BioRender 201 - Nouvelles fonctionnalités avancées !

Présentation

Bonjour à tous. Comme Jeff l'a mentionné, je m'appelle Francesca et je vais vous présenter certaines de nos fonctionnalités les plus récentes et les plus avancées, en m'appuyant sur les concepts que Jacqueline a déjà abordés.

Pour ce que nous allons couvrir aujourd'hui, j'ai sélectionné quatre fonctionnalités majeures qui me semblent très pertinentes, que ce soit pour la personnalisation ou pour gagner du temps. Les deux premières sont : la sélection multiple et les outils d'alignement que je vais passer en revue avec vous. Les deux suivantes sont des outils de personnalisation pour : les formes et les lignes. Je vais également aborder deux nouvelles fonctionnalités concernant : les lignes de connexion et les couleurs d'icônes personnalisées, que je suis très impatiente de vous montrer aujourd'hui.

Très bien, plongeons dans ces fonctionnalités avancées. Je vais commencer par vous montrer comment gagner du temps grâce à nos outils de sélection multiple et d'alignement.

Sélection multiple 

Si vous vous retrouvez dans une situation où vous avez beaucoup d'éléments dans un environnement, qu'il s'agisse de cytokines, d'anticorps ou même de cellules en solution, cette fonctionnalité vous fera gagner un temps précieux. Disons que vous souhaitez modifier tous ces anticorps en même temps ; au lieu de les sélectionner un par un comme ceci pour changer leur couleur, par exemple en rouge ou en violet, nous avons une fonctionnalité très pratique que je vais vous montrer. Il suffit de faire un clic droit dessus, puis de sélectionner « Sélectionner toutes les icônes identiques ». Cela sélectionne automatiquement chaque occurrence de cette icône sur l'ensemble de votre zone de travail, vous permettant ainsi de les modifier toutes ensemble. Si je veux les mettre en rouge ou en violet, je peux le faire directement au lieu d'essayer de les changer une par une. Je vous montrerai une version plus détaillée de cette manipulation dans un instant, mais dans ce scénario, vous auriez pu probablement toutes les mettre en surbrillance pour les modifier d'un coup. Il existe toutefois des situations où cette fonction est vraiment très utile.

Un de ces exemples est le microenvironnement tumoral, où vous avez peut-être beaucoup de cellules immunitaires et de cellules cancéreuses regroupées, et où essayer de modifier chaque cellule cancéreuse une par une devient un véritable cauchemar. Nous avons éliminé ce problème pour vous : il suffit de faire un clic droit, de sélectionner toutes les icônes identiques, et cela sélectionnera même celles présentes dans ma légende. L'action s'applique à toute votre zone de travail, et vous pouvez ainsi tout modifier d'un seul coup.

Pendant que vous choisissez la couleur pour ces images, je vais vous donner quelques conseils et astuces de conception. Par exemple, pour cette image, nos cellules cancéreuses sont en vert et nos cellules immunitaires sont plutôt dans les tons rougeâtres. Si vous vous souvenez des livres d'histoires ou des bandes dessinées que vous lisiez enfant, lorsqu'il y a une opposition claire entre les « méchants » et les « gentils », comme un antagoniste face à un protagoniste, les méchants sont souvent représentés dans des tons rougeâtres. Même dans cette image de Dark Vador combattant Luke Skywalker, on peut voir que leurs sabres laser sont rouge contre vert. Ces concepts sont très utilisés dans la narration, et vous pouvez également les appliquer à vos images scientifiques. Les « gentils » sont généralement associés à des tons plus froids, verdâtres ou bleuâtres.

Voici d'autres exemples tirés de nos personnages préférés d'autrefois. Disney et Pixar utilisent souvent ces concepts de couleurs pour raconter leurs histoires de manière subtile. On remarque que le rouge dénote généralement le danger et le mal. En gardant cela à l'esprit et en revenant à notre figure du microenvironnement tumoral, nous pouvons voir que cette cellule cancéreuse est clairement un « méchant ». Je vais donc changer sa couleur, non plus en vert, mais plutôt dans un ton rougeâtre. Nous avons quelques options ici, je vais peut-être utiliser celle-ci pour le moment. Ces cellules immunitaires, à cause de leur couleur, ont l'air un peu effrayantes. Or, les cellules immunitaires et dendritiques sont en réalité très bénéfiques pour votre corps. Je vais donc les changer pour une couleur plus verdâtre. Et pour ces macro-éléments, je vais peut-être choisir une couleur bleue.

Et voilà, rien qu'en regardant cette image, sans même changer les mots ou la composition, juste par la couleur, vous pouvez constater que la narration est devenue beaucoup plus claire dans cette image du microenvironnement tumoral. C'est donc une façon d'utiliser cette fonctionnalité tout en gardant ces concepts de couleurs à l'esprit.

