BioRender 201 – Neue & fortgeschrittene Funktionen!

Überblick

Wie Jeff bereits erwähnte, heiße ich Francesca. Ich werde Sie durch einige unserer neueren und fortgeschritteneren Funktionen führen und dabei auf den Konzepten aufbauen, die Jacqueline bereits angesprochen hat.

Was wir heute behandeln werden, habe ich in vier Hauptfunktionen unterteilt, die meiner Meinung nach besonders relevant für die Anpassung oder Zeitersparnis sind. Die ersten beiden sind Multi-Select- und Ausrichtungstools , die ich mit Ihnen durchgehen werde. Die nächsten beiden sind Anpassungstools für Formen und Linien. Ich werde außerdem zwei neue Funktionen vorstellen: Verbindungslinien und benutzerdefinierte Symbolfarben, auf die ich mich schon sehr freue, sie Ihnen heute zu zeigen.

Lassen Sie uns also direkt in diese fortgeschrittenen Funktionen eintauchen. Ich beginne damit, wie Sie mit unseren Multi-Select- und Ausrichtungstools Zeit sparen können.

Multi-Select 

Wenn Sie sich jemals in einer Situation befinden, in der Sie viele gleiche Elemente in einer Umgebung haben – seien es Zytokine, Antikörper oder vielleicht sogar Zellen in einer Lösung –, spart Ihnen diese Funktion wirklich Zeit. Angenommen, Sie möchten all diese Antikörper auf einmal bearbeiten, anstatt jeden einzeln auszuwählen und dann vielleicht die Farbe zu ändern. Wenn Sie beispielsweise alle diese Antikörper in ein Rot oder Violett ändern möchten, haben wir eine wirklich coole Funktion dafür. Sie klicken einfach mit der rechten Maustaste darauf und wählen „Alle gleichen Symbole auswählen“. Dadurch wird jeder Typ dieses Symbols auf Ihrer gesamten Arbeitsfläche ausgewählt, sodass Sie ihn gemeinsam bearbeiten und ändern können. Wenn ich sie also rot oder violett machen möchte, kann ich das direkt tun, anstatt zu versuchen, sie hier einzeln zu ändern. Ich zeige Ihnen gleich noch eine detailliertere Version davon, aber in diesem Szenario hätten Sie wahrscheinlich alle markieren und gemeinsam ändern können, aber es gibt bestimmte Situationen, in denen dies wirklich sehr hilfreich ist.

Ein Beispiel dafür ist die Tumormikroumgebung, in der Sie vielleicht viele dieser Immunzellen und Krebszellen dicht gedrängt haben. Der Albtraum, jede einzelne dieser Krebszellen nacheinander ändern zu müssen, ist damit vorbei. Sie können einfach wieder mit der rechten Maustaste darauf klicken, „Alle gleichen Symbole auswählen“ wählen, und es werden sogar die in meiner Legende mit ausgewählt – es gilt also für die gesamte Arbeitsfläche –, und dann können Sie alles zusammen so ändern.

Während Sie hier die Farbe für diese Bilder auswählen, werde ich auch ein paar Design-Tipps und -Tricks einfließen lassen. Bei diesem Bild sind unsere Krebszellen beispielsweise in diesem Grünton und unsere Immunzellen eher in diesem rötlichen Ton gehalten. Wenn Sie sich an Kinderbücher oder Comics erinnern: Wenn es einen sehr offensichtlichen Bösewicht gegenüber den Guten gibt – wie einen Antagonisten gegenüber einem Protagonisten in Ihrer Geschichte –, sieht man oft, dass viele dieser Bösewichte diesen rötlichen Ton haben. Selbst in diesem Bild hier, wo Darth Vader gegen Luke Skywalker kämpft, sieht man sogar an ihren Lichtschwertern das Rot gegen Grün. Diese Konzepte werden häufig beim Storytelling verwendet, und Sie können sie auch für Ihre wissenschaftlichen Bilder nutzen. Die „Guten“ haben also eher diesen kühlen, grünlichen, bläulichen Ton.

Hier sind weitere Beispiele unserer Lieblingsfiguren von früher. Disney und Pixar nutzen oft Farbkonzepte, um ihre Geschichten unterschwellig zu erzählen. Man sieht, dass Rot meist für gefährliche Dinge und das Böse steht. Wenn ich das im Hinterkopf behalte und zu unserer Abbildung der Tumormikroumgebung zurückkehre, sehen wir jetzt diese Krebszelle, die offensichtlich ein Bösewicht ist. Also werde ich sie nicht grün lassen, sondern eher in einen rötlichen Ton ändern. Wir haben hier ein paar Optionen, vielleicht nehme ich diese für den Moment. Und diese Immunzellen sehen aufgrund der Farbe irgendwie beängstigend aus. Immun- und dendritische Zellen sind jedoch eigentlich sehr gut für Ihren Körper. Also werde ich das vielleicht eher in einen grünlichen Farbton ändern. Und das hier sind Makro-Funktionen, also ändere ich das vielleicht in eine blaue Farbe.

