때 화살표가 자동으로 따라오므로, 일일이 수정할 필요가 없습니다. 왼쪽은 연결되지 않고 오른쪽만 연결된 상태라면, 라벨을 이동할 때 오른쪽 화살표만 자동으로 따라오게 됩니다.

연결선을 사용하면 복잡한 경로 다이어그램에서도 각도를 쉽게 조절할 수 있습니다. 이전에는 화살표를 하나씩 옮겨야 했지만, 이제는 드래그 한 번으로 직각을 만들 수 있습니다. 직각이 훨씬 보기 좋으니, 연결선을 활용해 보세요. 이 기능이 명확하게 전달되었기를 바랍니다.

사용자 지정 색상

다음은 팀원 모두가 출시를 기다려온 '색상 사용자 지정' 기능입니다. 기존의 아름다운 색상 사전 설정도 좋지만, 이제는 '색상 오버레이'를 통해 거의 무제한에 가까운 색상을 사용할 수 있습니다. C. elegans 아이콘을 청록색으로 바꾸고 싶다면 슬라이더를 드래그하거나, 브랜드나 학교 로고에 맞는 16진수(hex) 코드를 직접 입력하면 됩니다. BioRender 이벤트 중이니 BioRender 블루 색상을 입력해 보겠습니다. 이처럼 원하는 색상을 자유롭게 적용할 수 있습니다.

이제 투명도와 채도도 조절할 수 있습니다. 채도 슬라이더를 사용하면 색상 농도를 세밀하게 조정할 수 있습니다. 다음 슬라이드에서 다룰 '글로우(glow)' 기능은 형광 단백질(GFP) 등을 표현할 때 아주 좋습니다. 또한, 이제는 아이콘의 개별 요소도 수정할 수 있습니다. 예를 들어, 쥐 아이콘의 피부, 털, 눈 색상을 각각 다르게 설정할 수 있습니다. 피부색을 보라색이나 분홍색으로 바꾸고, 눈 색상도 빨간색이나 초록색으로 변경할 수 있습니다. 정말 놀라운 기능이죠? 직접 활용해 보시기 바랍니다.

이 기능은 제가 생각하기에 정말 흥미로운 사용자 지정 기능 중 하나인데, 여기에서 선택하기만 하면 다양한 레이어를 클릭할 수 있습니다. 강조하고 싶었던 발광 기능의 한 가지 예로, 바이러스나 단백질 같은 예시가 있고 그 외곽 부분이 빛나게 하거나 GFP(녹색 형광 단백질)로 만들고 싶을 때를 들 수 있습니다. 다음 기능에서 다룰 주석 기능과도 관련이 있는데, 예를 들어 AI에게 "이것들을 형광 녹색으로 만들어줘"라고 요청하고 헥스 코드를 받았다면, 여기에서 단백질들을 모두 선택한 뒤 해당 코드를 입력하여 원하는 녹색으로 바로 바꿀 수 있습니다. 일단은 이 녹색을 선택하고 채도를 조금 조절해 보겠습니다. 여기 '글로우(glow)' 설정으로 들어가면 단백질이 빛나게 만들 수 있는데, 정말 멋진 기능이라고 생각합니다. 이미지에서 발광 효과를 활성화하거나 비활성화할 수 있고, 여기에서 발광 강도도 조절할 수 있습니다. 저희가 추가한 기능 중 꼭 소개해 드리고 싶었던 멋진 기능입니다.

마지막 팁은 조금 뻔하게 들릴지 모르겠지만, 즐기면서 작업하시라는 것입니다. 저희 팀 내부에서도 이런 기능들을 구상하고 개발하며, 여러분과 같은 커뮤니티와 소통하면서 많은 즐거움을 느끼고 있습니다. 그러니 여러분도 다양한 기능을 모두 확인해 보시고, 즐겁게 활용해 주셨으면 좋겠습니다. 

마지막 팁은 여기까지입니다. BioRender를 사용하면서 즐거운 시간을 보내시길 바라며, 이번 세션에 함께해 주셔서 감사합니다.