La chose suivante que je voulais aborder, ce sont des éléments comme celui-ci. J'aime la mise en page de ce protocole, il est très bien organisé. Cependant, j'ai cette protéine d'intérêt ici sur laquelle je veux vraiment attirer l'attention, et je veux que mes lecteurs se concentrent dessus également. Mais elle s'efface ou se fond dans les autres éléments simplement parce qu'elle est bleue, tout comme beaucoup d'autres icônes dans cette image. Ce que je vais faire, c'est sélectionner à nouveau toutes les icônes identiques, comme nous l'avons fait précédemment.

Cela va sélectionner toutes les occurrences, y compris dans les différents encadrés de zoom, même celui de la purification. Pourquoi ne pas changer cette couleur pour un orange ? Je choisis l'orange car c'est une couleur complémentaire au bleu. Si vous vous souvenez des cercles chromatiques appris à l'école, une couleur complémentaire est simplement celle qui se trouve à l'opposé sur le cercle. Par exemple, le rouge face au vert, le bleu face à l'orange, ou le violet face au jaune. Lorsque ces couleurs sont placées côte à côte, elles créent un contraste très fort qui permet à l'élément de ressortir davantage. C'est pourquoi je choisis l'orange sur ce fond bleu.

J'ai vu beaucoup d'entreprises utiliser cette technique pour leurs logos, car on veut qu'ils se démarquent. Vous voyez donc le bleu sur l'orange ici, le rouge sur le vert, ou peut-être le jaune avec le violet. Ce sont des exemples concrets que vous pouvez utiliser pour faire ressortir vos images, qu'il s'agisse d'une protéine d'intérêt ou d'une partie de votre ADN. J'espère que c'est clair. Faites-moi savoir si vous avez des questions. J'ai le chat ouvert sur le côté droit de mon écran. Si vous avez d'autres questions, n'hésitez pas, je serai ravie d'y répondre.

Alignement 

En plus de gagner du temps avec les couleurs, cette fonctionnalité est très utile pour les outils d'alignement. Si vos cellules sont éparpillées sur votre zone de travail, au lieu de les aligner une par une, faites un clic droit, sélectionnez toutes les icônes identiques, et utilisez la barre d'outils supérieure. Vous pouvez les répartir uniformément pour qu'elles soient bien espacées, puis les centrer. C'est très simple et cela se fait en quelques secondes. C'est une astuce qui m'a fait gagner un temps précieux. Même pour des protocoles plus longs ou des boîtes, au lieu d'ajuster chaque élément au pixel près, il suffit de tout sélectionner, de répartir les éléments, puis de les aligner. C'est une fonctionnalité avancée très efficace que je voulais partager avec vous. Dites-moi si vous avez des questions avant que je passe à la suite.

Le prochain conseil concerne la personnalisation. BioRender propose de nombreux outils, comme les formes et les lignes. Je vais aborder ce que nous appelons en interne l'outil « blob » personnalisé. Je ne sais pas s'il a un nom officiel, mais c'est ainsi que je l'appelle. Ces outils de personnalisation fonctionnent tous de manière similaire. Ils sont parfaits si vous n'avez pas une main très stable avec la souris. Nos illustrateurs dessinent tout à main levée, mais comme ce n'est pas mon cas, j'utilise cet outil pour créer facilement toutes les formes personnalisées dont j'ai besoin.

Vous verrez plusieurs points d'ancrage : les bleus sont les points existants, et les blancs vous permettent d'en créer de nouveaux. Chaque fois que vous en étirez un, un autre apparaît, vous permettant de créer n'importe quelle forme, qu'il s'agisse d'un haricot ou de gribouillis. Vous pouvez ensuite modifier les bordures et les remplissages, un peu comme avec les « Bio-brushes » présentés par Jacqueline, mais pour des formes. Vous vous demandez peut-être où utiliser cet outil. Il est idéal pour mettre en évidence des zones spécifiques sur des icônes, comme un cerveau, un foie ou d'autres organes. Laissez-moi vous montrer.

Formes personnalisées

J'aime utiliser le cerveau car sa structure lobulaire s'y prête parfaitement. Si vous êtes neuroscientifique, vous apprécierez. Cet outil est idéal pour mettre en évidence des sites spécifiques, comme une lésion, une tumeur ou des zones d'activité cérébrale, par exemple pour montrer qu'un lobe frontal est plus actif qu'un autre après l'administration d'un médicament. Vous pouvez zoomer pour être très précis et ajouter autant de nœuds que nécessaire. N'hésitez pas à explorer et à tester par vous-même.

Au lieu de simplement ajouter la forme, je change souvent sa couleur à l'aide des préréglages. C'est rapide et nos illustrateurs ont déjà optimisé les contrastes pour que les couleurs s'harmonisent bien. Je réduis ensuite la transparence du remplissage pour que l'arrière-plan du cerveau reste visible à travers la forme. Cela permet de mettre en valeur la zone sans masquer les détails.