Und genau so, selbst wenn man sich dieses Bild ansieht, ohne Wörter oder Komposition zu ändern, nur durch die Farbe, sieht man, dass das Storytelling in diesem Bild der Tumormikroumgebung viel klarer geworden ist. Ja, das ist nur eine Möglichkeit, wie Sie diese Funktion nutzen können, und denken Sie dabei auch an diese Farbkonzepte.

Als Nächstes möchte ich auf so etwas eingehen. Mir gefällt, wie dieses Protokoll aufgebaut ist, es sieht wirklich gut aus. Es ist sehr schön organisiert, aber ich habe hier dieses Protein von Interesse, auf das ich mich wirklich konzentrieren möchte und auf das sich auch meine Leser konzentrieren sollen. Aber es verblasst oder verschmilzt mit all den anderen Elementen, einfach weil es diese blaue Farbe hat und viele der anderen Symbole in diesem Bild ebenfalls blau sind. Also werde ich wieder alle gleichen Symbole auswählen, wie wir es zuvor getan haben.

Es werden alle ausgewählt, auch in diesen verschiedenen Zoom-Boxen, sogar die im Reinigungsbereich. Warum ändern wir diese Farbe nicht in ein Orange? Ich wähle Orange, weil Orange eine Komplementärfarbe zu Blau ist. Wenn Sie sich an den Farbkreis erinnern, den man als Kind lernt: Wenn ich von Komplementärfarben spreche, meine ich jede Farbe, die auf der gegenüberliegenden Seite des Farbkreises liegt. Also etwa Rot zu Grün, Blau zu Orange oder Violett zu Gelb. Wenn diese Farben nebeneinander platziert werden, erzeugen sie einen sehr starken Kontrast und lassen das andere Element viel stärker hervortreten. Deshalb wähle ich Orange vor dem blauen Hintergrund.

Ich habe gesehen, dass viele Unternehmen dies tatsächlich für ihre Logos tun, weil Logos auffallen sollen. Sie sehen also das Blau auf Orange hier, das Rot auf Grün, vielleicht das Gelb mit dem Violett. Das sind reale Beispiele, die Sie nutzen können, um Ihre Bilder – sei es ein Protein von Interesse oder ein Teil Ihrer DNA – wirklich hervorzuheben. Ich hoffe, das ist verständlich. Lassen Sie mich wissen, wenn Sie Fragen haben. Ich habe den Chat auf der rechten Seite meines Bildschirms geöffnet. Wenn Sie also weitere Fragen haben, lassen Sie es mich wissen, ich gehe gerne darauf ein.

Ausrichtung 

Neben dem Sparen von Zeit und Farben kann diese Funktion auch bei der Verwendung von Ausrichtungswerkzeugen helfen. Wenn Sie eine Situation haben, in der alle Zellen verstreut auf der Arbeitsfläche liegen, müssen Sie diese nicht einzeln ausrichten. Klicken Sie stattdessen einfach mit der rechten Maustaste darauf, wählen Sie alle gleichen Symbole aus und nutzen Sie die praktische Ausrichtungsfunktion in der oberen Symbolleiste. Sie können die Zellen gleichmäßig verteilen, sodass sie denselben Abstand zueinander haben, und sie dann in wenigen Sekunden zentriert ausrichten. Das ist ein Vorgang, der mir in der Vergangenheit viel Zeit gespart hat. Das Beispiel mit fünf Blutzellen ist einfach, aber bei längeren Protokollen oder vielen Kästchen müssen Sie nicht jedes Element einzeln pixelgenau verschieben. Wählen Sie einfach alle aus, verteilen Sie sie und richten Sie sie gemeinsam aus. Ich wollte diese fortgeschrittene Funktion mit Ihnen teilen, da sie mir die Arbeit sehr erleichtert hat. Ich hoffe, das ist verständlich. Wenn Sie dazu Fragen haben, lassen Sie es mich wissen, bevor wir zum nächsten Punkt übergehen.