Pour la structure cérébrale, vous pouvez ajouter des icônes standards comme une tumeur, que vous pouvez redimensionner. Vous pouvez aussi ajouter des neurones. Ces derniers fonctionnent comme les autres nœuds : vous pouvez les étirer pour créer des tracés détaillés. Vous pouvez également inverser le sens des neurones avec le bouton dédié. En quelques secondes, j'ai créé un cerveau avec des régions actives et des voies neuronales. Notez que toutes les lignes et les neurones permettent de modifier leur épaisseur et de manipuler leurs nœuds.

Un autre cas d'utilisation est la création de protéines personnalisées. En ajoutant un brin d'ADN sur une forme de base, vous obtenez une protéine, voire une protéine CRISPR. Si vous devez représenter une mutation, vous pouvez utiliser l'outil « blob » pour modifier la concavité de la forme. C'est un excellent moyen de personnaliser vos illustrations pour mieux raconter votre histoire.

Voici quelques exemples : certains de nos illustrateurs ont réalisé des schémas complexes, comme un tronc cérébral ou une coupe transversale du cerveau, en utilisant simplement ces outils d'édition de nœuds.

Lignes personnalisées

Une autre fonctionnalité sous-estimée concerne les flèches circulaires, idéales pour créer des cycles. Vous pouvez agrandir la flèche, puis survoler le nœud blanc : il se transforme en icône de ciseaux, vous permettant de couper la flèche en segments. C'est parfait pour les cartes de plasmides ou les diagrammes de phases. En ajustant l'épaisseur et la taille des têtes de flèches, vous pouvez créer des cartes de gènes très rapidement. N'oubliez pas d'harmoniser les couleurs avec vos étiquettes pour faciliter la compréhension. Même les schémas qui semblent complexes, comme les cycles de projets, sont souvent composés de plusieurs flèches circulaires découpées et assemblées.

Lignes de connexion

Je voulais consacrer les 15 dernières minutes à nos nouvelles fonctionnalités, notamment les lignes de connexion. C'est une nouveauté très attendue. Désormais, lorsque vous utilisez nos flèches, vous pouvez les « accrocher » aux nœuds bleus qui apparaissent sur les boîtes ou les icônes. Une fois connectée, la flèche suit automatiquement le déplacement de l'objet. Cela évite de devoir repositionner manuellement les flèches à chaque modification. C'est un gain de temps considérable pour vos diagrammes.

Ces flèches ne fonctionnent pas seulement avec les zones de texte, mais aussi avec toutes nos icônes. Si vous déplacez une boîte de Pétri, les flèches connectées suivront automatiquement, ce qui est idéal pour les flux de travail et les protocoles.

Un conseil de design : essayez de limiter le nombre d'angles sortant de vos boîtes. Utiliser des angles droits rend le schéma plus lisible. Avec les lignes de connexion, si vous déplacez une étiquette, la flèche s'ajuste automatiquement, contrairement à une ligne classique que vous devriez modifier manuellement.

Les lignes de connexion permettent de modifier rapidement la structure de vos schémas tout en conservant une mise en page propre. C'est beaucoup plus rapide et efficace pour créer des diagrammes professionnels. J'espère que cette fonctionnalité est claire.

Couleurs personnalisées

La personnalisation des couleurs est une fonctionnalité très attendue. Au-delà des préréglages classiques, vous pouvez désormais utiliser des superpositions de couleurs pour accéder à une gamme quasi illimitée. Vous pouvez choisir une couleur via le curseur ou entrer un code hexadécimal précis, idéal pour respecter la charte graphique de votre entreprise ou de votre université.

Vous pouvez également ajuster la transparence et la saturation. Une nouveauté intéressante est l'effet de lueur, parfait pour la luminescence ou la GFP. De plus, pour certaines icônes, vous pouvez désormais modifier séparément des éléments comme la peau, la fourrure ou les yeux. C'est une liberté de personnalisation inédite qui permet d'aller très loin dans le détail.

Enfin, l'effet de lueur est idéal pour représenter des protéines fluorescentes. Vous pouvez sélectionner plusieurs protéines, appliquer une couleur spécifique via un code hexadécimal, ajuster la saturation, puis activer et régler l'intensité de la lueur. C'est une fonctionnalité très puissante pour rendre vos illustrations plus vivantes.

C'est génial, et mon dernier conseil, bien qu'un peu cliché, est simplement de ne pas oublier de vous amuser. Au sein de notre équipe, nous prenons beaucoup de plaisir à imaginer ces fonctionnalités, à les développer pour vous et à collaborer avec une communauté comme la vôtre pour les concevoir. Je tenais donc à m'assurer que tout le monde connaisse ces différentes options et puisse en profiter pleinement. 

C'était mon dernier conseil : amusez-vous et prenez du plaisir à utiliser BioRender. Je tenais à vous remercier de m'avoir accompagné et d'avoir participé à cette session.