Der nächste Tipp betrifft die Anpassungsmöglichkeiten. Wir haben viele verschiedene Werkzeuge für Formen und Linien in BioRender. Ich weiß, dass dazu im Chat Fragen aufgekommen sind, auf die ich jetzt eingehen werde. Zuerst möchte ich ein Werkzeug vorstellen, das wir intern „Custom Blob Tool“ nennen. Ich bin mir nicht sicher, ob es einen offiziellen Namen hat, aber ich nenne es so. Es ist ein etwas lustiger Name für diese Gruppe von Anpassungswerkzeugen, die alle sehr ähnlich funktionieren. Ich werde nicht auf jedes einzelne eingehen, aber diese Werkzeuge sind fantastisch, wenn Sie mit der Maus nicht ganz so ruhig zeichnen können wie ich. Ich habe gesehen, wie unsere Illustratoren alles freihändig zeichnen, aber das traue ich mir nicht zu. Deshalb nutze ich dieses Werkzeug oft, um individuelle Formen zu erstellen.

Hier sehen Sie verschiedene Knotenpunkte. Einige sind blau ausgefüllt – das sind Ihre bestehenden Ankerpunkte –, andere sind weiß. Sie können diese herausziehen, um neue Ankerpunkte zu erstellen. Jedes Mal, wenn Sie einen Punkt ziehen, erscheint ein neuer, sodass Sie unendlich viele Möglichkeiten haben, Formen zu bearbeiten und zu erstellen, egal ob es sich um eine seltsame Gelee-Bohnen-Form oder geschwungene Linien handelt. Sie können zudem die Ränder und Füllungen anpassen, ähnlich wie bei den „Bio-Brushes“, die Jacqueline vorgestellt hat, nur eben für Formen. Sie fragen sich wahrscheinlich, wo man dieses Werkzeug einsetzen kann. Es sieht etwas ungewöhnlich aus, aber es eignet sich hervorragend für Bereiche wie diesen. Es muss nicht nur für das Gehirn sein; es funktioniert auch für Babys, Lebern oder andere Symbole, wenn Sie bestimmte Bereiche hervorheben möchten. Lassen Sie mich Ihnen zeigen, wie das geht.

Benutzerdefinierte Formen

Ich persönlich mag das Gehirn, weil es eine sehr gelappte Struktur hat. Ich denke, Neurowissenschaftler werden das zu schätzen wissen. Wenn Sie bestimmte Bereiche Ihrer Symbole hervorheben möchten – etwa eine Läsion im Gehirn, einen Tumor, der einen großen Bereich betrifft, oder aktive Areale, nachdem Sie ein Medikament verabreicht haben –, ist dieses Werkzeug ideal. Sie können sehr detailliert vorgehen, hineinzoomen und die Empfindlichkeit erhöhen, um mehr Knotenpunkte zu setzen und einzelne Lappen hervorzuheben. Ich werde das für diese Demo nicht im Detail tun, um Zeit zu sparen, aber probieren Sie es gerne selbst aus.

Anstatt den „Blob“ einfach nur zu platzieren, würde ich die Farbe ändern. Ich verwende gerne die Farbvoreinstellungen. Sie können zwar jede beliebige Farbe aus dem Farbspektrum wählen, aber die Voreinstellungen sind schneller, da unsere Illustratoren bereits darauf geachtet haben, dass Kontraste und Farbkombinationen harmonieren. Ich werde nun die Transparenz der Füllung etwas reduzieren, damit der Hintergrund des Gehirns durch den „Blob“ hindurch sichtbar bleibt. So wird der Bereich hervorgehoben, ohne das Bild zu verdecken.

Wenn ich möchte, kann ich einen Tumor hinzufügen. Ich suche einfach nach „Tumor“, wähle ein Standardsymbol aus, wie Jacqueline es vorhin erwähnt hat, und skaliere es entsprechend. Ob Tumor oder Neuronen – Sie können alles hinzufügen. Anstatt eines Tumors könnten wir auch Signalwege einfügen. Das Neuron-Symbol funktioniert ähnlich wie andere Knotenpunkte: Sie können sie ziehen, und es entstehen neue Punkte, mit denen Sie den Verlauf detailliert anpassen können. Ich füge noch ein weiteres Neuron hinzu und spiegle es mit der entsprechenden Schaltfläche, damit die Enden korrekt ausgerichtet sind. In wenigen Sekunden habe ich das Gehirn, die aktiven Regionen und die dazugehörigen Bahnen erstellt. Alle unsere Pfeile finden Sie unter „Linie einfügen“. Sie funktionieren alle ähnlich, und Sie können auch die Linienbreite anpassen, was vorhin jemand aus dem Publikum gefragt hat.

Wir haben also das Gehirn und das „Blob“-Werkzeug. Ein weiteres Anwendungsbeispiel ist das Erstellen eines eigenen Proteins. Es sieht zunächst aus wie eine kleine Bohne, aber wenn Sie eine DNA-Struktur darauflegen, wird daraus ein Protein, vielleicht sogar ein CRISPR-Protein. Wenn Sie eine Mutation darstellen möchten, bei der ein Bereich konkaver sein soll, können Sie das „Blob“-Werkzeug nutzen, um die Form entsprechend zu manipulieren. Das ist ein weiteres Beispiel dafür, wie Sie diese einfache Form nutzen können, um Ihre Geschichte in den Illustrationen zu erzählen.

Ich habe hier noch ein paar Anwendungsbeispiele. Einige unserer Illustratoren haben komplexe Darstellungen erstellt, die kompliziert aussehen, aber im Grunde nur aus den Werkzeugen bestehen, die ich Ihnen gezeigt habe – also Formen, bei denen die Knotenpunkte bearbeitet wurden.

Benutzerdefinierte Linien

Das nächste Feature, das ich hervorheben möchte, sind kreisförmige Pfeile. Ich sehe oft, dass Leute Zyklen in BioRender erstellen, und dieses Feature wird meiner Meinung nach unterschätzt. Es ist eines meiner Lieblingswerkzeuge. Ich vergrößere es, damit Sie es besser sehen können: Es ist im Grunde ein Pfeil, der einen vollständigen Kreis bildet und sich automatisch ausrichtet. Wenn Sie den Cursor über den weißen Knotenpunkt bewegen, verwandelt er sich in ein Scherensymbol. Damit können Sie den Pfeil an verschiedenen Stellen schneiden und die Teile verschieben – ideal für Zyklen. Ein weiteres Beispiel sind Plasmidkarten. Ich zeige Ihnen kurz, wie das geht. Ich mache die Linie etwas dicker und füge Pfeile hinzu. Plasmidkarten haben meist kleinere Pfeilspitzen, also verkleinere ich diese. Dann schneide ich den Kreis in Teile für Gen A, Gen B und Gen C. Dieses Werkzeug erfordert etwas Übung, aber sobald man den Dreh raus hat, ist es sehr einfach. Ein Tipp am Rande: Wenn Sie etwas beschriften, hilft es, die Farben der Beschriftung an die Elemente anzupassen, damit das Publikum den Zusammenhang besser versteht. Ich wähle hier einen Gelbton. Mein Computer hängt gerade etwas, daher mache ich es kurz. In wenigen Sekunden haben Sie eine Plasmidkarte erstellt, die Sie beispielsweise in einem Eppendorf-Gefäß platzieren können. Diese kreisförmigen Pfeile sind auch für Phasendiagramme oder Projektzyklen sehr nützlich. Viele dieser komplexen Grafiken bestehen eigentlich nur aus solchen kreisförmigen Pfeilen, die geschnitten und kombiniert wurden. Wenn man das Prinzip versteht, ist es sehr einfach, solche Zyklen zu erstellen.

Verbindungslinien

Lassen Sie mich wissen, wenn Sie dazu Fragen haben. Es scheint alles klar zu sein, aber ich stehe am Ende gerne für weitere Fragen zur Verfügung. Ich möchte die letzten 15 Minuten nutzen, um zwei neue Funktionen vorzustellen, auf die ich mich besonders gefreut habe: Verbindungslinien. Darauf habe ich lange gewartet. Erinnern Sie sich an die Pfeile, die wir gerade besprochen haben? Wir haben neue Versionen, die sich miteinander verbinden lassen. Wenn ich Protein A mit Protein B verbinden möchte, ist das sehr einfach. Wenn Sie über unsere Kästchen fahren, erscheinen nun Knotenpunkte. Ich zoome etwas heran, damit Sie sehen, wie der Knotenpunkt blau wird. Ich kann einen Knotenpunkt mit einem anderen verbinden, sodass er einrastet. Ich verbinde die Unterseite von Protein A mit der linken Seite von Protein B. Das Beste daran: Wenn ich die Elemente verschiebe, passt sich der Pfeil automatisch an. Ich muss nicht alles einzeln neu ausrichten. Das spart enorm viele Schritte.

Ich möchte betonen, dass diese Pfeile nicht nur für Textfelder funktionieren, sondern auch an unseren Symbolen einrasten. Wenn ich beispielsweise eine Petrischale verschiebe, folgen die Pfeile automatisch. Das spart viel Zeit bei der Erstellung von Prozessen, Protokollen oder Arbeitsabläufen.

Ein Design-Tipp: Wenn Sie komplexe Diagramme mit vielen Pfeilen erstellen, versuchen Sie, die Anzahl der Winkel zu begrenzen. Anstatt viele abgewinkelte Linien zu haben, sind rechte Winkel oft übersichtlicher. Wenn ein Pfeil verbunden ist, kann ich das Element einfach verschieben, und der Pfeil passt sich automatisch an. Wenn ich beispielsweise Beschriftungen nach unten verschieben möchte, folgen die Pfeile einfach mit.

Das ist der große Vorteil unserer Verbindungslinien. Auch bei komplexen Signalwegen ist es viel schneller, Elemente zu verschieben, da die Pfeile automatisch mitgehen. Das ist der Vorher-Nachher-Effekt: Rechte Winkel sehen besser aus, und mit den Verbindungslinien ist die Umsetzung deutlich einfacher. Ich hoffe, diese Funktion ist verständlich.

Benutzerdefinierte Farben

Der nächste Punkt ist die Anpassung der Farben unserer Symbole – ein Feature, auf das sich das gesamte Team sehr gefreut hat. Bisher waren Sie an unsere Farbvoreinstellungen gewöhnt, die sehr schön sind, aber jetzt bieten wir auch Farboverlays an, die eine nahezu unbegrenzte Farbauswahl ermöglichen. Wenn ich das C. elegans-Symbol beispielsweise in Türkis haben möchte, kann ich den Regler verschieben. Wenn Sie eine bestimmte Markenfarbe benötigen, können Sie den Hex-Code eingeben. Ich gebe hier den Code für das BioRender-Blau ein. Das ist ideal für Firmen- oder Schul-Brandings oder einfach für Ihre Lieblingsfarbe. Klicken Sie einfach auf das Pluszeichen bei „Farboverlay“ und wählen Sie Ihre Farbe aus.

Es gibt noch weitere Bearbeitungsoptionen: Sie können die Transparenz anpassen und nun auch die Sättigung bearbeiten, was vorher nicht möglich war. Ein weiteres cooles Feature ist der „Glow“-Effekt, der sich hervorragend für Lumineszenz oder GFP-Darstellungen eignet. Bei der Maus habe ich festgestellt, dass wir jetzt sogar einzelne Aspekte von Symbolen bearbeiten können. Früher konnten Sie nur das gesamte Symbol einfärben. Jetzt können Sie Haut, Fell und Augen separat auswählen. Ich kann die Haut beispielsweise lila oder grün färben. Auch die Augenfarbe lässt sich ändern – ob rot, blau oder leuchtend grün. Das ist wirklich fantastisch.

Dies ist eine der Anpassungsfunktionen, die ich besonders spannend fand: Sie können alle verschiedenen Ebenen einfach durch Auswählen hier anklicken. Ein Beispiel für die Leuchtfunktion, das ich hervorheben wollte: Wenn Sie beispielsweise ein Virus oder ein Protein haben und sicherstellen möchten, dass die äußeren Bereiche leuchten oder es sich um ein GFP handelt. Poly wird im nächsten Feature auch Kommentare hervorheben, aber hier können Sie zum Beispiel, wenn Ihr PI sagt: „Mach das fluoreszierend grün“ und Ihnen sogar einen Hex-Code dafür gibt, einfach alle diese Proteine zusammen auswählen und sie durch Eingabe des Codes in die gewünschte grüne Farbe verwandeln. Ich wähle jetzt einfach dieses Grün aus und spiele vielleicht ein wenig mit der Sättigung. Wenn Sie zu dieser Leuchtfunktion gehen, können Sie das Protein hier zum Leuchten bringen, was ich super cool fand. Sie können das Leuchten in Ihrem Bild jederzeit aktivieren oder deaktivieren und die Intensität hier oben anpassen. Das ist eine tolle Funktion, die wir hinzugefügt haben und die ich ebenfalls hervorheben wollte.

Großartig, und mein letzter Tipp klingt vielleicht etwas abgedroschen, aber: Vergessen Sie nicht, Spaß zu haben. Unser Team hat intern viel Freude daran, sich all diese Funktionen auszudenken, sie für Sie zu entwickeln und gemeinsam mit der Community wie Ihnen an der Umsetzung vieler dieser Features zu arbeiten. Ich möchte also sicherstellen, dass jeder alle verschiedenen Funktionen kennt und dabei auch Spaß hat. 

Das war mein letzter Tipp. Denken Sie einfach daran, Spaß zu haben und die Arbeit mit BioRender zu genießen. Ich möchte mich bei Ihnen für Ihre Teilnahme und für das Mitwirken an dieser Sitzung bedanken.